一、瓯江彩鲤与日本锦鲤及其正反杂交F_1形态特征和生长初步研究（论文文献综述）
余陆伟[1]（2019）在《Slc24a5和mitfa基因对瓯江彩鲤黑色素形成的调控研究》文中研究表明黑色素在动物中广泛分布,对生物的伪装、抵抗危害具有重要作用。黑色素细胞在动物中的分布存在多种形态,会形成各种色素图案,尤其在鱼类中较为丰富。瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var.color）具有5种基本体色,“大花”、“麻花”和“粉花”中黑色素细胞的分布及发育使其体表形成了大小不一的黑色素斑块。利用瓯江彩鲤研究黑色素细胞形成的机制,为理解黑色素在鱼类中的进化和遗传提供重要参考。本文利用养殖生物学和分子生物学等研究方法,对瓯江彩鲤黑色素的发生及图案生成的过程进行观察,并初步对这一现象发生的分子遗传机制进行了初步探讨,对色素相关基因slc24a5和mitfa的地黑色素形成过程的分子功能进行初步研究。相关研究结果如下:1.黑色素在瓯江彩鲤胚胎和幼鱼时期的发生和分布观察本部分通过对人工授精获得的四种瓯江彩鲤（“大花”、“全红”、“粉花”、“粉玉”）胚胎及幼鱼进行观察,对受精后24小时（24 hpf）、36 hpf、48 hpf三个时期胚胎发育进行观察,主要关注黑色素在胚胎中的发生及发育;以及连续观察胚胎出膜后1天（1 dph）、2 dph、3 dph、5 dph、10 dph、15 dph黑色素在幼鱼身体部分的发生情况。实验结果表明:养殖温度在21℃-23℃时,在36hpf,胚胎首先在眼睛中出现黑色素,“大花”、“全红”、“粉花”的黑色素一致出现在这个时期;养殖温度在25℃,在24hpf“粉玉”眼睛便出现黑色素。黑色素出现在眼睛时,四种瓯江彩鲤胚胎发育形态（嗅囊出现）是一致的。出膜后,连续观察黑色素在胚体上的分布结果发现,在3dph,有黑斑品系身体部分（头部）出现黑色素（少量黑色素细胞）;5dph黑色素细胞明显增加,主要分布在鳔、尾鳍基部和头部,躯干部上有少量分布;10dph黑色素细胞继续增加,观察到黑色素细胞成片段化分布;无黑斑品系除眼睛外,始终没有观察到黑色素及黑色素细胞出现。以上研究表明:对比已报导的普通鲤鱼胚胎发育,有黑斑瓯江彩鲤的黑色素的形成较普通鲤鱼数量少且不均,而且出现时期明显推迟。无黑斑品系胚体无黑色素细胞发育和黑色素出现。后期黑色素图案的形成,在幼鱼初期已有雏形。2.slc24a5基因对瓯江彩鲤黑色素形成的调控Slc24a5基因对黑色素在皮肤上的沉积有推迟和减少的功能,能明显地影响动物的色彩。本部分通过分子克隆技术获得了瓯江彩鲤cDNA全长序列2316 bp,其中包括157bp的5’非编码区（UTR）、617bp 3’非编码区（UTR）和1542bp开放阅读框（ORF）,编码512个氨基酸。氨基酸序列比对分析表明,瓯江彩鲤slc24a5与其他鱼类的同源性高达75.44%-96.71%,与哺乳动物存在60%以上的同源性,说明该基因在鱼类中具有较高的保守性。荧光定量结果显示,slc24a5基因在有黑色素部分和黑色素出现期有较高的表达量,原位杂交结果表明在黑色素出现部分slc24a5基因表达有明显的表达信号,利用CRISPR/Cas9技术对斑马鱼slc24a5基因进行敲除造成了黑色素的显着缺失,表明slc24a5基因对黑色素形成的重要调控功能;同时构建瓯江彩鲤slc24a5基因过表达载体,对slc24a5基因敲除斑马鱼进行挽救,结果斑马鱼slc24a5基因突变体表型能够被瓯江彩鲤slc24a5基因挽救,实验表明slc24a5基因结构功能具有高度的保守性,同时表明slc24a5基因的完整结构对黑色素生成具有重要的调控作用。3.mitfa基因对瓯江彩鲤黑色素形成的调控mitfa基因是调控黑色素细胞发生、发育的重要转录因子,该基因的表达能够调控黑色素合成通路基因,从而影响黑色素在动物中的生成。本部分通过分子克隆技术获得四种瓯江彩鲤及普通鲤鱼的mitfa cDNA序列及DNA序列,cDNA序列及编码的氨基酸序列比对结果表明,四种瓯江彩鲤及普通鲤鱼mitfa基因序列核酸变异率低。同时该基因在4种瓯江彩鲤的皮肤组织中的表达量无显着差异;“大花”和“全红”的原位杂交结果表明,该基因在“大花”和“全红”中均有表达。另外从“大花”的不同时期的原位杂交结果中发现,mitfa基因的表达量随着黑色素的在皮肤中增加而增加。本部分结果说明瓯江彩鲤黑色素的发育和生长同其氨基酸序列无关联性,mitfa基因对瓯江彩鲤黑色素细胞的发育和生长有重要的调控作用,但并非是瓯江彩鲤黑色斑块形成的关键因子其对其它色素细胞也存在相应的功能。
陈红林[2]（2019）在《基于基因组重测序和基因编辑技术的瓯江彩鲤黑斑体色遗传机制研究》文中研究表明体色是动物最为明显的表型性状,具有多种生物学功能,同时也是自然选择和人工选择的目标之一。脊椎动物拥有最多的色素类型及图案,其中又以硬骨鱼类的色素模式最为丰富。由于脊椎动物的色素细胞均起源于神经嵴,而神经嵴又涉及到许多种类细胞的发育,因此研究鱼类体色的形成机制以及进化过程,可以为脊椎动物的进化提供深入见解。鱼类体色的形成涉及到色素的合成和转移、色素细胞的分化和迁移等过程,这些生物学活动中涉及到许多调控通路和基因的作用,同时也受到环境的影响。硬骨鱼类中,鲤科鱼类是体色类型最为丰富的种群之一。经过多年选育,本实验室已经建立了4种体色瓯江彩鲤的纯系,包括“大花”（红色底色黑色斑块,RB）、“粉花”（白色底色黑色斑块,WB）、“全红”（红色,WR）和“粉玉”（白色,WW）,并且4种体色可以稳定遗传给下一代,这为瓯江彩鲤的体色遗传研究奠定了基础。为初步探明各体色鲤的进化关系,筛选与鲤体色相关的候选基因,以及体色相关基因的调控作用,本论文以上述4种体色瓯江彩鲤、兴国红鲤、荷包红鲤及野鲤为实验材料,利用基因组重测序技术挖掘鲤的体色相关基因,并通过基因编辑技术,验证这些基因的功能,相关研究成果如下:1.基因组重测序分析不同体色鲤的进化关系及筛选体色相关候选基因本研究对瓯江彩鲤（“大花”、“粉花”、“全红”、“粉玉”）、红鲤（兴国红鲤、荷包红鲤）和野鲤共7种体色鲤的64个样本进行了基因组重测序,共获得17,638,455个SNP分子标记、1,931,463个Indel标记和2,600,335个SV标记。对上述7种体色鲤进行主成分分析（PCA）、系统进化树（phylogenetic tree）构建、连锁不平衡（linkage disequilibrium,LD）和群体遗传结构分析,结果表明:在主成分分析的结果中,野鲤与兴国红鲤聚为一类,荷包红鲤单独聚为一类,瓯江彩鲤按照家系来源聚为一类;系统进化树结果表明,瓯江彩鲤最早从野鲤中分化出,4种体色之间无进化时间上的差异,兴国红鲤最后从野鲤中分化出;连锁不平衡分析结果表明,瓯江彩鲤与荷包红鲤的分化时间基本一致,兴国红鲤进化起源距今最近,粉玉彩鲤的遗传多样性最低。通过对比4种体色瓯江彩鲤之间的差异SNP,筛选出大量与瓯江彩鲤体色形成相关的候选基因。为验证基因组重测序差异基因的筛选结果,从候选基因中挑选ASIP（Agouti-signaling protein）基因、TYRP1（5,6-dihydroxyindole-2-carboxylic acid oxidase;Tyrosinase-related protein 1）基因以及Mlpha（Melanophilin a）基因,并验证这些基因对瓯江彩鲤黑色斑块体色的影响。2.ASIP基因对瓯江彩鲤黑色斑块体色形成的影响ASIP基因位于黑色素通路的上游,哺乳动物的研究中该基因的高表达对真黑素具有抑制作用。通过对比基因组数据发现,瓯江彩鲤基因组中共包含2个ASIP基因,其中ASIP1基因位于9号连锁群,ASIP2基因位于11号连锁群,对2个ASIP基因分别进行克隆和拼接后获得ASIP1基因DNA全长2140 bp,ASIP2基因的DNA全长2896 bp,cds全长均为378 bp,2个ASIP之间的相似度为96%。定量表达分析的结果表明,ASIP基因在野鲤中的表达由背部到腹部呈指数上升,与野鲤的黑色素细胞密度呈负相关;在瓯江彩鲤的皮肤组织中,ASIP的表达量同样由背部到腹部逐渐升高,但在体侧皮肤中的表达出现不平衡,在无黑色皮肤中表达高于体侧黑色皮肤。在“大花”彩鲤中同时敲除2个ASIP基因后,体视显微镜下观察到突变嵌合体的体表黑色素细胞略缩小,黑色斑块弥散至整个背部,说明ASIP基因参与瓯江彩鲤斑块型体色的形成。3.TYRP1的加倍以及对彩鲤黑色斑块体色的影响TYRP1基因是TRP家族的一员,该家族是黑色素合成通路的核心,TYRP1基因的突变会导致人类的Ⅲ型白化病。