一、三河马运铁蛋白型的研究（论文文献综述）
陈建兴[1]（2012）在《中国蒙古马的遗传多样性与系统发育及起源研究》文中提出目前,对于中国蒙古马何处起源、如何驯化和遗传结构怎样等问题的答案还知之甚少。而且,以Cytb （Cytochrome b）基因来确定家马系统发育结构很少见诸报道,对于中国蒙古马和纯血马间的遗传差异更是未曾见过详细报道。一方面,为了确定中国蒙古马、三河马和纯血马共六个类群的遗传关系,探讨它们的驯化过程,我们对CKM（肌肉型肌酸激酶）第二内含子和线粒体DNA （mitochondrial DNA, mtDNA） D-loop区序列的变异进行研究；另一方面,为了进一步弄清世界各地家马的遗传结构、起源和驯化过程,并尽力确定其系统发育结构,我们对本研究获得的36条中国蒙古马、三河马、纯血马Cytb基因全序列和GenBank中提交的世界各地家马的全序列进行了深入的分析。具体结果如下：（1）关于CKM序列纯血马与其余中国家马类群间的差异较大,而中国家马类群间的差异较小,表明纯血马与中国家马间的品种形成历史、育种措施和起源截然不同。三河马和中国蒙古马的遗传关系非常相近,而且,二者间的渐渗（杂交）现象非常严重。三河马和乌审马需要尽快进行卓有成效的保护。（2）关于Cytb序列根据UPGMA树和最小跨度树（MST, Minimum Spanning Tree）的结构,将所有的家马Cytb单倍型划分为A-F六个单倍型群。而且,各单倍型群间的FST、平均差异数和矫正平均差异数值都达到了差异显着水平（p<0.01）,进一步支持了单倍型群确定的正确性。A单倍型群是最古老的单倍型群,表明该单倍型群是最原始或者最早发生驯化的家马单倍型群。所有的单倍型群和Cytb的所有序列都显示家马历史上经历过群体扩张事件。中国蒙古马是多重母系来源的,经历过群体扩张,且具有非常丰富的遗传多样性,表明蒙古地区可能也是家马的驯化地之一。首次通过将219条各品种家马Cytb全序列根据地理区域划分为北美、西欧、东欧、中东、中亚、东亚6个类群,来比较母系遗传结构差异。结果表明：北美类群和亚洲类群之间差异较显着,而其余类群间则差异不显着,一方面说明亚欧大陆各地区马种之间母系基因渗透现象比较严重;另一方面一定程度上支持北美马种来自欧洲的论断。构建的Median Joining网络聚类图显示,所有家马的母系起源于A-G7个单倍型群,进一步支持家马多重母系起源的观点。并且,家马各单倍型群都是由多个地理区间上分布的家马混杂而成的,未发现由单独一种地理区间的家马构成的单倍型群,即地理位置、母系构成以及母性起源之间没有明显的相互关系。（3）关于D-loop区序列单倍型多样性和核苷酸多样性的最小值都出现在巴尔虎马类群中,表明该蒙古马类群亟需进行有效的保护。几乎所有家马类群间的遗传差异都是显着的,尤其巴尔虎马、纯血马和锡尼河马与其余家马类群间的差异都十分显着（p<0.01）。而且,中国蒙古马、三河马、纯血马三个品种共六个类群的家马都揭示有数个母系来源。还有,三河马和中国蒙古马间的渐渗（杂交）现象非常严峻,表明三河马也亟需进行有效的品种保护。中国蒙古马和三河马这两个内蒙古地区的家马品种经分析显现出较纯血马更近的亲缘关系,表明蒙古地区和英格兰地区的这两地的家马具有截然不同的品种形成历史、育种措施或者母系起源。另外,结果还显示锡尼河马在内蒙古家马类群中具有最远的遗传距离。
凌英会[2]（2010）在《中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究》文中提出中国拥有丰富的马种资源,长期以来与我国农业生产息息相关,但对中国马种遗传多样性和起源进化的研究还不够系统和深入。本文采用基因组微卫星标记、线粒体D-loop高变区序列和Y染色体DNA三类DNA分子标记分别从全基因组、母系及父系三个方面对中国地方马群体的遗传多样性和起源驯化进行系统的分析,从而为马种遗传资源的保护和开发利用提供科学依据。1.应用世界粮农组织（FAO）和国际动物遗传学会（ISAG）推荐的27对微卫星引物,对26个中国地方马群体和2个引进品种,共1273份样品进行了遗传多态性检测。通过统计各种遗传多样性参数、分析群体遗传分化程度和系统聚类,研究了中国地方马群体遗传多样性和群体间遗传关系。结果显示:中国地方马群体具有较高的等位基因数、多态信息含量和遗传杂合度等遗传参数,表明中国地方马群体具有丰富的遗传多样性。其中,平均观察杂合度（Ho）为0.743,各群体的平均PIC都在0.69以上。中国地方马群体遗传多样性参数明显高于纯血马。中国地方马群体遗传多样性存在着一定的群体间差异。部分马群体具有较多的特有等位基因（NPA）。但总体遗传分化程度较低,群体间的遗传变异仅占2.4%。系统发育树将中国地方马种分成五个主要类群。这五大类群基本上与中国马种的五大地理区域分布相一致,包括长江流域及以南类群;青藏高原类群;西北类群;东北类群和内蒙古类群。主成分分析和Structure分析进一步支持了系统聚类结果。2.通过测序所获得659条家马和28条普氏野马mtDNA D-loop区序列。统计显示,共发现82个变异位点,定义出178个家马单倍型。在普氏野马序列中仅发现了2种单倍型。中国地方马群体的单倍型多样度和核苷酸多样度都表明中国家马群体mtDNA具有较丰富的遗传多样性。178个家马单倍型定义了9个支系（A-I）,新定义H和I两个支系。中国地方马群体的单倍型在A、D和F三大支系中占有明显的优势。NETWORK网络关系分析支持中国家马群体存在9个主要进化分枝（A-I）。中国家马9个支系分布存在着地理偏倚性。F支系个体在长江以北地区含量比较高,在长江以南地区比较低。G支系在长江以南的大部分地方马群体中所占比例比其它地区地方马群体的比例明显要高。中国家马具有丰富的遗传多样性和广泛的支系分布表明,中国很有可能是家马驯化中心之一,并支持中国家马具有多个母系起源。联合GenBank中家马序列（增加334条序列,共1021条序列）分析发现,来自欧洲、中东、亚洲各个区域家马群体mtDNA,支系分布存在比较明显的差异性。远东地区马mtDNA类型与F支系具有显着的相关性,新定义的I支系马在亚洲地区分布具有明显的优势,这两个支系很有可能与中国马种最早的驯化事件相关。3.六个Y-DNA微卫星标记,在家马、普氏野马及家驴雄性样本中得到很好的扩增,形成明显的微卫星峰图,并在家马、普氏野马及家驴之间显示出等位基因差异。总体上,家马的Y-DNA遗传变异非常有限。本研究在家马的Y染色体非重组区首次发现的遗传变异信息——在Eca.YA16位点上,发现了一种新的单倍型（单倍型B）,通过两种测序方法获得变异序列并证实其可靠性。统计发现单倍型B个体主要分布在中国的西南及长江流域以南区域。
姚全福[3]（2010）在《六个品种马CKM基因遗传多样性研究》文中研究说明中国蒙古马是世界上最古老的马品种之一,经历了遗传变异和自然选择的长期进化过程,在内蒙古自治区逐渐分化形成了地方品种如锡尼河马、巴尔虎马、乌审马、乌珠穆沁马和培育品种三河马等优良类群。蒙古马具有抗严寒、耐粗饲、抗病力、持久力和适应性强等特性,是人类宝贵的遗传资源。但国内外关于中国蒙古马遗传多样性、起源进化、亲缘关系等方面的系统研究还很少。本研究以上述6个品种马共109个样品为研究对象,利用PCR技术,首次克隆测序了6个品种马的肌酸激酶（CKM）基因第二内含子612bp的DNA片断序列,检测、分析了CKM基因的多态性,得出以下结论:（1）109匹马的CKM基因第二内含子所检测序列均为612bp,共检测到23个多态位点,18个单倍型。所获得的CKM基因单倍型序列已提交到GenBank,登录号分别是:HM151343-HM151360。（2）CKM基因第二内含子核苷酸变异类型均为插入/缺失、转换和颠换。转换频率明显高于颠换,呈现较强的转换偏倚。（3）根据CKM基因序列构建的系统发育关系树表明,中国家马具有多个起源,经过多次驯化。推测纯血马和蒙古马起源关系比较远。（4）109匹马的612 nt序列的17号位点处均有1个In/Del （插入删除位点）,共产生2种单倍型,其单倍型多样性为0.071,每个位点的In/Del多样性为0.00012,其中性检验的Tajima’s D值为-0.70376,差异不显着（P > 0.10）。（5）109匹马的612 nt序列,不计插入删除In/Del位点,共发生23个碱基替换,其序列保守性（Sequence Conservation）为0.962,保守区域为175-27（7P=0.0132）和338-497（P=0.0008）之间的序列。（6）分子变异分析表明,蒙古马各类群与纯血马之间的差异显着,而蒙古马各类群间的差异不显着。本研究首次对几个品种马CKM基因序列及其多态性进行了初步研究,研究结果对今后合理利用、开发和保护我国马品种的遗传资源以及赛马的选材与选拔提供了理论依据。
