一、绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究（论文文献综述）
赵孟丽[1]（2021）在《绒山羊皮肤组织转录组分析及KRTAP基因对绒品质的影响》文中认为山羊绒是高档纺织原料,为了挖掘影响产绒量和绒品质的基因,探索山羊绒的生长发育机制,本研究选取子午岭黑山羊（低产绒量）和辽宁绒山羊（高产绒量）为研究对象,利用转录组测序技术（transcriptome sequencing,RNA-Seq）、实时荧光定量PCR（real-time fluorescent quantitative PCR,RT-qPCR）及聚合酶链式反应-单链构象多态性（polymerase chain reaction single-strand conformation polymorphism,PCR-SSCP）等方法,探究了绒山羊皮肤组织的表达谱特征,并分析了3个角蛋白关联蛋白基因（keratin association protein genes,KRTAPs）对羊绒性状的影响。主要研究结果如下:（1）对子午岭黑山羊和辽宁绒山羊皮肤组织样转录组分析筛选,共得到668个差异表达基因。其中340个在辽宁绒山羊皮肤组织中表达量上调,328个表达量下调,差异表达基因中与绒纤维性能存在关联的KRTAPs基因及KRTAP-like基因表达量均下调。GO和KEGG富集发现,差异上调基因主要出现在胞外基质中,与免疫、细胞迁移及细胞因子受体间相互作用和造血相关。下调表达基因主要出现在色素颗粒及中间丝细胞骨架中,与酶活性及黑色素代谢相关。（2）采用PCR-SSCP技术在375只子午岭黑山羊中研究差异表达基因KRTAP15-1序列变异对羊绒性状的影响。结果显示,在该基因中检测到6个变异体（分别命名为CAPHI-KRTAP15-1*A-CAPHI-KRTAP15-1*F）和8个单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNPs）位点。其中5个SNPs是非同义突变,导致了对应氨基酸的变化。关联分析发现,KRTAP15-1基因的变异影响羊绒的平均纤维直径,变异体A的存在与平均纤维直径的减少相关,且这种效应占主导地位;而变异体C被发现与平均纤维直径的增加相关,但其影响是隐性的。在育种工作中,若增加变异体A而减少变异体C的含量,可降低绒纤维的直径。（3）在鉴定山羊KRTAP27-1基因的基础上,采用PCR-SSCP方法分析该基因的序列变异,发现3个序列变异体（分别命名为CAPHI-KRTAP27-1*ACAPHI-KRTAP27-1*C）。这些序列与人类KRTAP27-1序列具有较高的相似性。在该基因编码序列中共检测到2个SNPs,其中1个是非同义SNP（c.413C/T;p.Ala138Val）,即引起了对应氨基酸种类的改变;另一个是同义SNP（c.495C/T）。相关性分析发现变异体B的存在会造成羊绒纤维直径变粗,基因型AB和BB的平均纤维直径高于AA基因型山羊,但AB和BB基因型的平均纤维直径无差异。这表明在育种工作中,减少变异体B在山羊群体中的含量,可降低羊绒纤维的直径。（4）在鉴定山羊基因组中KRTAP1-2基因的基础上采用PCR-SSCP方法分析,在该基因中发现了6个序列变异（分别命名为CAPHI-KRTAP1-2*ACAPHI-KRTAP1-2*F）。这些序列与绵羊KRTAP1-2序列同源性最高。在该基因编码序列中发现一个60-bp的缺失和一个15-bp的插入,还发现了5个SNPs,其中包括2个非同义SNPs。山羊KRTAP1-2基因在子午岭黑山羊皮肤中的表达量显着高于在辽宁绒山羊皮肤中的表达量（P<0.05）。相关性分析发现,山羊KRTAP1-2的变异与羊绒纤维重量有关,与纤维直径和长度无关。当变异体B存在时可显着降低羊绒纤维的重量,在育种中,减少变异体B在山羊群体中的含量,可提高羊绒纤维的产量。综上可见,本研究获得了子午岭黑山羊和辽宁绒山羊皮肤组织的基因表达谱,并筛选了与绒品质密切相关候选基因KRTAP15-1,分析发现该基因核苷酸的变异对绒纤维直径产生影响。而新鉴定的山羊KRTAP27-1基因和KRTAP1-2基因也可作为改良绒纤维直径和重量的标记基因。