本章节对瓯江彩鲤基因组中的TYRP1基因进行了克隆,首次发现该基因在鲤的基因组中有3个拷贝（分别为TYRP1a,TYRP1b和TYRP1c基因）。基因克隆后序列分析发现,TYRP1a基因DNA全长为9769 bp,cds全长为1575 bp;TYRP1b基因DNA全长为5796 bp,cds全长为1581 bp;TYRP1c基因DNA全长为5837 bp,cds全长为1581 bp。TYRP1a基因与TYRP1b和TYRP1c基因之间的相似度均为72%,TYRP1b与TYRP1c之间的相似度为97%。定量表达分析结果表明3个TYRP1基因在“大花”/“粉花”的黑色的皮肤组织与眼睛中都高表达,在“大花”/“粉花”的非黑色皮肤组织中低表达,其中TYRP1b与TYRP1c的表达规律相似,而且比TYRP1a的表达范围更广,推测TYRP1b与TYRP1c基因来自同一个基因的加倍。斑马鱼中TYRP1基因的敲除结果表明,单独敲除TYRP1a或TYRP1b基因并不会引起斑马鱼的体色变化,同时敲除2个基因则引起斑马鱼蓝色条纹的缺失。在“粉花”彩鲤中敲除3个TYRP1基因后,突变体出现了3种表型:完全突变体表现为全身黑色素缺失,体表呈现浅黄色,嵌合突变体则表现出棕色斑块和灰色斑块两种表型。单基因和多基因敲除结果表明,瓯江彩鲤和斑马鱼的TYRP1基因的多拷贝在功能上可能具有重复性,出现棕色斑块和灰色斑块两种不同的突变表型可能是由于两种突变中TYRP1b基因被破坏的位置不同。本章结果表明,TYRP1基因的突变体表型与“粉玉”彩鲤的体色十分接近,该基因可能是造成“粉花”与“粉玉”体色差异的重要因素。4.Mlpha基因对瓯江彩鲤黑色斑块体色的影响Mlpha基因与黑素体在黑色素细胞中的运输相关,该基因的突变会导致黑素体运输障碍,引起哺乳动物毛色变浅。本章节结合基因组分析和基因克隆,发现该基因在瓯江彩鲤基因组中存在加倍现象（Mlpha1和Mlpha2）,Mlpha1基因DNA全长为7565 bp,cds全长为1716 bp;Mlpha2基因DNA全长为13267 bp,cds全长为1668 bp。基因结构分析结果表明Mlpha2基因相比Mlpha1基因缺少一段氨基酸。Mlpha基因在“全红”皮肤组织中表达量最高,但在瓯江彩鲤皮肤组织中的表达与黑色斑块无显着的相关关系。推测Mlpha可能在“全红”彩鲤的皮肤中参与色素细胞迁移等其他调控。敲除Mlpha基因后,“大花”和“粉花”彩鲤突变体出现黑色素细胞急剧缩小或黑色素细胞树突退化且中空现象,整体呈现黑色斑块变浅的表型,推测是由于Mlpha基因不同功能区缺失造成的黑素体在黑色素细胞内的运输异常引起的。此外,本研究中发现Mlpha基因的突变可能与鱼类的免疫缺陷有关。
宋诗颖[3]（2019）在《T-box转录因子Eomesa在奇鳍发育过程中的功能及应用研究》文中认为附肢是脊椎动物重要的运动器官。形态各异的附肢使脊椎动物能很好地适应水、陆、空三大生态位,附肢的进化和发育一直以来都是古生物学、比较解剖学、发育生物学和进化生物学等领域中重大科学问题和长期争论的话题。鱼类的附肢包括奇鳍（包括背鳍、尾鳍和臀鳍）和偶鳍（包括胸鳍和腹鳍）,鱼类的偶鳍与四足动物的四肢是同源器官。目前,四肢和偶鳍的形成和发育调控模式趋于明晰,但对奇鳍的发育机制还知之甚少。奇鳍是偶鳍进化上的先驱,背鳍是鱼类进行游泳运动的一个重要器官。无背鳍鱼类的游动和捕食能力大大降低,但是这种鱼却因其圆滑的体型和怡然自得的游姿深受广大观赏鱼爱好者喜爱,如:金鱼中的“蛋种”金鱼。近年来的研究成果揭示了T-box转录因子家族在脊椎动物附肢形成和发育过程中起着关键的作用。其中,斑马鱼T-box转录因子Eomesa基因点突变纯合子出现背鳍缺失的表型。金鱼和鲤鱼是重要的水产经济鱼类。本研究中,我们利用金鱼和鲤鱼基因组数据,分别鉴定出分属5个亚家族的44和47个T-box基因家族成员。最后,比较了文昌鱼、哺乳动物（人和小鼠）和硬骨鱼类（斑马鱼,金鱼和鲤鱼）之间T-box基因家族成员数目的变化。结果显示,文昌鱼T-box基因数目为11,少于哺乳动物的数目（17）,约为斑马鱼数目（26）的一半;金鱼和鲤鱼T-box基因数目约为斑马鱼数目的二倍。硬骨鱼类特异的第3次全基因组复制（3R-WGD）和谱系特异（金鱼和鲤鱼祖先）的第4次全基因组复制（4R-WGD）显着增加了T-box基因家族成员的数目。本研究还初步探究了eomesa对鲤鱼奇鳍发育的影响。哺乳动物中的Eomes基因在斑马鱼中有两个同源基因eomesa和eomesb,在鲤鱼中鉴定得到eomesa1、eomesa2、eomesb1和eomesb2四个同源基因。我们根据生物信息分析得到的鲤鱼eomesa两个同源基因的序列设计4个靶点,并利用CRISPR/Cas9系统同时敲除瓯江彩鲤的eomesa1和eomesa2基因。24 hpf效率检测结果显示,F0代突变体中eomesa1基因四个靶点的群体敲除效率分别在30-50%,30-40%,20-50%和2-13%之间;eomesa2基因四个靶点的群体敲除效率分别在40-50%,35-50%,15-70%和7-15%之间。7 dpf效率检测结果显示,F0代突变体中eomesa1基因四个靶点的群体敲除效率分别为40%,80%,70%和20%;个体敲除效率分别为83.3%,76.7%,85.3%和13.3%。而eomesa2基因四个靶点的群体敲除效率分别为30%,80%,70%和20%;个体敲除效率分别为76.7%,77.7%,50.0%和31.3%。我们对4月龄的F0代突变体所有的鳍进行了详细的观察,最后发现12尾突变体出现背鳍部分缺失,1尾突变体（eomesa1和eomesa2的敲除效率为80%）的臀鳍缺失和2尾突变体（eomesa1和eomesa2的敲除效率≥90%）出现背鳍和臀鳍发育不良的表型。鲤鱼为两年性成熟,获得纯合突变体的周期长,因此我们对同属鲤科鱼类的斑马鱼进行了背鳍的发育观察。我们发现野生型斑马鱼在标准体长约为6.3mm时背鳍鳍芽已经形成,在标准体长约为7.5mm时背鳍已经基本形成。而在eomesa发生点突变的斑马鱼纯合突变体中,背鳍鳍芽不能正常发育,最后导致成年斑马鱼的背鳍外骨骼鳍条完全消失。茜素红-阿尔新蓝双染色结果显示,在30条突变体中共发现三种表型:第一种是保留有部分内骨骼支鳍骨和外骨骼鳍条,占6.7%;第二种是只留有部分内骨骼支鳍骨,占56.7%;第三种是内骨骼支鳍骨和外骨骼鳍条都消失,占36.7%。以上结果为研究奇鳍的形成和发育,和理解奇鳍与偶鳍形成机制的异同奠定了基础;同时也为进化上两栖类奇鳍消失的可能机制提供了理论依据;此外,本研究还为改造观赏鱼的奇鳍,提高其观赏价值提供了新的技术方法。
钱永生[4]（2019）在《四种体色瓯江彩鲤的摄食和呼吸特性差异及其感病转录组学分析》文中指出瓯江彩鲤（Cyprinus carpio var.color）,俗称“田鱼”,是浙江省瓯江流域广泛养殖的一种兼具食用和观赏性能的鲤科鱼类。在生产实践和前期的研究工作中发现,四种体色（“全红”WR、“大花”RB、“粉玉”WW、“粉花”WB）瓯江彩鲤在生长和抗病力等方面存在一定差异。迄今为止,人们对于不同体色瓯江彩鲤生长差异的原因与机理尚不清楚,其生长差异是否与消化生理特征,如摄食率、呼吸代谢率、相关消化酶的活性以及免疫强度有关呢?均未见相关报道。另一方面,如何从基因组水平解释不同体色瓯江彩鲤在感病或抗病性方面存在差异性,也非常值得关注。本文以来源于同一家系的四种体色瓯江彩鲤为材料,借助养殖生物学、生物行为学、组织病理学以及分子生物学、转录组学等研究手段来探讨这些问题。具体研究结果如下:一、四种体色瓯江彩鲤的摄食率和消化酶比较本章对四种体色瓯江彩鲤在两个月内的摄食及增重情况进行了分析。结果表明,“大花”体色瓯江彩鲤（RB）的绝对增重率和特定增重率均最高,显着高于其他3种体色（P<0.05）,“粉花”（WB）和“全红”（WR）的特定增重率无显着差异（P>0.05）,而“粉玉”（WW）的绝对增重率和特定增重率均显着低于其他体色（P<0.05）。试验期间,“大花”（RB）和“粉花”（WB）体色瓯江彩鲤的日摄食量显着高于“全红”（WR）和“粉玉”（WW）（P<0.05）,而“全红”（WR）和“粉玉”（WW）之间的日摄食量不存在显着差异（P>0.05）。从日摄食率看,“大花”（RB）显着高于“全红”（WR）（P<0.05）,“粉玉”（WW）显着低于其他体色（P<0.05）。总体上,日摄食量和日摄食率差异顺序为:“大花”（RB）>“粉花”（WB）>“全红”（WR）>“粉玉”（WW）。