成月娇,马月辉,韩俊文[4]（2009）在《中国马遗传资源保护与利用研究》文中研究表明中国马种资源丰富,养马历史悠久。马曾在人类社会早期的生产生活中发挥过重要作用。作者简要综述了中国马种的起源,地方马品种的种类、分布,中国马遗传多样性研究现状及马业的发展。
杨虹,孟克,王烨辉,芒来[5]（2009）在《不同品种马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析》文中指出采用垂直平板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分别对蒙古马、三河马及纯血马的8种血液蛋白进行多态性检测。计算了各位点的基因型频率、基因频率、遗传杂合度,并通过聚类分析探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明:种血液蛋白（酶）位点在不同程度上呈现出多态。平均杂合度分别为:蒙古马0.378 2,三河马0.395 6和纯血马0.257 1。聚类分析表明,蒙古马与三河马间的亲缘关系最近,与纯血马的亲缘关系相对较远。通过分析不同马品种的遗传关系,为中国马遗传资源的保护与育种提供依据。
孙玉江[6]（2008）在《中国西南马遗传资源特征研究》文中指出中国西南马是我国马种主要生态类型之一,经历了遗传变异和自然选择的长期进化过程,在西南地区逐渐分化形成了百色马、贵州马、文山马、乌蒙马、大理马、建昌马、腾冲马、中甸马等优良类群。受其特殊历史、自然、社会诸多条件的影响,西南马形成体形矮小、结构紧凑、抗逆性强、善走山路等特点,可以广泛用于科学研究、观光旅游、艺术表演、骑乘培训、驮负运输等,是中国乃至世界原始矮马资源的宝贵基因库。可见,中国西南马在遗传资源保护利用和现代马业发展中具有重要地位。但国内外关于西南马遗传多样性、起源进化、亲缘关系、资源分布、矮小机理等方面的研究还相对缺乏。本课题在对西南地区马进行初步调查的基础上,运用SAS、SPSS统计分析软件对西南马资源特征进行分析;通过PCR-SSCP技术、PCR产物纯化直接测序等方法,对七个类群的西南马及引入品种Shetland马共150个样品的mtDNA D-Loop区、ND3、ND4、ND4L基因和核内SHOX基因的多态性进行了检测,并进行了多态性与体尺指标相关分析,了解了西南马群体资源表型、分子特征。本文得出以下基本结论:（1）中国西南马在数量上已经成为我国五大类型马的第一大类群,影响其数量分布的主要因子是人均农机、人口密度、辖区比重等。非密度制约因子如年无霜期、降水量、日照时数和平均气温等自然因素均与中国西南马体高呈强相关,对不同类群马的形成可能起重要作用。（2）对中国西南马mtDNA D-Loop位点进行了研究,结果表明:中国西南马种内遗传多样性相对丰富,在类型间和类型内遗传分化不显着（P>0.05）;中国西南马具有多个母系起源,且与蒙古国蒙古马亲缘关系较近,部分西南马起源于普氏野马或蒙古野马。（3）在ND4L、ND4基因上游和下游检测到多态:ND4L和ND4上游片段出现两种单倍型（定义为A和B）,而且B单倍型出现频率均略高于A单倍型;ND4下游片段中,出现四种单倍型,其中一个为共享单倍型,三个为稀有单倍型。（4）西南马线粒体ND4基因和ND4L基因核苷酸组成的偏倚不严重,但在密码子第二和第三位点上,C的含量远远大于G含量,而且密码子的使用存在偏倚。（5）所研究的西南马（不包括建昌马）各类群内核苷酸多样性（Pi）较高,在0.00467至0.00737之间,其中大理马最低,乌蒙马最高。各类群间的遗传距离很小,而乌蒙马与其它西南马的遗传距离最大（0.006）;类群间的核苷酸分化系数（Nst）在-0.35665至0.01694之间,乌蒙马与其它马种的核苷酸分化系数均较大,且同处云南地区的乌蒙马与大理马之间的Nst值最大,可见乌蒙马与大理马存在遗传分化。（6）本文对ND4下游片段的多态性与体尺性状进行了关联分析,结果表明基因型对体长影响显着（P<0.05）:D基因型的体长较其余基因型大;对体高和管围的影响接近显着水平（P =0.0809和0.0753）,对胸围影响不显着。（7）西南马种内遗传多样性低,类群间的遗传距离小,遗传相似度高。乌蒙马独立性最高（Pi=0.00737）,可作为独立的管理单元;大理马核苷酸多样度最低（Pi=0.00467）,分化最小（k=3.167）,保持着类群特有的遗传特质,应该得到良好的保护。（8）本研究还首次克隆了西南马矮小性状基因SHOX的部分序列。其长度为520bp,与其他物种已知的SHOX基因序列比对,发现克隆所得的序列是马SHOX基因编码区的部分序列,包含了完整的第二外显子。（9）通过对马SHOX基因第二外显子序列与其它物种相应区域序列进行比较发现:不同物种间的第二外显子较保守,未出现不同片段的插入、缺失及短串联重复序列多态现象,且马的SHOX基因富含GC（7个类群马平均为67.85%）。（10）通过PCR-SSCP分析,检测到在SHOX基因P2位点268处有一个G→A的突变, 431处有一个T→G的突变,导致了等位基因B变为等位基因A。（11）不同类群马SHOX基因P2位点纯合度（Ho）、杂合度（He）、有效等位基因数（Ne）及多态信息含量（PIC）分析表明:多态信息含量（PIC）以文山马最高,为0.513,处于高度多态;以设特兰马为最低,仅为0.222。
杨虹,孟克,王烨辉,芒来[7]（2008）在《蒙古马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析》文中研究表明采用垂直平板不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对221匹蒙古马（包括乌珠穆沁马、乌审马、锡尼河马和巴尔虎马）的8种血液蛋白进行多态性检测。计算了各位点的基因型频率、等位基因频率、遗传杂合度,并通过聚类分析探讨了群体间的亲缘关系和遗传距离。结果表明:除α1-B糖蛋白（A1B）位点呈现为单态外,其余7个蛋白（酶）位点均在不同程度上表现出多态。8个蛋白（酶）位点的平均杂合度分别为:乌珠穆沁马0.329 6,乌审马0.305 6,锡尼河马0.378 3和巴尔虎马0.366 6。对Nei氏标准遗传距离进行聚类分析,发现巴尔虎马和锡尼河马之间的遗传距离最近,它们与乌珠穆沁马和乌审马的遗传距离相对较远。
李红[8]（2008）在《新疆哈萨克马、伊犁马及杂种马遗传多样性的微卫星分析》文中进行了进一步梳理本研究利用7个微卫星标记,通过DNA提取、PCR扩增、凝胶电泳检测等一系列分子操作技术,对新疆三个马群体（哈萨克马、伊犁马、杂种马）共计149匹份,进行群体遗传结构及遗传多样性分析。结果表明:（1）在3个群体7个微卫星位点检测到41个等位基因,其中26个等位基因为3个群体所共有;在HMS3位点上含有的等位基因数最多达12个,UM011位点的等位基因数为10个,HMS6位点和HMS7位点等位基因数为9个, HTG4位点等位基因为8个,UCDEQ505位点等位基因为7个,而在UCDEQ440位点上最少只有4个等位基因;（2）3个群体中,平均杂合度最高的为杂种马群体（0.7379）,最低的为伊犁马群体（0.6838）;平均多态信息含量最高的为杂种马群体（0.7066）,最低的为伊犁马群体（0.6477）;（3）3个马群体的平均杂合度、平均多态信息含量和平均有效等位基因数分别为0.6838～0.7066、0.6477～0.7066和3.5707～4.3180;（4）计算了三个群体的遗传距离,并且构建了亲缘关系树状图。遗传距离最近的是哈萨克马和伊犁马,为0. 6121,遗传距离最远的是哈萨克马和杂种马,为0.7649。