柴圆[2]（2021）在《绒山羊硫代谢基因和高硫蛋白基因家族及其成员参与绒毛生长调控的研究》文中认为山羊绒毛被誉为“纤维宝石”和“软黄金”,具有细而柔软,光泽良好,保暖性能强等优点,可用于制造各种轻、柔、美、薄、暖的针织品和纺织品。山羊绒毛主要由角质蛋白构成,角质蛋白含有丰富的含硫氨基酸。含硫氨基酸从毛囊周围的血管进入到毛囊周围的细胞外空间,穿过结缔组织鞘,经外根鞘细胞到内根鞘细胞,最后进入绒毛纤维的皮质细胞,这个过程涉及到血液、皮肤、毛囊三个组织中硫代谢系统的协调配合。含硫氨基酸和无机硫能够促进羊毛生长,是因为它们能够刺激合成代谢,增加可用于角蛋白合成的底物供给。硫与氮代谢密切相关,氮硫比受褪黑激素影响变化后促进绒毛生长。我们将褪黑激素和硫代谢基因以及高硫蛋白基因进行整合分析,以期发现硫代谢基因以及高硫蛋白基因影响绒毛生长的机制,参与这些机制基因的表达将作为本研究的重要的切入点。本研究主要研究绒山羊绒毛生长不同阶段硫代谢基因和高硫蛋白基因在皮肤组织和血液组织的表达规律;高硫蛋白基因等位基因特异性表达（ASE）分析;同时研究硫代谢基因、高硫蛋白基因与皮肤和血液基因的调控关系;另外通过分析埋植褪黑激素和对照组间皮肤、血液基因的变化情况,解析褪黑激素对皮肤、血液基因表达调控的作用。1.绒山羊所有注释基因中共发现53个高硫蛋白基因,硫代谢基因321个。皮肤特异表达硫代谢基因10个,血液特异表达硫代谢基因1个,皮肤和血液共表达硫代谢基因310个。高硫蛋白基因在皮肤中2月-5月基因表达丰度呈现出下降趋势,随后6月-9月表达呈上升趋势;52个高硫蛋白基因对应的蛋白质氨基酸表达模式与其他基因不同,半胱氨酸丰度较其他氨基酸高,丝氨酸次之。硫代谢基因在皮肤组织1月-6月表达趋势升高,7月表达缓慢下降,而在血液组织中随着月份的增加呈现出整体下降的趋势,7月后表达逐渐上升;皮肤中硫代谢基因差异上调个数比血液多。硫代谢基因可能在皮肤组织中发挥核心调控功能。2.皮肤高硫蛋白基因的表达与279个节律基因的表达相关。节律基因受褪黑激素影响后,7月表达发生转折。3月-6月对照组基因表达高于埋植组,7月-10月埋植组基因表达高于对照组。高硫蛋白基因与节律基因间的调控关系也受到褪黑激素的影响。由此说明,高硫蛋白基因、节律基因与褪黑激素间可能互相调控。3.53个高硫蛋白基因分布在山羊的1号染色体3M-4M和144M区域和19号染色体上40M-41M区域,我们发现19号染色体中40M-41M区域发生ASE的数量在全年绒毛生长时期较其他区域明显增多。1号染色体和19号染色体受褪黑激素影响后SNP的表达调控模式更为模块化。对照组29个高硫蛋白基因定位于19号染色体SNP高密度区;埋植组30个高硫蛋白基因定位于19号染色体中SNP高密度区。47个高硫蛋白基因与ASE转录因子和ASE转录辅因子表现出显着互作关系。4.86个高表达硫代谢基因与23个组织特异性表达基因的表达量显着相关。硫代谢基因CTH、CDO1、AHCY、MAT1A参与半胱氨酸代谢过程、硫氨基酸代谢过程,分别与PSMD12、ST6GALNAC2、SLC25A4、YWHAE和TUBA1C、RAD23B显着相关,这些基因仅在埋植组差异表达（皮肤VS血液）,尤其在皮肤中表达上调,主要参与细胞能量代谢与细胞周期功能。由此说明,褪黑激素可能通过特异性上调皮肤中与细胞能量代谢以及细胞周期有关的基因进而激活硫代谢基因的表达,这对硫代谢基因受褪黑激素调控参与绒毛生长周期转换有了新的认识。5.绒山羊皮肤、血液基因的表达受褪黑激素影响。