四种体色瓯江彩鲤的白天摄食率均高于夜间,其中具有红色体色的“全红”（WR）和“大花”（RB）的白天与夜间摄食率差异显着（P<0.05）,属于白天摄食类型;而具有白色体色的“粉玉”（WW）和“粉花”（WB）的白天与夜间摄食率无显着差异（P>0.05）,属于无明显摄食节律型。通过对3种消化酶活力测定表明,“全红”（WR）的脂肪酶（LPS）活性均高于其他3种体色,“粉玉”（WW）体色的LPS活力最低;“大花”（RB）和“粉花”（WB）体色的胰蛋白酶（TSP）活性显着高于“全红”（WR）和“粉玉”（WW）体色（P<0.01）;四种体色的α-淀粉酶（AMS）活性不存在显着性差异（P>0.05）。相关性分析表明,胰蛋白酶活性（TSP）和摄食率均与特定增重率呈极显着相关性（P<0.01）,脂肪酶活性（LPS）与特定增重率的相关性达到边缘显着性（P=0.056）,α-淀粉酶（AMS）与特定增重率无显着相关性（P>0.05）;摄食率与脂肪酶活性（LPS）呈极显着相关性（P<0.01）,与胰蛋白酶活性（TSP）呈显着相关性（P<0.05）,而摄食率与α-淀粉酶活性（AMS）无显着相关性（P>0.05）。以上结果反映了四种体色瓯江彩鲤的生长差异是与其相关代谢生理基础相关联的,为瓯江彩鲤的进一步种质改良与育种提供了理论依据。二、四种体色瓯江彩鲤呼吸耗氧率测定运用专业的loligo system呼吸测试仪,测定四种体色瓯江彩鲤呼吸耗氧率,发现“粉玉”（WW）体色能最快达到静息呼吸状态。“大花”（RB）的呼吸耗氧率最高[（109.75±6.61）mgO2/（kg·h）],“全红”（WR）[（98.74±3.49）mgO2/（kg·h）]较高,“粉花”（WB）[(86.13±4.39mgO2/（kg·h）]第三,而“粉玉”（WW）的值最低[（74.82±2.83）mgO2/（kg·h）],四种体色瓯江彩鲤间呼吸耗氧率差异水平显着（P<0.05）。三、四种体色瓯江彩鲤感染前后脾脏组织学观察与转录组学分析用嗜水气单胞菌人工感染后,感病组的瓯江彩鲤出现明显败血病症状,如腹部红肿,鳃盖、鳞片、尾鳍、腹鳍出现红血丝,肛门肿大并有白色浆液流出,其中“粉玉”（WW）体色个体死亡率为100%,其它3种体色个体死亡率相近。脾脏组织切片的结果表明,四种体色彩鲤瓯江彩鲤的对照组的切片胞质分布均匀,细胞核密度相当,总体上无区别。而感病组的细胞胞质间隙明显变宽,出现较大面积的空腔,细胞核分布密度降低,体积增大,其中“粉玉”（WW）体色表现最为明显。运用第二代测序技术（Illumina）对脾脏的转录组进行测序,共获得1316,059,478条原始数据。转录本功能注释中,GO注释发现共有34249个Unigene与生物过程有关,66452个Unigene与细胞组分相关,105949个Unigene与分子功能相关,注释比为42%。KEGG功能注释显示,环境信息处理组分中参与信号传导功能的Unigene为7335个,占比为68.67%;在生物体系统组别中,内分泌系统和免疫系统Unigene分别为3107、3958个,各占该组分的18.47%、25.53%,本转录组注释到的Unigene为19828个。经表达量分析后发现,在四种体色瓯江彩鲤的感病组中显着性表达的基因数为933个,其中共同表达上调的基因有619个,共同表达下调基因数为311个,且多注释到补体、凝集素、白细胞介素、TOLL样受体和免疫球蛋白等众多与免疫相关通路中。相对表达量比较分析可知,四种体色瓯江彩鲤个体在面对外源病菌侵入时,都能表现出较强的免疫特性,其中“粉玉”（WW）体色个体对外源性病菌的侵入最为敏感,表现出强应激性,其他三种体色总体相近。
李春青[5]（2019）在《基于转录组测序探讨金线鲃属鱼类体色表型性状差异的遗传基础》文中进行了进一步梳理解析生物表型性状变异的分子机理是进化生物学研究的主题之一。很多动物体色及色彩斑纹在种间存在高度变异,是可用于研究物种多样性与适应性进化的重要表型性状。金线鲃属（Sinocyclocheilus）鱼类是我国特产的鲤科鱼类,其生活环境与洞穴关系密切,物种分化强烈,适应性表型性状高度特化,不仅物种丰富、形态各异,而且体色的多样化程度非常高,现存的68种金线鲃之间都存在体色差异,因此该属鱼类无疑是研究动物体色变异分子机理的绝佳材料。然而,目前金线鲃属鱼类体色性状差异特征及其遗传学基础却知之甚少。为了揭示金线鲃属鱼类体色性状差异特征及其遗传学基础,本研究从金线鲃属鱼类中选取8个代表性物种作为研究对象,其中4种为洞穴型金线鲃,包括田林金线鲃（S.tianliennsis）、短须金线鲃（S.brevibusarbar）、宽角金线鲃（S.broadihornes）和犀角金线鲃（S.rhinocerous）,另外4种为地表型金线鲃,包括麻花金线鲃（S.maculatus）、丘北金线鲃（S.qiubei）、ensis季氏金线鲃（S.jii）和尖头金线鲃（S.oxycephalus）。每种金线鲃取3个生物学重复样品。8种金线鲃组成4对地表种-洞穴种进行对比分析。通过石蜡切片和显微拍照,对8种金线鲃的体色表型性状进行显微观察和皮肤比较组织学研究,从个体水平与组织细胞水平找出它们之间的体色性状差异特征。运用转录组测序技术（RNA-seq）对这8种金线鲃皮肤转录组测序,进行比较转录组分析,找出地表型与洞穴型金线鲃在无参分析和有参分析下都是差异表达的基因,筛选得到存在表达差异的体色相关候选基因。然后,重点筛选出所研究的4对地表种-洞穴种金线鲃中至少有3对呈现共同差异表达趋势的体色相关基因,对这些相对稳定、可信的差异表达基因,分析其在地表型与洞穴型金线鲃之间的表达模式及转录变化规律。主要研究结果如下:1.所研究的8种金线鲃的体色可分为地表型体色和洞穴型体色两大类型,又可细分为五种亚类型:①金黄色兼具或无少数黑斑（带）、②金黄色兼具大量黑斑、③棕褐色兼具少数黑斑（带）、④（淡）粉红色半透明状、⑤（浅）灰白色半透明状。地表型与洞穴型金线鲃皮肤均有树突状或雪花状的黑色素细胞分布,但地表型金线鲃黑色素细胞树状突起较多、粗、短,黑色素颗粒多,颜色较深,黑色素细胞数量多、分布范围广;洞穴型金线鲃黑色素细胞树状突起较少、细、长,黑色素颗粒少,颜色较浅,黑色素细胞数量少、分布范围窄。2.金线鲃属鱼类8个代表物种共24个样品的转录组测序,共获得237.95 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.61 Gb,Q30碱基百分比在90.80%及以上。转录组测序数据De 组装后共获得297,984条Unigene,与各功能数据库比对,共获得131,766条Unigene的注释结果。测序数据与滇池金线鲃（S.grahami）、犀角金线鲃（S.rhuinocero.s）和安水金线把（S.anshuiensis）基因组整合到一起形成的参考基因组进行比对分析,发掘新基因10,013个,其中7,726个得到功能注释。3.通过差异表达基因KEGG通路注释及富集分析发现,地表型与洞穴型金线鲃皮肤差异表达的基因涉及黑色素合成通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、嘌呤代谢、氧化磷酸化通路等,这些通路都可能会影响金线鲃属鱼类体色的形成。在这些通路中共有16个差异表达基因在洞穴型金线鲃皮肤中下调表达趋势明显,包括 ADCY9、PRKACAA、GNA15.1、NRAS、FBXW11B、DAAMl、TAO,MAPK13、MAPKAPK2A、GUK1A、ENTPD2B、POLR2G、SDHDB、SDHB、QCR9 和 ATP5MEB基因。其中,黑色素合成通路涉及的ADCY9、PRKA CAA、GNA15.1和NRAS基因可能是限制洞穴型金线鲃皮肤黑色素合成的关键基因。4.以斑马鱼的97个体色相关基因作为参考,在所研究的8种金线鲃中共发掘22 个体色相关基因,包括ADRB2A、ALDOAA、ATP6AP1B、ATP6VOD1、CHD7、CTR9、ECE2、ERBB3B、KITA、MED23、MIB1、MYCBP2、OCRL、OPN1LW2、PA1CS、PDHB、PSENEN、SMARCA4A、TRPM7,VPS18、VPS39 和 YAP1 基因。该22个基因与色素细胞的增殖、迁移、分化、存活及色素合成等相关,在洞穴型金线鲃中下调表达趋势明显,这些基因在金线鲃体色形成中可能发挥重要作用。综上,本研究选择了具有代表性的4种洞穴型金线鲃和4种地表型金线鲃,从个体水平与组织细胞水平找出它们之间的体色性状差异特征;进行比较转录组分析,发现了影响金线鲃属鱼类体色形成的代谢通路,筛选获得多个体色相关基因,构建了地表型与洞穴型金线鲃体色相关基因的表达差异与体色性状差异之间的联系,揭示了金线鲃属鱼类体色差异在基因表达层次的遗传学基础,为探索该属鱼类适应性进化及物种形成的分子机制提供了新的科学依据。