孟克[9]（2006）在《部分马品种血液蛋白（酶）多态性研究》文中研究指明本研究分别对乌珠穆沁马（50匹）、乌审马（54匹）、锡尼河马（60匹）和巴尔虎马（57匹）,三河马（56匹）以及纯血马（60匹）等6个品种共337匹马的运铁蛋白（Tf）、前白蛋白（Pr）、血清酯酶（Es）、白蛋白（ALb）、碳酸酐酶（CA）、α1-B糖蛋白（A1B）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（PGD）、维他命D结合蛋白（GC）等8个蛋白座位进行检测。结果表明,在6个马品种中运铁蛋白（Tf）、前白蛋白（Pr）、血清酯酶（Es）、白蛋白（ALb）、碳酸酐酶（CA）和6-磷酸葡萄糖脱氢酶（PGD）位点均呈现多态。维他命D结合蛋白（GC）位点在乌珠穆沁马和乌审马品种中呈现单态。α1-B糖蛋白（A1B）位点在纯血马中呈现多态,而其它品种马中均呈现单态。运铁蛋白（Tf）基因座上检测到6个复等位基因,前白蛋白（Pr）检测到4个复等位基因,血清酯酶（Es）检测到3个复等位基因;白蛋白（ALb）、碳酸酐酶（CA）、α1-B糖蛋白（A1B）、6-磷酸葡萄糖脱氢酶（PGD）和维他命D结合蛋白（GC）座位上均检测到2个复等位基因。群体遗传变异指标计算结果表明,6个马品种8个蛋白（酶）座位的平均杂合度为:三河马0.3956,锡尼河马0.3783,巴尔虎马0.3666,乌珠穆沁马0.3296,乌审马0.3056,纯血马0.2666。根据基因频率计算Nei氏遗传距离和遗传相似系数并进行聚类分析。结果表明,巴尔虎马和锡尼河马之间的遗传距离最近,与乌珠穆沁马、乌审马的遗传距离相对较近,而与国外引入品种纯血马的遗传距离相对较远,说明这些群体的聚类结果与它们形成的地理环境及育成历史基本相符。
孟青龙[10]（2005）在《马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究》文中进行了进一步梳理蒙古马作为中国最优秀马品种资源之一,具有抗严寒、耐粗饲,抗病力、持久力和适应性强等特性,已被录入我国畜禽品种保种名录中,在遗传资源上是一个极为宝贵的基因库,对人类有着不可忽视的社会及经济意义。但目前在国内开展马遗传资源方面的工作还十分薄弱。主组织相容性复合体（MHC）由于其在动物抗病性能上发挥着重要作用,在畜牧业的发展中,成为了一个重要的研究课题。本论文利用PCR-SSCP技术和PCR扩增产物直接纯化测序技术对七个品种马300个样品的ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的基因多态性进行了研究,为揭示马品种ELA的遗传特性提供了重要的实验依据。本论文主要得出了以下结论:1、在马的MHC-Ⅱ类区中4个功能基因的第2外显子中都存在着多态性。其中ELA-DRB*exon2的多态性最丰富,SNPs出现率达27%,即相当于每3.7个核苷酸中出现1个核苷酸的变异;其次是ELA-DQB*exon2,其SNPs频率为23.7%,即相当于每4.2个核苷酸中出现1个核苷酸的变异;ELA-DQA*exon2的SNPs频率为21%;ELA-DRA*exon2多态性最不丰富,SNPs频率仅为2.4%。2、ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的核苷酸的变异类型在七个品种马中均为转换和颠换,除DRA*exon2的转换和颠换频率相等,密码子第一、二位的变异和密码子第三位相同外,其余三个位点均以转换为主,且密码子第一、二位的变异明显多于第三位。DQA*exon2位点仅检测到一处插入/缺失。在正选择检验过程中,DRA*exon2序列的进化较为保守,DQB*exon2正检验不显着;DQA和DRB*exon2正检验显着。3、ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的优势密码子及其相对使用频率综合考虑存在一定的差异性,即密码子及其相对使用频率存在不均一性。4、群体遗传学研究结果表明,纯血马、乌珠穆沁马、三河马和巴尔虎马四个品种马在DRA*exon2位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,锡尼河马和乌审马却未达到平衡状态;而所研究的七个品种马在DQA*exon2位点均处于非平衡状态。多态信息含量（PIC）和杂合度（He）的研究结果显示,纯血马和三河马在DRA*exon2位点属于高度多态,乌珠穆沁马、锡尼河马、巴尔虎马和乌审马属于中度多态;而在DQA*exon2位点均属于高度多态。不同品种马在两个位点的杂合度都很高,尤其在DQA*exon2位点,值都大于0.6。5、本文以ELA-DRA、DQA、DRB和DQB*exon2四个位点的氨基酸作为研究对象,通过统计和分析得出以下五个特点:（1）突变位点氨基酸变异的随机性;（2）突变位点氨基酸变异率的不一致性;（3）突变位点氨基酸变异位置的随意性;（4）
二、三河马运铁蛋白型的研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、三河马运铁蛋白型的研究（论文提纲范文）
（1）中国蒙古马的遗传多样性与系统发育及起源研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 蒙古马的种质特性 |
| 1.1.1 蒙古马的历史 |
| 1.1.2 蒙古马的品种特性及适应性 |
| 1.1.3 蒙古马的遗传多样性 |
| 1.1.4 蒙古马的起源与进化研究情况 |
| 1.2 所研究蒙古马各类群、三河马及纯血马遗传背景概述 |
| 1.2.1 所研究蒙古马各类群 |
| 1.2.2 三河马 |
| 1.2.3 纯血马 |
| 1.3 家马的起源与系统发育研究背景 |
| 1.3.1 古生物学研究 |
| 1.3.2 考古学研究 |
| 1.3.3 生化遗传学研究 |
| 1.3.4 分子生物学研究 |
| 1.4 家马与普氏野马的亲缘关系研究 |
| 1.4.1 普氏野马简述 |
| 1.4.2 核型和染色体特征 |
| 1.4.3 免疫学及生化标记特征 |
| 1.4.4 DNA分子标记特征 |
| 1.5 家马遗传资源的保护 |
| 1.5.1 现有保护政策法规与保护措施 |
| 1.5.2 存在的问题及原因分析 |
| 1.5.3 种质资源保护与持续利用对策建议 |
| 1.6 本研究的基本内容 |
| 1.6.1 本研究的选题依据 |
| 1.6.2 本研究的目的与意义 |
| 1.6.3 本研究的技术路线 |
| 2 研究一 基于CKM的家马品种亲缘关系的确定 |
| 2.1 实验材料与方法 |
| 2.1.1 DNA样品 |
| 2.1.2 实验试剂药品与主要仪器设备 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.1.4 数据分析 |
| 2.2 实验结果与分析 |
| 2.2.1 DNA变异和群体遗传结构 |
| 2.2.2 最小跨度树(MST) |
| 2.2.3 群体差异分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 3 研究二 基于Cytb基因的家马起源与系统发育分析 |
| 3.1 实验材料与方法 |
| 3.1.1 DNA样品 |
| 3.1.2 实验试剂药品与仪器设备 |
| 3.1.3 实验方法 |
| 3.1.4 数据分析 |
| 3.2 实验结果与分析 |
| 3.2.1 DNA变异及单倍型群的划分 |
| 3.2.2 各单倍型群的遗传多样性 |
| 3.2.3 群体扩张 |
| 3.2.4 单倍型群间差异分析 |
| 3.2.5 蒙古马的遗传多样性和母系起源 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 研究三 基于Cytb的不同地理区间家马母系结构差异分析 |
| 4.1 研究材料与分析方法 |
| 4.1.1 DNA样品 |
| 4.1.2 数据分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 家马Cytb遗传多样性 |
| 4.2.2 单倍型间的系统发育分析 |
| 4.2.3 类群间的遗传结构比较 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 研究四基于D-loop高变区Ⅰ的家马起源与系统发育分析 |
| 5.1 实验材料与方法 |
| 5.1.1 DNA样品 |
| 5.1.2 实验试剂药品与仪器设备 |
| 5.1.3 实验方法 |
| 5.1.4 数据分析 |
| 5.2 实验结果与分析 |
| 5.2.1 DNA变异与群体结构 |
| 5.2.2 系统发育分析 |
| 5.2.3 群体差异分析 |
| 5.2.4 进化分歧的估计 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 论文总体结论 |
| 6.1 所选标记多态性 |
| 6.2 各家马类群的遗传多样性 |
| 6.3 家马的起源 |
| 6.4 各家马类群的遗传分化与亲缘关系 |
| 6.5 各标记效应评价 |
| 6.6 亟需进行有效保护的类群 |
| 7 本研究的创新之处 |
| 8 本研究的不足与展望 |
| 8.1 本研究的不足之处 |