对照组皮肤组织休止期3月和休止期12月、1月、2月的差异基因数目随着休止期的结束逐渐减少;兴盛期初期4月和末期9月差异基因最多;退行期和兴盛期之间差异基因变化最多。对照组血液基因表达整体变化规律为1月-4月、10月-12月各月与6月、7月、8月差异基因较比其他月份差异基因数量增多。持续埋植褪黑激素后皮肤5月、6月、7月基因活动较为活跃,血液基因活动在11月份较全年其他月份丰富。不同组织间差异基因所参与的绒毛生长通路呈现组织特异性上调趋势,埋植组血液组织特异上调11个信号通路,埋植组皮肤组织特异上调9个信号通路;仅在埋植组组织特异性表达基因参与WNT信号通路和有机酸代谢通路,有机酸代谢信号通路是硫代谢过程的重要途径,这也表明了褪黑激素对硫代谢过程的影响。
孙燕勇[3]（2021）在《整合eGWAS和eQTL分析绵羊全血转录组与繁殖激素的关联》文中研究说明血液中繁殖激素的动态变化对于评估家畜繁殖性能具有重要意义,血液转录组不仅用来鉴定多个物种的免疫相关调控因子,近年来在家畜生产管理中的应用也逐渐开展。为解析绵羊全血转录组的动态时序表达与繁殖激素调控的关联,本研究以巴美肉羊为研究对象,对血液转录组及其表达基因型进行深入挖掘,将有助于提升血液应用于家畜繁殖性能辅助管理的新认识。本研究获得的主要研究结果如下:1、对绵羊血液转录组的时序动态表达进行研究,检测3、4和5月的不同经产羔类型绵羊的血液转录组,对基因表达与可变剪接进行组间差异分析初探。结果不同经产羔类型之间共检测到1417个差异表达基因,3332个差异可变剪接基因,相比无羔组,单羔组与双羔组基因表达模式更接近。差异表达基因与差异可变剪接共同功能富集结果说明血液表征产羔类型与卵母细胞减数分裂、激素调节和免疫应答等相关。不同月份之间共鉴定到660个差异表达基因,3135个差异可变剪接基因,动态时序表达的基因在功能层面直接或者间接影响激素水平,由此推断绵羊血液时序表达基因可能与激素紧密相关。2、在研究一差异基因分析的基础上,扩大到237个样本,构建加权基因共表达网络（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）,并结合表达全基因组关联分析（expression genome-wide association study,e GWAS）重点研究促卵泡素（follicle-stimulaing hormone,FSH）、促黄体素（luteinizing hormone,LH）、生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）和骨形态发生蛋白15（bone morphogenetic protein 15,BMP15）血清浓度与基因动态表达、变异的关联。结果产羔类型差异表达基因分布在红色和紫色基因模块中较多,且全局网络中红色和紫色基因模块与产羔数关联度较高。通过e GWAS发现模块的显着关联基因主要位于X染色体,包括COIL、NELFE和GCLM等,参与调控卵母细胞成熟、颗粒细胞毛细血管再生、季节性繁殖和免疫应答等。时序差异表达基因主要分布在黄色和蓝色基因模块中,且在全局网络中黄色、蓝色基因模块与激素关联度较高。e GWAS显着关联基因包括CASP9和SRP68基因等,功能富集到催产素信号通路,均影响激素调控过程。最后使用机器学习和先验的绵羊GWAS数据库的方法对样品分组与全局网络模块的功能进行验证补充,证明了小样本差异表达基因在大样本分析中的支持度与可行性。总之,通过表达基因组层面解析了绵羊繁殖激素的关联网络,为繁殖激素时序生理状态的基因表达与变异体之间提供互补信息。3、为进一步挖掘高繁绵羊血清LH/FSH比值调控的深层机制。发现不同LH/FSH比值的差异表达基因在50～150之间。这些基因影响核糖体、催乳激素信号通路、促性腺激素信号通路、卵巢类固醇生成、催产素信号通路和花生四烯酸代谢等与激素调控相关的通路。