马冬梅,黄樟翰,朱华平,谢骏[6]（2019）在《广东粤北地区禾花鱼的形态特征及遗传学分析》文中研究表明本研究从粤北地区具有代表性的养殖基地随机取禾花鱼67尾,对其形态进行拍照测量和统计分析,依据形态比例数据可将目前养殖的禾花鱼分为偏向修长型和偏向团圆型两类,与目前已有报道的6种鲤鱼（Cyprinus carpio）的形态学数据进行主成分分析。结果显示,在以总体体型为特征的第1主成分中,长体型禾花鱼与兴国红鲤（C. carpio var. Xingguonensis）、镜鲤（C. carpio var. specularis）和建鲤（C. carpio var. Jian）聚在一起,而与和瓯江彩鲤（C. carpio var. color）、荷包红鲤（C.carpio var. wuyuannensis）聚在一起的团圆体型禾花鱼区分开;在以头部形态为特征的第2主成分中,长体型禾花鱼与团圆体型禾花鱼聚在一起,而与镜鲤和欧江彩鲤区分开。形态学聚类分析结果显示,长体型禾花鱼与兴国红鲤、镜鲤、黄河鲤和建鲤聚合为一支,荷包红鲤与瓯江彩鲤聚为另一支,而团圆体型的禾花鱼介于两支之间。COⅡ基因测序及聚类分析结果表明,禾花鱼为鲤属鲤种的一个群体,2种体型禾花鱼的COⅡ多态位点比例仅为0.33%。以上研究结果可为禾花鱼的下一步选育提供参考资料。
黄先全,王永明,罗霞,董春燕,覃川杰,李斌,谢碧文,葛正良[7]（2017）在《中华沙鳅、宽体沙鳅及两者杂交种幼鱼生长和消化酶活性比较》文中认为【目的】考察中华沙鳅（Botia superciliaris）、宽体沙鳅（Botia reevesae）及两者杂交种幼鱼的生长特性。【方法】以各自1对亲鱼人工繁殖获得的60d龄中华沙鳅、宽体沙鳅和两者的杂交种幼鱼（中华沙鳅为母本,宽体沙鳅为父本）为研究对象,经15d人工饲料驯化后,进行为期210d的生长实验。实验结束后对三者的生长、饲料消化率和消化酶活性进行比较。【结果】中华沙鳅和宽体沙鳅的绝对生长率接近,并均比杂交种的绝对生长率高,且与后者相比均具有统计学意义上的差异（p<0.05）;中华沙鳅的相对生长率、特定生长率最高,与其他两种鱼的这两项指标相比均具有统计学意义上的差异（p<0.05）;宽体沙鳅的丰满度最高,且3种鱼丰满度的差异均具有统计学意义（p<0.05）。中华沙鳅的饲料总消化率最高,宽体沙鳅的次之,杂交种的最低,且杂交种与中华沙鳅间的这一指标差异具有统计学意义（p<0.05）;三者的蛋白质消化率间没有统计学意义上的差异。中华沙鳅的淀粉酶、脂肪酶、胃蛋白酶和胰蛋白酶活性均为最高,与宽体沙鳅和杂交种的对应指标间的差异均具有统计学意义（p<0.05）;与宽体沙鳅的淀粉酶和胰蛋白酶活性相比,杂交种的两种酶活性更高,且与前者的差异均具有统计学意义（p<0.05）。【结论】中华沙鳅比宽体沙鳅更偏肉食性,三者对人工配合饲料的利用率中华沙鳅最高,宽体沙鳅次之,杂交种最低。
骆瑜蓉[8]（2017）在《红鲤、红鲫及其杂种的体色发育机制研究》文中指出观赏鱼因其绚丽多彩的体色深受欢迎,而色素细胞的形成、分化及迁移等决定了其体色的发生。红鲤和红鲫体表呈橙红色,具有观赏价值且易养殖。观察发现,红鲤从胚胎到成体,体表都没观察到黑色素细胞;然而红鲫在胚胎期有黑色素细胞的发生,1月龄前体表为青灰色,3月龄后通体变为橙红色;而红鲤和红鲫的杂交后代即鲫鲤杂种,在胚胎期就有黑色素细胞的发生,青灰体色一直保持为成体特色。在本课题中主要以红鲤、红鲫及其杂种为材料,旨在探讨导致红鲤、红鲫及其杂种体色差异形成的发育机制。具体研究结果如下:1.分别对红鲤、红鲫自交后代及红鲫红鲤杂种的胚胎体色以及幼苗、成体中部侧线鳞片和远端尾鳍进行色素细胞种类、分布、数量的显微观察。红鲤从胚胎到幼苗及成体中部侧线鳞片和远端尾鳍未观察到黑色素细胞;红鲫幼苗体表含有黑色素细胞、红色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞,而成体的中部侧线鳞片和远端尾鳍仅观察到红色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞;而红鲫与红鲤的杂交后代,不管是幼苗还是成体的侧线鳞片和远端尾鳍,都含有黑色素细胞、红色素细胞、黄色素细胞和虹彩细胞;2.结合RT-PCR技术,检测了黑色素细胞标记基因mitfa、tyrp-1和dct,黄色素细胞标记基因fms及虹彩细胞标记基因foxd3和ltk在红鲤、红鲫及其杂种的体色素期的胚胎和成体皮肤中的表达情况。结果表明,在三种鱼的体色素期胚胎和成体皮肤中均检测到fms、foxd3、ltk的表达;黑色素细胞标记基因mitfa在三种鱼的体色素期胚胎和成体皮肤均表达,但tyrp-1和dct在红鲤体色素期胚胎、红鲫和红鲤成体皮肤中没有或极弱表达。3.对红鲤体色素期胚胎、成体皮肤中检测到的mitfa基因进行测序,与锦鲤的mitfa基因序列进行比对,完全一致,这表明mitfa在红鲤中确实有表达;4.以红鲤、红鲫及其杂种体节期和体色素期胚胎为材料,分离胚胎细胞并进行体外培养,在经多次传代后的红鲫、鲫鲤杂种的胚胎培养细胞中观察到黑色素样细胞;5.RT-PCR检测在红鲤、红鲫及其鲫鲤杂种的胚胎培养细胞中mitfa及其他色素相关功能基因的表达,结果表明mitfa、tyr、dct、fms、foxd3和ltk在红鲤、红鲫及其杂种胚胎的培养细胞均有表达;6.利用构建的mitfa-EGFP质粒,对红鲤、红鲫及其杂种胚胎的培养细胞进行转染试验,均观察到mitfa+细胞,且这些mitfa+细胞能够传代培养。综上所述,本文研究表明,mitfa、tyrp-1、dct、fms、foxd3和ltk等色素细胞发育相关基因参与了红鲤、红鲫及其杂种体色形成和体色发育的调控。值得关注的是,黑色素干细胞标记基因mitfa在无黑色素表型的红鲤胚胎及红鲤和红鲫的成体皮肤中均有表达,显示mitfa基因可能还参与了非黑色素细胞的分化和发育调控。离体培养的红鲤、红鲫及其杂种胚胎细胞中均检测到mitfa+细胞,且mitfa、tyr、dct、fms、foxd3和ltk在红鲤、红鲫及其杂种胚胎的培养细胞均有表达,证实体外培养胚胎细胞中含有的色素干细胞具有分化形成不同色素细胞的潜能。相关研究成果为深入解析鲤、鲫体色发育机制奠定了理论基础和技术平台。
林明雪[9]（2015）在《鲤和罗非鱼配套系育种的配套效应研究》文中进行了进一步梳理随着我国水产育种工作的不断推进,高代选育群体会不断增加,但近交衰退也会随之而来。如何发挥高代选育品种或群体的种质特性,充分利用其遗传纯度高、目标性状稳定等特点,是对高代选育群体继续利用的一项重要课题。本论文以三个高代选育鲤品种（兴国红鲤、玻璃红鲤和荷包红鲤）和三个尼罗罗非鱼品系（新吉富、吉富和吉诺玛）为材料,利用分子遗传学与数量遗传学的原理和方法研究鲤和尼罗罗非鱼配套亲本的表型和遗传变异,以及配套组合的配套效应。研究结果丰富和发展了鱼类配套育种理论和鱼类形态学数据处理方法,为筛选尼罗罗非鱼最佳配套组合,选育罗非鱼新品种提供了理论依据。具体内容如下:1、鲤高代选育品种配套利用的遗传背景研究本部分以三个高代选育鲤品种（兴国红鲤、玻璃红鲤和荷包红鲤）为模式研究对象,以彩鲤（瓯江彩鲤、日本锦鲤、长鳍鲤）、青灰色的野鲤（长江野鲤、瓯江野鲤、珠江野鲤和黑龙江野鲤,以及欧洲野鲤）和人工养殖鲤（德国散鳞镜鲤）为参照对象,应用线粒体全序列与微卫星分子标记技术分析了它们的遗传变异。测定了玻璃红鲤、长鳍鲤、日本锦鲤、长江野鲤、珠江野鲤、瓯江野鲤、黑龙江野鲤、匈牙利野鲤和德国散鳞镜鲤共9种鲤的线粒体DNA全序列,在基于Mr Bayes、MP、ML三种方法构建的线粒体DNA全序列、蛋白编码序列、D-loop区的聚类关系树表明:荷包红鲤与野鲤亲缘关系最远,兴国红鲤与野鲤亲缘关系最近,且表明我国的红鲤群体来源于彩鲤。进一步基于8个微卫星分子标记技术进行了遗传多样性检测、聚类分析、主成分分析、STRUCTURE遗传聚类分析等表明:配套系育种群体的遗传多样性低于彩鲤和野鲤群体;两个欧洲鲤（匈牙利野鲤、德国散鳞镜鲤）聚为一类;四种野鲤（黑龙江野鲤、珠江野鲤、长江野鲤、瓯江野鲤）与玻璃红鲤、兴国红鲤聚为一类;两种彩鲤（瓯江彩鲤、日本锦鲤）与长鳍鲤、荷包红鲤聚为一类。配套系育种群体分别聚为两大类,相互间出现了较大的遗传变异,有利于开展配套系育种。