| 8.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（2）中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 遗传多样性与畜禽遗传资源保护 |
| 1.1.1 遗传多样性与畜禽遗传资源的概述 |
| 1.1.2 畜禽遗传多样性研究方法与保护方法 |
| 1.2 中国家马起源及品种资源概况 |
| 1.2.1 中国家马起源与进化 |
| 1.2.2 中国家马遗传资源概况 |
| 1.3 家马遗传多样性研究进展 |
| 1.3.1 染色体及血液蛋白遗传多样性研究 |
| 1.3.2 基因组DNA 上遗传多样性研究 |
| 1.3.3 线粒体DNA 遗传多样性研究 |
| 1.3.4 Y 染色体DNA 遗传多样性研究 |
| 1.4 本研究的总体内容和意义 |
| 1.4.1 研究目标 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 1.4.3 研究方案 |
| 第二章 运用微卫星标记分析中国地方马种遗传多样性 |
| 2.1 实验材料与研究方法 |
| 2.1.1 样品收集 |
| 2.1.2 微卫星标记 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 主要试剂 |
| 2.1.5 配制主要试剂 |
| 2.1.6 主要实验步骤 |
| 2.1.7 数据统计与分析方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 2.2.2 单一PCR 与多重PCR 结合 |
| 2.2.3 等位基因数据收集与分析 |
| 2.2.4 微卫星位点多态信息 |
| 2.2.5 品种遗传多样性分析 |
| 2.2.6 遗传距离与聚类 |
| 2.2.7 遗传分化与遗传结构 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 微卫星位点遗传变异与群体遗传多样性 |
| 2.3.2 群体遗传分化分析 |
| 2.3.3 中国地方马群体遗传结构推测 |
| 第三章 中国家马及普氏野马线粒体DNA 多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验样品 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.3 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 mtDNA D-loop 区扩增及测序结果 |
| 3.2.2 mtDNA D-loop 高变区碱基组成及多态位点分析 |
| 3.2.3 中国家马mtDNA 遗传多样性参数统计与分析 |
| 3.2.4 系统进化分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 线粒体DNA 遗传变异与中国家马遗传多样性 |
| 3.3.2 中国家马遗传分化 |
| 3.3.3 中国家马与世界马种起源与驯化 |
| 第四章 中国家马及普氏野马Y 染色体DNA 多态性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验样品 |
| 4.1.2 Y 染色体特异微卫星DNA 标记的选取及荧光标记组合 |
| 4.1.3 Y 染色体微卫星DNA PCR 扩增 |
| 4.1.4 PCR 扩增产物检测及A813130 测序仪毛细管电泳 |
| 4.1.5 Y 染色体微卫星突变样本的测序 |
| 4.2 实验结果 |
| 4.2.1 Y 染色体微卫星DNA PCR 扩增产物及检测 |
| 4.2.2 Y 染色体微卫星标记等位基因 |
| 4.2.3 中国家马Y-DNA 多态性标记分析 |
| 4.2.4 中国家马多态性的统计及地理分布 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 所选微卫星标记多态性 |
| 5.2 中国地方马群体遗传多样性 |
| 5.3 中国地方马群体的遗传分化与遗传结构 |
| 5.4 中国家马mtDNA D-loop 高变区的遗传变异状态 |
| 5.5 中国家马母系遗传分化及主要支系 |
| 5.6 中国家马各支系区域分布 |
| 5.7 中国家马与世界马其它地区马种进化关系 |
| 5.8 中国家马父系遗传信息发掘 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）六个品种马CKM基因遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 耐力素质相关基因的研究进展 |
| 1.2 六个马品种概况简介 |
| 1.3 六个马品种遗传多样性研究进展 |
| 1.3.1 细胞水平遗传多样性的研究 |
| 1.3.2 生化水平的遗传多样性研究 |
| 1.3.3 马的起源与驯化 |
| 1.3.4 分子水平（微卫星）的遗传多样性研究 |
| 1.3.4.1 有关染色体基因的研究 |
| 1.3.4.2 有关线粒体基因的研究 |
| 1.3.4.3 有关微卫星的研究 |
| 1.4 本项研究的目的和意义 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 实验仪器 |
| 2.1.3 主要试剂（盒）及其来源 |
| 2.1.3.1 分子生物学试剂 |
| 2.1.3.2 普通化学试剂 |
| 2.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 2.1.4.1 动物基因组 DNA 提取所用溶液 |
| 2.1.4.2 琼脂糖凝胶电泳所用试剂 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件及相关网站 |
| 2.1.5.1 主要分子生物学软件 |
| 2.1.5.2 相关网站 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组 DNA 提取及浓度检测方法 |
| 2.2.1.1 基因组 DNA 提取方法 |
| 2.2.1.2 用琼脂糖凝胶电泳检测基因组 DNA |
| 2.2.1.3 用分光光度计检测基因组 DNA 的浓度 |
| 2.2.2 PCR 过程 |
| 2.2.2.1 PCR 反应基本原理 |
| 2.2.2.2 引物设计与合成 |
| 2.2.2.3 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
| 2.2.2.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.3 马 CKM 基因的测序 |
| 2.2.3.1 PCR 扩增产物的纯化与回收 |
| 2.2.3.2 CKM 基因测序 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 马 CKM 基因的多态性分析 |
| 3.1.1 马 CKM 基因的扩增与鉴定 |
| 3.1.1.1 马基因组 DNA 提取与检测结果 |
| 3.1.1.2 马 CKM 基因的PCR 扩增结果 |
| 3.1.1.3 马 CKM 基因的PCR 产物胶回收结果 |
| 3.1.1.4 马 CKM 基因的测序及比对结果 |
| 3.1.2 马 CKM 基因序列的核苷酸变异分析 |
| 3.1.2.1 马 CKM 基因序列变异位点 |
| 3.1.2.2 马 CKM 基因的单倍型多样性 |
| 3.1.2.2.1 马 CKM 基因的单倍型分布 |
| 3.1.2.2.2 马 CKM 基因序列位点的变异类型 |
| 3.1.2.2.3 马 CKM 基因单倍型分布和频率 |
| 3.1.2.2.4 马 CKM 基因序列的单倍型多样度 |
| 3.1.2.3 分子变异分析 |
| 3.2 系统发育分析 |
| 3.2.1 不同类型马 CKM 基因核苷酸序列数据系统发育分析 |
| 3.2.2 基于 CKM 基因核苷酸序列数据进行网络聚类分析 |
| 3.2.3 基于 CKM 基因数据构建不同物种间系统发育树 |
| 3.2.4 不同类型马 CKM 基因数据构建系统发育树 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于实验方法 |
| 4.1.1 关于样本的筛选 |
| 4.1.2 基因组 DNA 的提取 |