共鉴定了涉及黄色与蓝色基因模块的1 823个显着关联与1 433个e QTL-SNP,且不均一的分布在各染色体,e QTL-SNP共影响到690个基因。鉴定到26 445个ASE-SNP,影响了4 970个基因,均一分布在各染色体,可见LH/FSH比值与绵羊血液基因表达关联过程中受到广泛的顺式调控作用。结果共筛选出8个候选标记物:PCNX4、FAS、RPL36AL、JCHAIN、LOC101113346、IQSEC1、RPL21和RPL8,大多数的表达基因型特征显现出等位基因不平衡现象,且受到至少一个e QTL-SNP与两个ASE-SNP的影响。4、为了挖掘高繁绵羊GDF9和BMP15影响的深层机制。我们分别对不同GDF9和BMP15血清浓度下的转录组进行比较与关联研究。结果血清中BMP15和GDF9的浓度可能依赖于调节它们共享的差异表达基因RPL23A、LOC101110403、PAQR5、LOC114116858,LOC114114874和NAIP建立内分泌信号交换。其中RPL23A、PAQR5与NAIP直接或者间接地参与到卵母细胞发育和卵巢功能,证明了血液在识别激素影响下的主要基因及关联生物学过程方面的潜力。同时发现血液中广泛存在对GDF9、BMP15的ASE-SNP与e QTL-SNP的调控,共鉴定到502个ASE-SNP,包含58个同时与e QTL-SNP关联。共同调控GDF9与BMP15的e QTL-SNP与ASE-SNP表达的候选血液生物标志物JAK1,IL6R,ITGA4,GAA,PRKD3,CAMK2D,TAB2和IQGAP1的基因型存在明显的等位基因表达失衡现象。综上,本研究描绘了绵羊血液转录组与繁殖激素的网络全景,并对繁殖激素关联的调控元件进行深层探讨,证明了血液在识别激素影响下的主要基因及关联生物学过程方面的潜力,也为任何以血液为适合代理组织的复杂性状提供重要借鉴。
郝志云[4]（2021）在《绵羊泌乳性状非编码RNA筛选、鉴定及功能研究》文中进行了进一步梳理乳腺是具有泌乳功能的特殊腺体,在哺乳动物生长发育过程中经历了多次生长、分化和退化阶段。在绵羊繁育过程中,其泌乳量的高低直接决定了羔羊的死亡率和生长速度。在影响乳腺发育和泌乳的多种因素中,遗传因素的影响尤为重要,既往对功能基因的调控作用研究较多,但非编码RNA在绵羊乳腺发育和泌乳中的调控探索较少,其作用机制仍不明确。本研究以处于泌乳高峰期3岁、第4胎次小尾寒羊（n=9）和甘肃高山细毛羊（n=9）的乳腺组织为研究对象,利用转录组测序技术（RNA-Seq）、双荧光素酶试验、细胞培养和实时荧光定量PCR（RT-q PCR）等方法,探究非编码RNA在绵羊乳腺发育和泌乳中的表达特征及调控机制,为阐明绵羊泌乳性状的基因调控机制及分子育种应用提供理论依据。主要研究结果如下:1.绵羊泌乳性能与乳腺腺泡腔大小和乳腺上皮细胞（MECs）内细胞器数量呈正相关。泌乳高峰期小尾寒羊腺泡腔大于甘肃高山细毛羊乳腺腺泡腔（P<0.01）,且腺泡MECs内粗面内质网、线粒体的数量也多于甘肃高山细毛羊腺泡MECs。2.Small RNA-Seq结果表明,在绵羊乳腺中共发现了144个已知mi RNAs,18个差异表达mi RNAs。其中,10个mi RNAs在小尾寒羊泌乳高峰期乳腺组织中上调表达,8个mi RNAs在小尾寒羊乳腺组织中显着下调（P<0.05）。GO和KEGG分析结果表明,差异表达mi RNAs的靶基因主要参与了PI3K-Akt、HIF-1和凋亡等与乳腺发育和泌乳相联系的信号转导通路。进一步探究发现,mi R-432和mi R-200c影响了绵羊MECs增殖和甘油三酯合成。过表达mi R-432和mi R-200c抑制了MECs的活力和数量,而沉默mi R-432和mi R-200c促进了绵羊MECs的活力和数量。