2、鲤高代选育品种的配套效果研究水产生物高代选育品种的种质资源持续利用是其育种中的一个重要问题。本部分以兴国红鲤、荷包红鲤、玻璃红鲤这三个高世代选育品种为模式材料,通过3×3完全双列杂交,分析了杂交子一代在体重、全长、体长、体高和体宽这5个生长性状的配合力和杂种优势。结果发现:这5个生长性状的一般配合力极低,而特殊配合力较高而显着,表明高代选育品种进一步直接选育十分困难,而通过配套组合可较好地表现出品种间的杂种优势。进一步对杂种优势的分析表明,6个杂交组合间均表现出正向的平均杂种优势,其体重平均杂种优势达23.33%,其中4个杂交组合表现出超亲优势。研究结果说明,对近交程度较高的高代选育品种,可进行配套利用来继续发挥其优异种质特性。3、两种方法对鲤配套系育种群体形态学数据的比较分析本部分以兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤三个高世代选育红鲤品种配套产生的9个群体的形态学数据为对象,比较了传统形态学方法与分子群体遗传学方法对高代选育品种配套利用形态学性状的分析效果。结果表明:两类方法的聚类分析结果一致;主成分分析的结果表明传统形态学分析方法能更好地反映个体间的形态差异,而分子群体遗传学方法则能更好地反映群体间的形态差异;判别分析的结果显示两类方法的综合判别率相当;利用STRUCTURE软件进行的遗传聚类分析结果也进一步表明,两类方法所得的结果一致。研究结果表明,应用传统形态学方法与分子群体遗传学方法分析高代选育红鲤品种配套利用的形态学性状是一致的,进一步说明分子群体遗传学方法处理鲤科鱼类形态学数据是可行的。4、尼罗罗非鱼配套系育种的配套效应研究为筛选最佳的尼罗罗非鱼配套组合,选育出尼罗罗非鱼新品种,本部分以三个尼罗罗非鱼品系（“新吉富”、“吉富”、“吉诺玛”）为研究材料,应用3×3完全双列杂交技术构建了不同的配套组合,分析了各组合子一代在体重、全长、体长、体高和体宽这5个生长性状的配合力和杂种优势。结果表明:五个生长性状均未检测到一般配合力,而主要受到特殊配合力的影响,特殊配合力效应达62%以上,说明对这三种尼罗罗非鱼进行配套利用较易获得杂种优势。杂种优势分析的结果说明吉诺玛♀×新吉富♂、新吉富♀×吉诺玛♂、吉富♀×新吉富♂这三个配套组合的杂种效果明显,其中吉诺玛♀×新吉富♂为最佳的配套组合。研究结果不仅丰富了鱼类配套系育种的基础理论,而且为罗非鱼新品种培育提供了依据。
陈紫辉[10]（2014）在《长鳍鲤（C.carpio var.longfin）、锦鲤（C.carpio var.koi）与正反交子代遗传差异分析》文中研究指明本研究对长鳍鲤（C. carpio var. longfin）、锦鲤（koi carp）及其正反交子代之间的遗传差异做了研究。首先对这四种鱼的可数性状与可量性状做出测量，通过对这些数据的统计，分析它们之间的形态性状差异；采用传统空气干燥方法，提取四种鱼的染色体，得到它们的染色体中期分裂图像，分析其核型组成，分析亲本与子代之间染色体核型组成差异；利用特异引物，扩增5SrDNA重复序列，分析亲本与子代之间的序列差异。本研究的内容包括：1、长鳍鲤、锦鲤及子代形态差异分析测量传统可数性状（7项）和传统可量性状（12项），设置身体框架，在框架上取点测量框架数据（19项）。首先通过方差分析对测量数据进行标准化，消除鱼不同规格对数据的影响，再用主成分分析（Principal Component Analysis）、聚类分析（cluster analysis）、判别分析（discriminant analysis）等多元统计方法，对长鳍鲤（C.carpio var. longfin），锦鲤（Koi carp）及其正反交F1（长鳍鲤♀×锦鲤♂，锦鲤♀×长鳍鲤♂）的形态特征差异进行分析。结果表明：长鳍鲤、锦鲤及正反交子代的可数性状中背鳍、胸鳍、腹鳍、臀鳍、侧线上鳞、侧线鳞、侧线下鳞基本一致，各项差异不显着。主成分分析的6个主要组成成分，累积贡献率为75.038%。聚类分析结果可知正交子代的形态与母本长鳍鲤较为接近，反交子代介于母本和父本之间。用逐步判别法建立了4种鱼的判别函数，得到的判别准确率分别为86.2%～100%（P1）、86.2%～96.8%（P2），综合判别率为93.3%。2、长鳍鲤、锦鲤及子代核型分析取长鳍鲤、锦鲤及杂交子代的头肾，采用PHA秋水仙素体内腹腔注射，空气干燥法制作头肾染色体标本，结果显示四种鱼的染色体数目均为2n=100，但是核型略有差异。长鳍鲤的染色体核型为2n=20m+24sm+56stt，臂数（NF）为144；锦鲤的染色体核型为2n=22m+30sm+48stt，臂数（NF）为152；正交子代的染色体核型为2n=22m+26sm+52stt，臂数（NF）为148；反交子代的染色体核型为2n=22m+26sm+52stt，NF=148。正反交子代的核型一致，但是与两亲本不同，介于亲本染色体核型之间，推测杂交子代不是雄核发育，也不是雌核发育，很可能是两亲本之间配子的杂合体。3、长鳍鲤、锦鲤及子代5SrDNA结构差异分析我们通过采集鳍条，设计特异引物，扩增提取长鳍鲤、锦鲤及正反交子代的5s rDNA，进行序列分析。结果表明：长鳍鲤、锦鲤及杂交子代只有一种5s rDNA结构单元（203bp），亲本间编码区高度保守，而非转录间隔区碱基变异明显；正反交子代非转录间隔区-41、-53、-55位置的碱基与锦鲤亲本的碱基一致，分别是鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）、胸腺嘧啶（T）；正反交子代-4位置碱基与长鳍鲤亲本的碱基一致，为胞嘧啶（C）；杂交子代与长鳍鲤，锦鲤5s rDNA的同源性分别为96.4%和98.8%。
二、瓯江彩鲤与日本锦鲤及其正反杂交F_1形态特征和生长初步研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、瓯江彩鲤与日本锦鲤及其正反杂交F_1形态特征和生长初步研究（论文提纲范文）
（1）Slc24a5和mitfa基因对瓯江彩鲤黑色素形成的调控研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1.黑色素在鱼类中的研究状况 |
| 2. slc24a5 基因对黑色素的功能研究进展 |
| 3. mitfa基因调控黑色素形成的研究进展 |
| 4.本论文的研究目的及意义 |
| 5.本论文的总体技术路线 |
| 第一章 四种体色类型瓯江彩鲤黑色素出现规律观察 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验仪器与试剂 |
| 1.3 黑色素细胞出现规律观察 |
| 2.结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 第二章 瓯江彩鲤slc24a5 基因克隆与功能分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 slc24a5 基因全长的克隆与序列分析 |
| 2.2 同源性分析与系统发生树构建 |
| 2.3 slc24a5 基因在有关组织和发育时期的表达分析 |
| 2.4 瓯江彩鲤slc24a5 基因整体原位杂交 |
| 2.5 斑马鱼slc24a5 基因突变体构建 |
| 2.6 瓯江彩鲤slc24a5 基因挽救斑马鱼幼鱼slc24a5 缺失表型 |
| 3 讨论 |
| 第三章 瓯江彩鲤mitfa基因克隆与功能初步分析 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 2.结果与分析 |
| 2.1 瓯江彩鲤mitfa基因克隆及序列分析 |
| 2.2 mitfa基因结构分析 |
| 2.3 mitfa基因在瓯江彩鲤的时空表达分析 |
| 3.讨论 |
| 小结 |
| 思考与展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）基于基因组重测序和基因编辑技术的瓯江彩鲤黑斑体色遗传机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 鱼类的体色 |
| 1.1.1 鱼类的色素细胞 |
| 1.1.2 鱼类的色素合成与调控 |
| 1.1.3 鱼类的体表图案 |
| 1.2 现阶段鱼类体色主要研究技术及应用 |
| 1.2.1 基因组学与转录组学在鱼类体色研究中的应用 |
| 1.2.2 基因编辑技术在体色基因功能研究中的应用 |