| 4.1.3 PCR 反应条件的优化 |
| 4.2 CKM 基因遗传多样性及序列的变异分析 |
| 4.3 由 CKM 基因序列构建系统发育树和网络聚类结果的分析 |
| 4.4 基于 CKM 基因分析蒙古马与纯血马的差异 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（5）不同品种马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 样品处理 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.4 统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 电泳图谱的遗传分析结果 |
| 2.2 基因频率分析 |
| 2.3 遗传变异性比较 |
| 2.4 群体间的遗传距离与聚类分析 |
| 3 讨论 |
（6）中国西南马遗传资源特征研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 马属动物分类 |
| 1.2 马的起源进化 |
| 1.2.1 野马起源 |
| 1.2.2 家马起源 |
| 1.2.3 西南马起源 |
| 1.3 马的遗传资源 |
| 1.3.1 动物遗传资源多样性 |
| 1.3.1.1 动物遗传资源概念 |
| 1.3.1.2 动物遗传资源多样性 |
| 1.3.1.3 动物遗传资源多样性研究的目的 |
| 1.3.2 多样性与保护生物学 |
| 1.3.3 动物遗传资源多样性分子标记技术 |
| 1.3.3.1 聚合酶链式反应－限制性片段长度多态性技术（PCR－RFLP） |
| 1.3.3.2 聚合酶链式反应-单链构象多态技术（PCR-SSCP） |
| 1.3.3.3 PCR-DNA 序列分析 |
| 1.3.3.4 微卫星标记技术（SSR）和DNA 指纹技术（DFP） |
| 1.3.3.5 随机扩增多态性DNA 技术（RAPD） |
| 1.3.3.6 扩增片段长度多态性技术（AFLP） |
| 1.3.3.7 DNA 芯片技术 |
| 1.3.4 中国马种遗传资源 |
| 1.3.4.1 马种分类 |
| 1.3.4.2 西南马概述 |
| 1.4 马遗传学研究进展 |
| 1.4.1 遗传学基础理论 |
| 1.4.1.1 获得性状遗传学说 |
| 1.4.1.2 自然选择学说 |
| 1.4.1.3 现代综合进化论 |
| 1.4.1.4 分子进化中性论 |
| 1.4.2 马遗传学研究 |
| 1.4.2.1 马的表型遗传学 |
| 1.4.2.2 马的细胞遗传学 |
| 1.4.2.3 生化遗传学研究 |
| 1.4.2.4 马分子遗传研究 |
| 1.4.3 候选基因研究进展 |
| 1.4.3.1 马 mtDNA D-Loop 区 |
| 1.4.3.2 NADH 脱氢酶亚基基因 |
| 1.4.3.3 矮小性状基因（SHOX） |
| 1.5 本研究目的与意义 |
| 2 西南马遗传资源特征分析研究 |
| 2.1 调查方案 |
| 2.2 技术规范 |
| 2.2.1 技术要求 |
| 2.2.1.1 调查步骤 |
| 2.2.1.2 调查数量 |
| 2.2.2 用具用品 |
| 2.2.3 数据处理 |
| 2.3 调查结果 |
| 2.3.1 数量分布 |
| 2.3.2 体尺指标 |
| 2.4 结果分析 |
| 2.4.1 存栏数量分析 |
| 2.4.1.1 影响数量分布的因子分析 |
| 2.4.1.2 因子选择 |
| 2.4.1.3 分析结果 |
| 2.4.1.4 建立模型 |
| 2.4.2 体尺指标分析 |
| 2.4.2.1 群体结构 |
| 2.4.2.2 个体结构 |
| 2.4.2.3 影响马体尺指标因子分析 |
| 2.4.2.3.1 指标选择 |
| 2.4.2.3.2 因子分析 |
| 2.4.2.3.3 建立模型 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 分布特征 |
| 2.5.1.1 民族特征 |
| 2.5.1.2 资源特征 |
| 2.5.1.3 经济特征 |
| 2.5.1.4 种间特征 |
| 2.5.2 体尺结构特征 |
| 2.5.2.1 群体特征 |
| 2.5.2.2 个体特征 |
| 2.5.2.3 自然特征 |
| 2.6 小结 |
| 3 西南马 mtDNA D-Loop 区分子遗传特征研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物和样品采集 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.2.1 生化试剂与分子生物学试剂 |
| 3.1.2.2 普通试剂 |
| 3.1.3 菌株和克隆载体 |
| 3.1.4 溶液与缓冲液 |
| 3.1.4.1 提取组织样 DNA 所用溶液 |
| 3.1.4.2 琼脂糖电泳所用的有关试剂 |
| 3.1.4.3 PCR-SSCP 分析所用溶液 |
| 3.1.4.4 转化克隆所用的相关试剂 |
| 3.1.5 仪器设备 |
| 3.1.6 方法 |
| 3.1.6.1 马基因组DNA 的提取及检测 |
| 3.1.6.1.1 马血样DNA 的提取方法 |
| 3.1.6.1.2 马组织样DNA 提取方法 |
| 3.1.6.1.3 DNA 质量的检测、纯化及浓度计算 |
| 3.1.6.1.3.1 琼脂糖凝胶电泳检测DNA |
| 3.1.6.1.3.2 分光光度法检测DNA |
| 3.1.6.1.3.3 DNA 的纯化 |
| 3.1.6.2 PCR 引物设计 |
| 3.1.6.3 西南 mtDNA D-loop 部分区段 PCR 扩增 |
| 3.1.6.3.1 反应混合液的组成 |
| 3.1.6.3.2 PCR 反应的条件 |
| 3.1.6.3.3 PCR 产物的检测 |
| 3.1.6.4 西南马 mtDNA D-Loop 区段的 PCR-SSCP 分析 |
| 3.1.6.4.1 10%（49∶1）非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备及电泳 |
| 3.1.6.4.2 聚丙烯酰胺凝胶的银染 |
| 3.1.6.5 西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型分析 |
| 3.1.6.6 西南马 mtDNA D-Loop 区段不同单倍型的纯化与回收 |
| 3.1.6.7 大肠杆菌 DH5α 感受态细胞的制备 |
| 3.1.6.8 PCR 回收产物与载体的连接 |
| 3.1.6.9 连接产物的转化 |
| 3.1.6.10 白菌落转化子的重组质粒筛选鉴定 |
| 3.1.6.11 重组质粒PCR 鉴定 |
| 3.1.6.12 重组质粒的测序 |
| 3.1.6.13 序列分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 西南马基因组 DNA 及 mtDNA D-loop 部分片段 PCR 扩增 |
| 3.2.2 重组质粒鉴定与测序 |
| 3.2.3 PCR-SSCP 分析 |
| 3.2.4 西南马 mtDNA D-Loop 部分片段的单倍型多样性 |
| 3.2.4.1 单倍型分布和频率 |
| 3.2.4.2 测序结果 |
| 3.2.4.3 不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸变异及组成分析 |
| 3.2.4.4 不同类型的马 mtDNA D-Loop 部分片段各单倍型间的距离 |
| 3.2.4.5 分子变异分析 |
| 3.2.4.6 不同类型马聚类分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 关于PCR-SSCP 技术 |
| 3.3.2 mtDNA 单倍型的分布特征 |
| 3.3.3 西南马不同类型间的遗传分化 |
| 3.3.4 西南马不同类型马 mtDNA D-Loop 的核苷酸组成与变异 |
| 3.3.5 西南马遗传资源的保护 |
| 3.3.6 西南马与蒙古马、普氏野马的关系 |
| 3.3.7 中国西南马的母系起源 |
| 3.4 小结 |
| 4 西南马mtDNA ND3、ND4、ND4L 基因多态性研究 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 DNA 的提取与分离 |