双荧光素酶结果表明,mi R-432靶向SCD和LPL基因,过表达mi R-432降低了SCD和LPL的m RNA和蛋白表达量,沉默mi R-432促进SCD和LPL的m RNA和蛋白表达量。过表达mi R-432抑制了甘油三酯合成及乳脂合成相关基因FABP4、ACACA和LPIN1的表达量,沉默mi R-432促进了甘油三酯合成。mi R-200c靶向PANK3基因,过表达mi R-200c降低了PANK3的m RNA和蛋白表达量,沉默mi R-200c促进了PANK3的m RNA表达量和蛋白表达量。过表达mi R-200c促进了甘油三酯合成及乳脂合成相关基因FABP4、ACACA和LPIN1的表达量,沉默mi R-200c抑制了甘油三酯合成。3.Lnc RNA-Seq结果表明,在绵羊乳腺组织中共发现了1,894个lnc RNAs,68个差异表达lnc RNAs。其中,有31个lnc RNAs在小尾寒羊泌乳高峰期乳腺组织中上调表达,37个lnc RNAs在小尾寒羊乳腺组织中显着下调（P<0.05）。GO和KEGG分析发现,差异表达lnc RNAs的靶基因富集到了MECs的发育、增殖和乳腺形态发生、Erb B信号转导途径和Wnt信号转导途径中。Lnc RNA-mi RNA-m RNA分析表明lnc RNA通过竞争性结合mi RNAs参与乳腺发育和泌乳,如MSTRG.32232.1可竞争性结合mi R-148a和mi R-152。4.Circ RNA-Seq结果发现,在小尾寒羊和甘肃高山细毛羊乳腺组织中共发现了4,906个circ RNAs,33个差异表达circ RNAs。其中,有18个circ RNAs在小尾寒羊泌乳高峰期乳腺组织中上调表达,15个circ RNAs在小尾寒羊乳腺组织中显着下调（P<0.05）。GO和KEGG结果表明,差异表达circ RNAs的亲本基因主要富集杂环化合物的结合、激酶活性、粘附连接、TGF-β信号通路和MAPK信号通路。Circ RNAmi RNA-m RNA分析结果表明,差异表达circ RNAs通过竞争性结合mi RNAs参与了乳腺发育和泌乳过程,如circ-001091可竞争性结合mi R-432、mi R-200b和mi R-29s。5.研究发现MSRTG.7526.1和mi R-200c具有靶向关系。沉默MSRTG.7526.1抑制了MECs的增殖,并促进了mi R-200c的表达量,从而降低了PANK3的表达。表明MSTRG.7526.1可作为mi R-200c的海绵体缓解mi R-200c对PANK3的抑制作用,进而抑制了甘油三酯的合成过程。本研究获得了泌乳高峰期小尾寒羊和甘肃高山细毛羊乳腺组织mi RNAs、lnc RNAs和circ RNAs的表达谱,初步探索了差异表达mi RNAs、lnc RNAs和circ RNAs在乳腺发育和泌乳中的功能,进而发现mi R-432和mi R-200c及MSTRG.7526.1影响了绵羊MECs的增殖和甘油三酯合成。该结果为揭示绵羊乳腺发育和泌乳的分子机制提供了基础数据,为改良绵羊泌乳性能奠定理论基础。
王凤红[5]（2021）在《山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究》文中提出绒山羊是我国特色优势品种,所产山羊绒是我国唯一具有出口定价权的畜产品。内蒙古绒山羊因产绒量高、绒毛品质优良和遗传性能稳定而享誉世界。本研究基于课题组前期完成的不同山羊品种基因组、转录组数据筛选功能位点,研发出首张适用于国内地方山羊品种芯片,结合系谱和生产性能测定记录,构建了高质量参考群体,基于该芯片在内蒙古绒山羊群体内开展了全基因组关联分析及大数据基因组选择研究,对绒毛品质性状的遗传机理进行初步解析,确定了内蒙古绒山羊基因组选择最佳方法。