| 1.3 鲤的体色遗传研究 |
| 1.3.1 瓯江彩鲤的体色分类及遗传关系 |
| 1.3.2 瓯江彩鲤的体色研究基础及意义 |
| 1.4 本论文的总体技术路线 |
| 第二章 基因组重测序分析不同体色鲤的进化关系及筛选体色相关候选基因 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 重测序样品的选择 |
| 2.1.2 DNA的提取及质量控制 |
| 2.1.3 文库构建与测序 |
| 2.1.4 数据质控与比对 |
| 2.1.5 变异检测及群体遗传分析 |
| 2.1.6 候选基因筛选 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 数据产出 |
| 2.2.2 进化分析 |
| 2.2.3 候选基因的鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 ASIP基因对瓯江彩鲤黑色斑块体色形成的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 ASIP基因结构分析 |
| 3.2.2 ASIP基因的背腹差异表达 |
| 3.2.3 ASIP基因在瓯江彩鲤中的敲除 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 TYRP1 的加倍以及对彩鲤黑色斑块体色的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 TYRP1 基因在彩鲤中的加倍与结构分析 |
| 4.2.2 TYRP1 基因在彩鲤各组织中的差异表达 |
| 4.2.3 TYRP1 基因在斑马鱼中的敲除 |
| 4.2.4 TYRP1 基因在瓯江彩鲤中的敲除 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 TYRP1 基因在彩鲤中的加倍 |
| 4.3.2 TYRP1 在彩鲤和斑马鱼中的敲除 |
| 第五章 Mlpha基因对瓯江彩鲤黑色斑块体色的影响 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 Mlpha基因在彩鲤中的加倍 |
| 5.2.2 Mlpha基因在彩鲤各组织中的差异表达 |
| 5.2.3 Mlpha基因在斑马鱼中的敲除 |
| 5.2.4 Mlpha基因在彩鲤中的敲除 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 Mlpha在瓯江彩鲤皮肤中的表达 |
| 5.3.2 Mlpha基因在瓯江彩鲤中的敲除 |
| 总结 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间已发表的学术论文 |
| 致谢 |
（3）T-box转录因子Eomesa在奇鳍发育过程中的功能及应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 1.1 斑马鱼作为模式生物的优势 |
| 1.2 金鱼和鲤鱼的研究价值 |
| 1.3 脊椎动物的附肢发育 |
| 1.3.1 附肢的发育模式 |
| 1.3.2 肢芽发生的调控机制 |
| 1.4 T-box转录因子家族的介绍及其在附肢发育中的作用 |
| 1.5 Eomesodermin基因的研究进展 |
| 1.6 研究目的 |
| 第二章 T-box基因家族的进化分析 |
| 2.1 实验方法 |
| 2.1.1 金鱼和鲤鱼T-box基因家族成员的鉴定及结构域分析 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 金鱼和鲤鱼T-box基因家族成员鉴定 |
| 2.2.2 T-box基因家族成员数目的比较研究 |
| 2.2.3 金鱼和鲤鱼T-box家族进化分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 瓯江彩鲤eomesa1和eomesa2 双突变体的构建 |
| 3.1 瓯江彩鲤的来源及饲养条件 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 鲤鱼eomesa基因的鉴定与验证 |
| 3.2.2 eomes基因的系统发育分析 |
| 3.2.3 靶点设计和gRNA的合成 |
| 3.2.4 人工授精和显微注射 |
| 3.2.5 敲除效率检测 |
| 3.2.6 表型观察 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 鲤鱼eomesa基因的基因结构及系统发育分析 |
| 3.3.2 鲤鱼eomesa1和eomesa2双突变体的构建 |
| 3.3.3 24hpf敲除效率检测 |
| 3.3.4 7dpf敲除效率检测 |
| 3.3.5 瓯江彩鲤eomesa1和eomesa2嵌合体表型分析 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 斑马鱼eomesa基因对奇鳍发育影响的初步研究 |
| 4.1 斑马鱼的来源及饲养条件 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 斑马鱼eomesa~(fh105/+)突变体基因型鉴定 |
| 4.2.2 背鳍发育过程拍摄 |
| 4.2.3 骨骼染色 |
| 4.2.4 pTol2-eomesa-EGFP多克隆位点表达载体构建 |
| 4.2.5 Tol2 转座酶mRNA体外转录 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 斑马鱼背鳍发育观察 |
| 4.3.2 eomesa基因突变影响背鳍鳍芽的形成 |
| 4.3.3 pTol2-eomesa-EGFP转基因鱼系构建 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 讨论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（4）四种体色瓯江彩鲤的摄食和呼吸特性差异及其感病转录组学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1.国内外研究现状及趋势 |
| 2.本论文的研究目的与意义 |
| 3.本论文主要研究内容与技术路线 |
| 第一章 四种体色瓯江彩鲤摄食、消化酶活性和生长比较及其相关性分析 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 实验条件 |
| 1.2 实验鱼 |
| 1.3 实验设计与方法 |
| 1.4 试验仪器与试剂 |
| 1.5 数据处理及统计分析 |
| 2.结果 |
| 2.1 不同体色瓯江彩鲤的摄食率差异 |
| 2.2 不同体色瓯江彩鲤的摄食节律 |
| 2.3 不同体色瓯江彩鲤的增重率差异 |
| 2.4 四种体色瓯江彩鲤消化酶活性测定 |
| 2.5 相关性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 不同体色瓯江彩鲤的摄食差异 |
| 3.2 不同体色瓯江彩鲤的摄食节律 |
| 3.3 不同体色瓯江彩鲤之间的增重差异 |
| 3.4 消化酶活性比较及相关性分析 |
| 第二章 四种体色瓯江彩鲤呼吸耗氧率测定 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 呼吸耗氧率的测定 |
| 2.结果 |
| 2.1 呼吸耗氧率测定结果 |
| 3.讨论 |
| 第三章 四种体色瓯江彩鲤感染前后脾脏组织学观察及转录组学分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验鱼与管理 |
| 1.2 菌株制备与感染 |
| 1.3 感染前后脾脏切片的制作 |
| 1.4 脾脏RNA的提取、纯化和转录组文库的构建 |
| 2.结果 |
| 2.1 感染前后瓯江彩鲤的表观形态学观察 |
| 2.2 感染前后脾脏组织切片观察 |
| 2.3 脾脏RNA的提取、质检报告及转录组数据分析 |
| 3.讨论 |
| 3.1 瓯江彩鲤感病形态与组织切片观察分析 |