| 4.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测DNA |
| 4.2.3 分光光度法检测DNA |
| 4.2.4 DNA 扩增及其扩增产物的琼脂糖检测 |
| 4.2.4.1 PCR 反应程序 |
| 4.2.4.2 PCR 反应所用引物 |
| 4.2.4.3 引物溶液的配制 |
| 4.2.4.4 PCR 产物的检测 |
| 4.2.5 聚丙烯酰胺凝胶的制备、电泳、染色和图象分析 |
| 4.2.6 马 mtDNA 各位点 PCR 产物纯化回收以及测序 |
| 4.2.6.1 PCR 产物纯化 |
| 4.2.6.2 PCR 产物回收 |
| 4.2.6.3 PCR 纯化产物测序 |
| 4.2.7 统计分析 |
| 4.2.7.1 用SAS 统计分析软件计算各品种马基因型与体尺的相关性 |
| 4.2.7.2 测序序列的编辑 |
| 4.2.7.3 多重序列比较 |
| 4.2.7.4 进化树构建 |
| 4.2.7.5 网络聚类分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 马基因组DNA 提取与检测 |
| 4.3.2 马线粒体DNA ND4 基因（上游）PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.2.1 ND4 亚基上游PCR 扩增结果 |
| 4.3.2.2 ND4 亚基上游PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.2.3 ND4 亚基上游基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.2.4 ND4 亚基上游序列分析 |
| 4.3.2.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.2.4.2 碱基组成 |
| 4.3.2.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.3 马线粒体DNA 的ND4 基因（下游）PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.3.1 ND4 亚基下游PCR 扩增结果 |
| 4.3.3.2 ND4 亚基下游PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.3.3 ND4 亚基下游基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.3.4 ND4 亚基下游序列分析 |
| 4.3.3.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.3.4.2 碱基组成 |
| 4.3.3.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.4 马线粒体DNA 的ND4L 基因PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.4.1 ND4L 基因PCR 扩增结果 |
| 4.3.4.2 ND4L 基因PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.4.3 ND4L 亚基基因型与体尺的相关分析 |
| 4.3.4.4 ND4L 基因序列分析 |
| 4.3.4.4.1 序列的核苷酸变异 |
| 4.3.4.4.2 碱基组成 |
| 4.3.4.4.3 密码子使用频率与偏倚 |
| 4.3.5 马线粒体 DNA 的 ND3 和 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果和序列分析 |
| 4.3.5.1 ND3 基因PCR-SSCP 结果 |
| 4.3.5.1.1 ND3 基因PCR 扩增结果 |
| 4.3.5.1.2 ND3 基因PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.5.2 Ctyb 基因 PCR-SSCP 结果 |
| 4.3.5.2.1 Ctyb 基因 PCR 扩增结果 |
| 4.3.5.2.2 Ctyb 基因扩增产物的 PCR-SSCP 分析 |
| 4.3.6 MT2、MT3 和MT4 三对引物所扩增片段单倍型分布 |
| 4.3.7 西南马品种遗传结构分析 |
| 4.3.7.1 ND4 基因序列单倍型分析 |
| 4.3.7.2 种群遗传多样性、品种间DNA 差异 |
| 4.3.7.3 群体间的遗传分化和遗传距离(Kimura 2-parameter,ts+tv,组间平均) |
| 4.3.7.4 系统进化树 |
| 4.3.7.5 网络聚类结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 关于实验方法 |
| 4.4.1.1 基因组DNA 的提取 |
| 4.4.1.2 PCR 扩增条件摸索 |
| 4.4.1.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳条件的摸索 |
| 4.4.2 ND4 基因作为分子遗传标记在马系统发育关系研究中的探讨 |
| 4.4.3 NADH 脱氢酶亚基基因密码子使用偏倚和碱基替换模式 |
| 4.4.4 ND4、ND4L 扩增片段氨基酸替换情况分析 |
| 4.4.5 ND3 和 ctyb 基因部分片段的多态分析 |
| 4.4.6 中国西南马 mtDNA 遗传多样性和种群遗传结构 |
| 4.4.7 关于NADH 脱氢酶亚基序列变异网络聚类结果的讨论 |
| 4.4.8 保护和管理建议 |
| 4.4.9 需要进一步研究和解决的问题 |
| 4.5 小结 |
| 5 西南马矮小基因的克隆与分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.1.1 样品来源 |
| 5.1.1.2 主要试剂 |
| 5.1.1.3 仪器设备 |
| 5.1.1.4 主要试剂和溶液的配制 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.1.2.1 基因组DNA 的提取与检测 |
| 5.1.2.2 PCR 反应 |
| 5.1.2.2.1 引物设计与合成 |
| 5.1.2.2.2 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
| 5.1.2.2.3 PCR 反应的程序 |
| 5.1.2.3 马SHOX 基因的克隆与测序 |
| 5.1.2.3.1 PCR 产物的纯化 |
| 5.1.2.3.2 PCR 产物的回收（DNA 凝胶回收试剂盒） |
| 5.1.2.3.3 PCR 回收产物与 pTA2 载体的连接 |
| 5.1.2.3.4 大肠杆菌 DH5α感受态细胞的制备:CaCl2 法 |
| 5.1.2.3.5 感受态效价测定 |
| 5.1.2.3.6 转化 |
| 5.1.2.3.7 重组质粒筛选和鉴定 |
| 5.1.2.3.8 重组质粒DNA 的提取（碱裂解法） |
| 5.1.2.3.9 重组质粒的PCR 鉴定 |
| 5.1.2.3.10 阳性克隆的测序 |
| 5.1.2.4 PCR-SSCP 分析 |
| 5.1.2.4.1 马SHOX 基因PCR-SSCP 的两个位点的选择及引物设计 |
| 5.1.2.4.2 PCR 反应体系的建立及反应条件的优化 |
| 5.1.2.4.3 PCR 反应的程序 |
| 5.1.2.4.4 马SHOX 基因的PCR-SSCP 分析 |
| 5.1.3 基因多态性的统计方法 |
| 5.1.3.1 等位基因频率 |
| 5.1.3.2 群体 Hardy-weinberg 平衡状态的检验 |
| 5.1.3.3 遗传纯合度(Homozygosity,Ho) |
| 5.1.3.4 遗传杂合度(Heterozygosity,He) |
| 5.1.3.5 有效等位基因数(Effective number of alleles,Ne) |
| 5.1.3.6 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 马基因组DNA 的提取与检测结果 |