本研究充分利用我国绒山羊种质资源优势,从基因组角度研究和挖掘一批与羊绒生产性状相关的分子标记和基因资源,为今后绒山羊遗传资源保护和利用提供科学依据,为内蒙古绒山羊优质高产新品系培育提供新的基因资源和理论指导。论文主要结果如下:1.基于课题组近30年测定积累的616 113条内蒙古绒山羊系谱和生产性能记录数据,通过ASREML软件,对内蒙古绒山羊重要经济性状进行遗传参数估计。结果表明:群、测定年份和个体年龄对各性状均有显着影响,可作为固定效应纳入模型。产绒量、绒细、毛长的遗传力分别是0.24、0.27、0.32,均属于中等遗传力（0.20-0.40）,体重和绒长属于低遗传力（0.12和0.14）。产绒量、体重、绒长、绒细、毛长之间的遗传相关在-0.32～0.40之间,表型相关在-0.02～0.20之间;发现各性状加性方差较前人研究减小,说明选育后的性状遗传变异减小,有利于选育目标性状的基因型得到有效选择和纯合性状表型更加整齐。2.利用36个典型的中国地方品种（372个个体）和49个国外品种（226个个体）的山羊基因组、转录组数据,同时最大化兼容Illumina山羊52K SNP芯片位点,添加课题组多年来积累的重要功能位点数据,累计约4 500万个MAF大于0.2的SNPs,采用条件性的多目标局域性优化算法,通过对SNPs严格筛选,最终保留67 088 SNPs位点,集成一款全新的山羊70K SNP芯片（GGP＿Goat＿70K）;基于山羊70K SNP芯片,在内蒙古绒山羊群体中进行基因分型测试,所有个体均成功分型,平均call rate98.8%。说明利用该芯片可以实现山羊的基因分型,同时获得了1 920个个体的基因型数据,可用于后续的GWAS和基因组选择研究。3.基于获得的1 920个个体的基因型数据,对内蒙古绒山羊的绒长、绒细和产绒量三个性状进行全基因组关联分析。首先对绒长、绒细和产绒量进行数据整理,检测表型数据是否符合正态分布;同时对内蒙古绒山羊群体进行主成分分析,判断是否存在群体分层现象;然后使用混合线性模型进行GWAS分析,通过分位数-分位数（Quantile-Quantile,Q-Q）图判断期望值和观测值的拟合程度。结果表明在基因组水平获得了4个显着SNPs,扩大100 kb后经注释发现GALNTL5、CCDC171、STUM、CMAS、FGF12、POLN、TACC3、PRLR、EVPL、COL3A1和SOX5为内蒙古绒山羊绒毛性状的重要候选基因,可以用于后续深入研究。4.基于70K SNP芯片在国内开展了绒山羊基因组选择研究,使用GBLUP和SSGBLUP方法估计了内蒙古绒山羊绒长、绒细、产绒量、体重和毛长5个性状的遗传力和基因组育种值,同时与研究一使用的ABLUP法获得的数据进行比较,并用5次重复的5倍交叉验证来评价育种值预测的准确性。结果表明（1）GBLUP和SSGBLUP法估计产绒量的遗传力为0.26和0.28;体重的遗传力为0.17和0.14;绒长的遗传力均为0.09;绒细的遗传力均为0.30;毛长的遗传力为0.31和0.32。（2）SSGBLUP对5个性状评估准确性在45%-82%之间,与ABLUP相比提高19%-25%;（3）SSGBLUP相比于GBLUP和ABLUP有更高的预测准确性和无偏性,SSGBLUP是内蒙古绒山羊基因组选择的最佳方法;（4）通过实施基因组选择可以使内蒙古绒山羊育种世代间隔从4.5年缩短至2年。