| 3.2 转录组学分析 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 硕士阶段发表文章 |
| 致谢 |
（5）基于转录组测序探讨金线鲃属鱼类体色表型性状差异的遗传基础（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 鱼类体色研究进展 |
| 1.1.1 鱼类体色形成的生物学基础 |
| 1.1.2 鱼类体色形成的影响因素 |
| 1.1.3 鱼类体色相关基因研究进展 |
| 1.2 转录组测序(RNA-seq)技术 |
| 1.2.1 RNA-seq技术简介 |
| 1.2.2 RNA-seq技术在鱼类体色研究中的应用 |
| 1.3 金线鲃属鱼类体色及转录组学研究进展 |
| 1.3.1 金线鲃属鱼类的体色研究 |
| 1.3.2 金线鲃属鱼类的转录组学研究 |
| 1.4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 金线鲃属鱼类八个代表物种体色观察及皮肤比较组织学研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验动物 |
| 2.2.2 主要仪器设备 |
| 2.2.3 主要试剂 |
| 2.2.4 样品采集及拍照 |
| 2.2.5 实验试剂的配制 |
| 2.2.6 石蜡切片制作 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 数码相机拍照与体色观察 |
| 2.3.2 皮肤体视显微镜拍照 |
| 2.3.3 皮肤组织石蜡切片 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 金线鲃属鱼类体色类型及分析 |
| 2.4.2 金线鲃属鱼类皮肤表皮层黑色素细胞的形态及分布 |
| 2.4.3 金线鲃属鱼类皮肤组织石蜡切片比较分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 金线鲃属鱼类八个代表物种皮肤比较转录组研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 实验动物 |
| 3.2.2 主要仪器设备 |
| 3.2.3 主要试剂与试剂盒 |
| 3.2.4 样品采集 |
| 3.2.5 皮肤组织总RNA提取及质检 |
| 3.2.6 cDNA文库构建及转录组测序 |
| 3.2.7 测序数据的De novo组装及分析 |
| 3.2.8 测序数据与参考基因组比对分析 |
| 3.2.9 差异表达基因的实时荧光定量PCR验证 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 RNA质量检测结果 |
| 3.3.2 测序数据及质量控制 |
| 3.3.3 转录组测序数据De novo组装结果 |
| 3.3.4 组装数据的功能注释结果 |
| 3.3.5 转录组数据与参考基因组序列比对结果 |
| 3.3.6 新基因预测分析 |
| 3.3.7 可变剪接事件预测 |
| 3.3.8 地表型与洞穴型金线鲃皮肤差异表达基因筛选 |
| 3.3.9 地表型与洞穴型金线鲃差异表达基因GO功能富集分析 |
| 3.3.10 地表型与洞穴型金线鲃差异表达基因KEGG通路注释及富集分析 |
| 3.3.11 金线鲃属鱼类体色相关基因的发掘 |
| 3.3.12 转录组测序结果的qPCR验证 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 金线鲃属鱼类样本采集与资源保护 |
| 3.4.2 测序数据与De novo组装结果及参考基因组的比对率分析 |
| 3.4.3 金线鲃属鱼类皮肤黑色素合成通路差异表达基因分析 |
| 3.4.4 金线鲃属鱼类体色相关基因分析 |
| 3.4.5 与前人关于金线鲃属鱼类研究对比分析 |
| 3.4.6 洞穴型金线鲃属鱼类色素退化的生物学意义分析 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 结论、创新点与研究展望 |
| 4.1 结论 |
| 4.2 创新点 |
| 4.3 研究展望 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间完成的科研成果 |
| 致谢 |
（6）广东粤北地区禾花鱼的形态特征及遗传学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验鱼 |
| 1.2 形态观察与测量 |
| 1.3 数量性状分析和统计 |
| 1.4 禾花鱼与其他6种鲤鱼形态学比较分析 |
| 1.5 利用COⅡ基因分析禾花鱼的进化地位 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 稻田养殖禾花鱼的形态观察与数据测量 |
| 2.2 稻田养殖禾花鱼形态的聚类分析 |
| 2.3 稻田养殖禾花鱼形态的主成分分析 |
| 2.4 稻田养殖禾花鱼与其他几种鲤鱼的形态比较分析 |
| 2.5 禾花鱼线粒体COⅡ基因的克隆与进化分析 |
| 3 讨论 |
（7）中华沙鳅、宽体沙鳅及两者杂交种幼鱼生长和消化酶活性比较（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验设计和饲养管理 |
| 1.3 测定指标和分析方法 |
| 1.3.1 生长指标和形态指标 |
| 1.3.2 饲料消化率 |
| 1.3.3 消化酶活性 |
| 1.4 数据分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 3种实验鱼的生长情况 |
| 2.2 3种实验鱼的饲料消化率 |
| 2.3 3种实验鱼的消化酶活性 |
| 3 讨论 |
（8）红鲤、红鲫及其杂种的体色发育机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 前言 |
| 1.1 鱼类体色发育研究概述 |
| 1.1.1 鱼类色素细胞类型及结构特点 |
| 1.1.2 鱼类色素干细胞的研究 |
| 1.1.3 鱼类体色发育的调控机制 |
| 1.2 鱼类胚胎细胞的体外培养 |
| 1.2.1 鱼类胚胎细胞体外培养的概述 |
| 1.2.2 鱼类胚胎细胞体外培养的影响因素 |
| 1.3 体外培养鱼类胚胎细胞在生物学研究中的应用 |
| 1.3.1 体外培养鱼类胚胎细胞在病毒学研究中的应用 |
| 1.3.2 体外培养胚胎细胞在鱼类资源保护与遗传育种中的应用 |
| 1.3.3 体外培养鱼类胚胎细胞在肿瘤研究中的应用 |
| 1.4 研究的目的与意义 |
| 第二章 实验材料和方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验仪器和试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 鱼类体色的细胞学观察 |
| 2.3.2 体节期和体色素期胚胎细胞的体外培养 |
| 2.3.3 受精卵显微注射 |
| 2.3.4 几种体色发育相关基因的表达分析 |
| 2.3.5 表达基因的序列检测 |
| 2.3.6 细胞转染 |
| 第三章 实验结果 |
| 3.1 红鲤、红鲫及其杂种的早期体色形成和成体体色观察 |
| 3.1.1 红鲤、红鲫及其杂种的早期体色形成观察 |
| 3.1.2 红鲤、红鲫及其杂种的成体体色观察 |
| 3.2 几种色素基因在红鲤、红鲫及其杂种胚胎和成体皮肤中的表达分析 |
| 3.2.1 fms、foxd3及ltk在红鲤、红鲫及其杂种体色素期胚胎和成体皮肤中的表达分析 |
| 3.2.2 mitfa、tyrp-1及dct在红鲤、红鲫及其杂种体色素期胚胎和成体皮肤中的表达分析 |
| 3.3 红鲤体色素期胚胎和成体皮肤表达的mitfa序列检测 |
| 3.4 红鲤、红鲫及其杂种胚胎细胞的分离与体外培养 |
| 3.4.1 红鲤、红鲫及其杂种体节期胚胎细胞的原代和传代培养 |
| 3.4.2 红鲤、红鲫及其杂种体色素期胚胎细胞的原代和传代培养 |
| 3.5 几种色素基因在红鲤、红鲫及其杂种体外培养胚胎细胞中的表达分析 |
| 3.5.1 fms、foxd3及ltk在红鲤、红鲫及其杂种体外培养胚胎细胞中的表达分析 |