| 5.2.2 PCR 扩增目的基因 |
| 5.2.3 扩增产物的克隆及重组质粒的筛选和鉴定 |
| 5.2.3.1 目的片段的回收 |
| 5.2.3.2 重组质粒的鉴定 |
| 5.2.4 测序结果 |
| 5.2.5 向数据库提交马SHOX 基因序列 |
| 5.2.6 西南马SHOX 基因核苷酸序列分析 |
| 5.2.6.1 西南马SHOX 基因序列的比较分析 |
| 5.2.6.2 不同类群马SHOX 基因核苷酸变异分析 |
| 5.2.6.3 SHOX 基因核苷酸组成分析 |
| 5.2.6.4 SHOX 基因密码子核苷酸组成分析 |
| 5.2.6.5 SHOX 基因编码的氨基酸序列分析 |
| 5.2.7 PCR-SSCP 结果 |
| 5.2.7.1 P1 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.1.1 引物P1 的PCR 扩增结果 |
| 5.2.7.1.2 P1 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2 P2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2.1 引物P2 的PCR 扩增结果 |
| 5.2.7.2.2 P2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 5.2.7.2.3 序列分析与比较 |
| 5.2.7.2.4 不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的基因型 |
| 5.2.7.2.5 不同类型马 SHOX 基因P2 位点PCR-SSCP 的等位基因 |
| 5.2.8 西南马SHOX 基因的遗传多态性分析 |
| 5.2.8.1 各群体的 Hardy-Weinberg 平衡检验 |
| 5.2.8.2 SHOX 基因的杂合度、有效等位基因数和多态信息含量 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 动物矮小性状的遗传基础 |
| 5.3.2 矮小性状基因SHOX 定位 |
| 5.3.3 SHOX 基因的作用机理 |
| 5.3.4 西南马矮小性状基因序列结构及与群体遗传结构分析 |
| 5.4 小结 |
| 创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（7）蒙古马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 样品处理 |
| 1.3 方法 |
| 1.4 统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 电泳图谱的遗传分析结果 |
| 2.2 等位基因频率分析 |
| 2.3 遗传变异性比较 |
| 2.4 群体间的遗传距离与聚类分析 |
| 3 讨 论 |
| 3.1 蒙古马血液蛋白多态性 |
| 3.2 蒙古马血液蛋白多态位点的杂合度 |
| 3.3 4个蒙古马品种之间的遗传相似性 |
| 3.4 4个蒙古马品种的聚类分析 |
（8）新疆哈萨克马、伊犁马及杂种马遗传多样性的微卫星分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 生物多样性与遗传多样性 |
| 1.2 马遗传多样性的研究现状 |
| 1.3 微卫星标记与动物遗传育种 |
| 1.4 微卫星标记在动物遗传育种中的应用 |
| 1.5 马遗传多样研究的意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 马基因组DNA 检测 |
| 3.2 PCR 扩增产物的检测 |
| 3.3 各微卫星位点DNA 多态性检测结果 |
| 3.4 各微卫星位点的群体遗传学分析 |
| 3.5 群体间的遗传结构分析 |
| 第四章 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）部分马品种血液蛋白（酶）多态性研究（论文提纲范文）
| 1 引言 |
| 1.1 六个马品种的简单介绍 |
| 1.1.1 着名地方品种蒙古马 |
| 1.1.2 培育品种三河马 |
| 1.1.3 引入品种纯血马 |
| 1.2 马血液蛋白（酶）多态性 |
| 1.2.1 运铁蛋白（TRANSFERRIN，TF） |
| 1.2.2 血清酯酶（ES） |
| 1.2.3 前白蛋白（PR或PI） |
| 1.2.4 白蛋白（ALB） |
| 1.2.5 6-磷酸葡萄糖脱氢酶(PGD) |
| 1.2.6 维生素D 结合蛋白(GC) |
| 1.2.7 碳酸酐酶（CA） |
| 1.2.8 Α1-B 糖蛋白（A18） |
| 1.3 血液蛋白多态性在马育种中的应用 |
| 1.3.1 品种起源和亲缘关系的鉴定 |
| 1.3.2 标记品种（品系）特征及种群结构 |
| 1.3.3 与马匹经济形状的相关性 |
| 1.3.4 亲子鉴别 |
| 1.4 遗传标记的研究进展 |
| 1.4.1 形态学标记 |
| 1.4.2 染色体水平 |
| 1.4.3 生化遗传标记 |
| 1.4.4 DNA 分子标记 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 样品来源及数量 |
| 2.1.1 血样 |
| 2.1.2 血样采集及处理 |
| 2.1.3 主要试剂及来源 |
| 2.1.4 所用仪器设备 |
| 2.1.5 溶液的配制 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 运铁蛋白(TF) |
| 2.2.2 血清白蛋白（ALB） |
| 2.2.3 血清酯酶(ES) |
| 2.2.4 维他命D 结合蛋白（GC）和Α1-B 糖蛋白（A18） |
| 2.2.5 前白蛋白（PR） |
| 2.2.6 碳酸酐酶（CA） |
| 2.2.7 磷酸葡萄糖脱氢酶(PGD) |
| 2.3 电泳过程 |
| 2.3.1 凝胶制备 |
| 2.3.2 加样与电泳 |
| 2.3.3 拆板 |
| 2.3.4 固定、染色和脱色 |
| 2.4 数据分析方法 |
| 2.4.1 等位基因频率 |
| 2.4.2 群体HARDY-WEINBERG 平衡状态的检验 |
| 2.4.3 遗传纯合度（HOMOZYGOSITY，HO） |
| 2.4.4 遗传杂合度（HETEROZYGOSITY，HE） |
| 2.4.5 有效等位基因数（EFFECTIVE NUMBER OF ALLELES，NE）和多态基因座百分数(PPOLY) |
| 2.4.6 多态信息含量（POLYMORPHISM INFORMATION CONTENT,PIC） |
| 2.4.7 NEI 氏标准遗传距离（D） |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 各种血液蛋白（酶）的多态性 |
| 3.1.1 运铁蛋白（TF） |
| 3.1.2 血清酯酶（ES） |
| 3.1.3 白蛋白（ALB） |
| 3.1.4 碳酸酐酶（CA） |
| 3.1.5 维生素D 结合蛋白（GC） |
| 3.1.6 Α1-B 糖蛋白（A18） |
| 3.1.7 6-磷酸葡萄糖脱氢酶(PGD) |
| 3.1.8 前白蛋白（PR） |
| 3.2 马品种内的遗传变异 |
| 3.2.1 6 个马品种的有效等位基因数（NE）和多态基因座百分数（PPOLY） |
| 3.2.2 NEI 氏基因平均杂合度（HE） |
| 3.2.3 多态信息含量（PIC） |
| 3.3 各品种间的遗传分化 |
| 3.3.1 NEI 氏遗传相似系数(I)和标准遗传距离(D) |
| 3.4 不同品种(系)间的遗传关系及聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 马的血液蛋白(酶)遗传多样性 |
| 4.1.1 多态位点的基因型频率 |
| 4.1.2 多态位点的基因频率 |
| 4.2 马品种内的遗传变异 |
| 4.3 马品种间的遗传相似性分析 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（10）马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究（论文提纲范文）