| 3.5.2 mitfa、tyr及 dct在红鲤、红鲫及其杂种体外培养胚胎细胞中的表达分析 |
| 3.6 红鲤、红鲫及其杂种体外培养胚胎细胞中mitfa+细胞的鉴定 |
| 3.6.1 mitfa-EGFP质粒验证 |
| 3.6.2 体外培养胚胎细胞中mitfa+细胞的鉴定 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 鱼类体色形成的细胞学基础 |
| 4.2 体外培养胚胎细胞中的色素样细胞与体色的相关性 |
| 4.3 mitfa基因的分析 |
| 参考文献 |
| 硕士学习期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（9）鲤和罗非鱼配套系育种的配套效应研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 第一章 鲤高代选育品种配套利用的遗传背景研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA的提取 |
| 1.3 线粒体DNA全序列分析 |
| 1.3.1 线粒体全序列的扩增 |
| 1.3.2 序列分析 |
| 1.3.3 遗传关系分析 |
| 1.4 微卫星分子标记 |
| 1.4.1 微卫星标记的扩增 |
| 1.4.2 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 线粒体DNA全序列分析 |
| 2.1.1 线粒体基因组的结构与组成 |
| 2.1.2 蛋白编码序列 |
| 2.1.3 非编码序列 |
| 2.1.4 遗传关系分析 |
| 2.2 微卫星DNA分子标记分析 |
| 2.2.1 群体的遗传多样性分析 |
| 2.2.2 聚类分析 |
| 2.2.3 主成分分析 |
| 2.2.4 STRUCTURE聚类分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 配套系育种群体的遗传特征 |
| 3.2 鲤的起源进化关系分析 |
| 3.3 红鲤与彩鲤的进化关系分析 |
| 第二章 鲤高代选育品种的配套效果研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料与遗传设计方法 |
| 1.2 配套组合的饲养及性状测定 |
| 1.3 遗传分析方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生长性状的表型差异 |
| 2.2 配合力分析 |
| 2.3 遗传效应预测 |
| 2.4 杂种优势分析 |
| 3 讨论 |
| 第三章 两种方法对鲤配套系育种群体形态学数据的比较分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 数据测量 |
| 1.3 数据处理与分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 聚类分析 |
| 2.2 主成分分析 |
| 2.3 判别分析 |
| 2.4 遗传聚类关系分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 罗非鱼配套系育种的配套效应研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料与遗传设计方法 |
| 1.2 配套组合的饲养及性状测定 |
| 1.3 遗传分析方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生长性状的表型差异 |
| 2.2 配合力分析 |
| 2.3 遗传力估计 |
| 2.4 遗传效应预测 |
| 2.5 杂种优势分析 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 硕士阶段发表的文章 |
| 致谢 |
（10）长鳍鲤（C.carpio var.longfin）、锦鲤（C.carpio var.koi）与正反交子代遗传差异分析（论文提纲范文）
| 上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1 长鳍鲤、锦鲤的种属概况 |
| 2 2 种鲤鱼的起源 |
| 3 2 种鲤鱼的研究现状 |
| 4 鲤科鱼类研究概况 |
| 5 本实验所用研究方法 |
| 5.1 形态学 |
| 5.2 核糖体 5SrDNA 序列分析 |
| 6 形态学分析的应用 |
| 6.1 鱼类形态学在鱼类遗传多样性方面研究的主要内容 |
| 6.2 鱼类形态学的研究方法 |
| 6.3 鱼类形态学的遗传研究 |
| 7 染色体核型分析 |
| 8 5S rDNA 研究概况 |
| 9 本实验的内容和需要解决的问题 |
| 第二章 长鳍鲤、锦鲤及子代形态差异分析 |
| 2.1 材料方法 |
| 2.1.1 实验鱼杂交 |
| 2.1.2 实验材料 |
| 2.1.3 实验方法 |
| 2.1.4 形态学统计分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 可数性状结果分析 |
| 2.2.2 可量性状结果分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 长鳍鲤、锦鲤及子代核型分析 |
| 3.1 材料方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验药品 |
| 3.1.3 药品配制 |
| 3.1.4 实验方法 |
| 3.1.5 核型分析 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 长鳍鲤、锦鲤及杂交子代染色体数目 |
| 3.2.2 长鳍鲤、锦鲤及杂交子代染色体组成 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 长鳍鲤、锦鲤及子代5SrDNA结构差异分析 |
| 4.1 材料方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 5S rDNA 基因序列 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 PCR 扩增结果 |
| 4.2.2 5S rDNA 编码结构区 |
| 4.2.3 NTS 序列分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 5S rDNA 基因序列分析 |
| 4.3.2 5S rDNA 串联重复序列的进化 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、瓯江彩鲤与日本锦鲤及其正反杂交F_1形态特征和生长初步研究（论文参考文献）
- [1]Slc24a5和mitfa基因对瓯江彩鲤黑色素形成的调控研究[D]. 余陆伟. 上海海洋大学, 2019
- [2]基于基因组重测序和基因编辑技术的瓯江彩鲤黑斑体色遗传机制研究[D]. 陈红林. 上海海洋大学, 2019(01)
- [3]T-box转录因子Eomesa在奇鳍发育过程中的功能及应用研究[D]. 宋诗颖. 上海海洋大学, 2019(07)
- [4]四种体色瓯江彩鲤的摄食和呼吸特性差异及其感病转录组学分析[D]. 钱永生. 上海海洋大学, 2019
- [5]基于转录组测序探讨金线鲃属鱼类体色表型性状差异的遗传基础[D]. 李春青. 云南大学, 2019
- [6]广东粤北地区禾花鱼的形态特征及遗传学分析[J]. 马冬梅,黄樟翰,朱华平,谢骏. 渔业科学进展, 2019(02)
- [7]中华沙鳅、宽体沙鳅及两者杂交种幼鱼生长和消化酶活性比较[J]. 黄先全,王永明,罗霞,董春燕,覃川杰,李斌,谢碧文,葛正良. 重庆师范大学学报(自然科学版), 2017(06)
- [8]红鲤、红鲫及其杂种的体色发育机制研究[D]. 骆瑜蓉. 湖南师范大学, 2017(01)
- [9]鲤和罗非鱼配套系育种的配套效应研究[D]. 林明雪. 上海海洋大学, 2015(02)
- [10]长鳍鲤（C.carpio var.longfin）、锦鲤（C.carpio var.koi）与正反交子代遗传差异分析[D]. 陈紫辉. 上海海洋大学, 2014(03)