| 1 文献综述 |
| 1.1 七个马品种的简要介绍 |
| 1.1.1 地方品种蒙古马的概况 |
| 1.1.2 培育品种三河马的概况 |
| 1.1.3 引入品种纯血马的概况 |
| 1.1.4 特有地方品种广西矮马的概况 |
| 1.2 MHC 分子的研究进展 |
| 1.2.1 MHC-Ⅰ类分子 |
| 1.2.2 MHC-Ⅱ类分子 |
| 1.2.3 MHC 等位基因多态性的产生与保持机制 |
| 1.2.4 MHC 基因的遗传特点 |
| 1.2.5 MHC 与疾病相关的机制 |
| 1.3 马的 MHC 研究进展 |
| 1.3.1 ELA 的遗传组成 |
| 1.3.2 ELA-Ⅰ和Ⅲ类分子的研究进展 |
| 1.3.3 ELA-Ⅱ类分子的研究进展 |
| 1.3.4 ELA 检测方法的研究进展 |
| 1.3.5 ELA 与疾病的关系 |
| 1.4 分子标记的研究进展 |
| 1.4.1 限制性片段长度多态性技术(RFLP) |
| 1.4.2 微卫星标记技术（SSR）和DNA 指纹技术（DFP） |
| 1.4.3 随机扩增多态性 DNA 技术(RAPD) |
| 1.4.4 扩增片段长度多态性技术(AFLP) |
| 1.4.5 聚合酶链式反应-单链构象多态技术(PCR-SSCP) |
| 1.4.6 DNA 芯片生物技术 |
| 1.4.7 其他分子标记检测技术 |
| 1.5 本课题的研究目的及意义 |
| 1.6 本课题的特色与创新之处 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验样品 |
| 2.1.2 主要试剂及来源 |
| 2.1.3 常用溶液及试剂的配制 |
| 2.1.4 主要仪器设备 |
| 2.1.5 主要分子生物学软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 马血液基因组DNA 的提取及检测 |
| 2.2.2 PCR 扩增 |
| 2.2.3 ELA-DRA 和DQA*exon2 基因的单链构象多态电泳（SSCP）分析 |
| 2.2.4 ELA-DRA，DQA，DRB 和DQB*exon2 基因的PCR 产物纯化和测序 |
| 2.3 数据分析方法 |
| 2.3.1 群体遗传学数据分析 |
| 2.3.2 等位基因的确定及序列同源性分析 |
| 2.3.3 突变位点分析 |
| 2.3.4 遗传距离统计方法 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 ELA-DRA*exon2 位点的多态性分析 |
| 3.1.1 ELA-DRA*exon2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 3.1.2 ELA-DRA*exon2 位点的核苷酸分析 |
| 3.1.3 ELA-DRA*exon2 位点的群体遗传学分析 |
| 3.1.4 ELA-DRA*exon2 位点的氨基酸序列分析 |
| 3.1.5 ELA-DRA*exon2 位点的进化分析 |
| 3.2 ELA-DQA*exon2 位点的多态性分析 |
| 3.2.1 ELA-DQA*exon2 位点的PCR-SSCP 分析 |
| 3.2.2 ELA-DQA*exon2 位点的核苷酸分析 |
| 3.2.3 ELA-DQA*exon2 位点的群体遗传学分析 |
| 3.2.4 ELA-DQA*exon2 位点的氨基酸序列分析 |
| 3.2.5 ELA-DQA*exon2 位点的进化分析 |
| 3.3 ELA-DRB*exon2 位点的多态性分析 |
| 3.3.1 ELA-DRB*exon2 位点的核苷酸分析 |
| 3.3.2 ELA-DRB*exon2 位点的氨基酸分析 |
| 3.3.3 ELA-DRB*exon2 位点的进化分析 |
| 3.4 ELA-DQB*exon2 位点的多态性分析 |
| 3.4.1 ELA-DQB*exon2 位点的核苷酸分析 |
| 3.4.2 ELA-DQB*exon2 位点的氨基酸分析 |
| 3.4.3 ELA-DQB*exon2 位点的进化分析 |
| 3.5 DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 位点多态性的综合分析 |
| 3.5.1 DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 位点氨基酸成分的使用一致性分析 |
| 3.5.2 DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 位点优势密码子及其相对使用频率的不均一性分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于采样及实验方法的讨论 |
| 4.1.1 关于采样方法和样本含量 |
| 4.1.2 基因组DNA的提取 |
| 4.1.3 PCR 扩增的主要影响因素 |
| 4.1.4 PCR-SSCP 技术的主要影响因素 |
| 4.2 关于ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点核苷酸变异的讨论 |
| 4.2.1 ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点的多态性 |
| 4.2.2 ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点的核苷酸变异模式 |
| 4.3 关于ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点密码子及其使用偏性的讨论 |
| 4.3.1 关于密码子碱基使用频率 |
| 4.3.2 关于密码子使用偏倚性 |
| 4.4 关于ELA-DRA和DQA*exon2位点的群体遗传学分析 |
| 4.4.1 ELA-DRA 和DQA*exon2 位点等位基因的分布 |
| 4.4.2 群体遗传多样性分析 |
| 4.5 关于ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点氨基酸变异的讨论 |
| 4.5.1 突变位点氨基酸变异的随机性 |
| 4.5.2 突变位点氨基酸变异率的不一致性 |
| 4.5.3 突变位点氨基酸变异位置的随意性 |
| 4.5.4 四个位点氨基酸组成的一致性 |
| 4.5.5 四个位点氨基酸变异程度的不一致性 |
| 4.6 关于ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点进化关系的讨论 |
| 4.6.1 分子系统发育分析基本原理 |
| 4.6.2 对七个马品种ELA-DRA、DQA、DRB 和DQB*exon2 四个位点的进化及亲缘关系分析 |
| 4.7 关于马的 MHC 在保护遗传学中的应用 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 作者简介 |
四、三河马运铁蛋白型的研究（论文参考文献）
- [1]中国蒙古马的遗传多样性与系统发育及起源研究[D]. 陈建兴. 内蒙古农业大学, 2012(06)
- [2]中国主要地方马群体遗传多样性及系统进化研究[D]. 凌英会. 中国农业科学院, 2010(10)
- [3]六个品种马CKM基因遗传多样性研究[D]. 姚全福. 内蒙古农业大学, 2010(11)
- [4]中国马遗传资源保护与利用研究[J]. 成月娇,马月辉,韩俊文. 中国畜牧兽医, 2009(12)
- [5]不同品种马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析[J]. 杨虹,孟克,王烨辉,芒来. 华北农学报, 2009(02)
- [6]中国西南马遗传资源特征研究[D]. 孙玉江. 内蒙古农业大学, 2008(06)
- [7]蒙古马血液蛋白(酶)遗传多态性及聚类分析[J]. 杨虹,孟克,王烨辉,芒来. 畜牧兽医学报, 2008(05)
- [8]新疆哈萨克马、伊犁马及杂种马遗传多样性的微卫星分析[D]. 李红. 新疆农业大学, 2008(10)
- [9]部分马品种血液蛋白（酶）多态性研究[D]. 孟克. 内蒙古农业大学, 2006(11)
- [10]马MHC-Ⅱ类分子遗传多样性的研究[D]. 孟青龙. 内蒙古农业大学, 2005(10)