刘默凝[6]（2021）在《乌骨绵羊诱导多能干细胞的建立》文中认为多能干细胞（Pluripotent stem cells,PSCs）在成年个体中具有向所有细胞类型分化的潜力,具有无限的自我更新能力。哺乳动物多能干细胞通常被分为三种类型:胚胎干细胞（Embryonic stem cells,ESCs）、诱导多能干细胞（Induced pluripotent stem cells,iPSCs）和成体多能干细胞。诱导并建立乌骨绵羊iPSCs可为摸索绵羊ESCs体外培养条件奠定科学基础。在家畜中,只有猪获得了不依赖外源基因的iPSCs,牛、山羊、绵羊暂未见相关报道,对于家畜iPSCs的诱导还需进一步深入探索。本实验首先建立乌骨绵羊体细胞耳成纤维细胞系,使用不同转录因子体系对乌骨绵羊体细胞进行重编程,尝试获得具有强发育潜能或者定向发育潜能的绵羊iPSCs。随后对获得的乌骨绵羊iPSCs从细胞形态、核型、内源性多能基因表达、体内外三胚层分化能力以及发育潜能等方面进行研究,结果如下:（1）本实验通过组织块培养法从出生后15日龄的乌骨绵羊耳部皮肤成功分离雌、雄性两个乌骨绵羊成纤维细胞系,获得的细胞系核型正常（2n=54）、生长曲线符合正常细胞生长规律（S型）、无支原体污染,可作为诱导乌骨绵羊iPSCs的起始细胞系。（2）以piggyBac+Tet-on载体为基础设计并构建PB-TRE-sLargeT（SV40 Large T）、PB-TRE-hTERT和PB-TRE-sLhT（sLargeT和hTERT）三个表达载体,并通过电转染的方法整合至乌骨绵羊成纤维细胞基因组,在添加1.0μg/m L Doxycycline的条件下成功表达相应外源基因,证明三个载体可用于后续乌骨绵羊iPSCs的诱导。（3）X8（b OSMK+pNhL+sLhT）诱导体系、B9-LT（b OSMK+pNhL+hRL+sLargeT）诱导体系和10a（b OSMK+pNhL+hRL+sLhT）诱导体系均可诱导雄性乌骨绵羊成体细胞重编程,并且SV40 Large T可提高piggyBac+TET-on载体诱导的乌骨绵羊iPSCs重编程效率;本实验共建立了344个细胞克隆形态类似小鼠或人PSCs的乌骨绵羊iPSCs细胞系,其中X8诱导体系121个、B9-LT诱导体系134个、10a诱导体系89个;由X8诱导体系获得内源性OCT4激活程度最高的细胞系:X8-4,命名为:siPSC-4。（4）本实验建立的乌骨绵羊诱导多能干细胞系siPSC-4可稳定传代49代,核型正常（2n=54,31/40,77.5%）,内源性OCT4表达稳定,免疫荧光检测表达多能性基因OCT4、SOX2、NANOG和REX1,具有体外三胚层的分化能力并可在体内形成具有中、内胚层分化的畸胎瘤;此外,实验结果表明,STO饲养层细胞有助于siPSC-4内源基因OCT4的持续表达,在Feeder Free培养条件下,siPSC-4内源OCT4的表达量下降;另外小鼠和人类na（?）vePSCs的干细胞培养液2i、t2i、4i、5i以及小鼠拓展多功能干细胞（Expanded potential pluripotent stem cells,EPSCs）培养液不能维持siPSC-4的正常生长,最终细胞全部凋亡;（5）本实验建立的siPSC-4可参与小鼠和绵羊早期胚胎的发育,在15%（3/20）小鼠囊胚内细胞团（Inner cell mass,ICM）、26%（6/24）绵羊囊胚ICM中可检测到td-tomato标记的siPSC-4细胞;本研究首次使用piggyBac+TET-on转座系统表达外源转录因子（bovine OCT4、SOX2、KLF4、c MYC,porcine NANOG,human LIN28,SV40 Large T和human TERT）将雄性乌骨绵羊成体细胞重编程为诱导多能干细胞。获得表达多能基因、具备体外三胚层分化能力的乌骨绵羊iPSCs,为进一步研究绵羊全能胚胎干细胞的建系提供了优良的实验材料。
谢遇春[7]（2021）在《内蒙古绒山羊脂肪酸代谢调控的研究》文中指出内蒙古绒山羊因其绒纤维特细、颜色洁白、手感柔软、光泽明亮而着称,这也客观上使得人们忽视了内蒙古白绒山羊作为肉用家畜的优良特性。内蒙古绒山羊是当地牧民赖以生存的主要家畜品种。但是,迄今还没有关于内蒙古绒山羊羊肉研究的系统报道,限制了对该品种的充分开发和有效利用,直接影响了绒山羊饲养的整体效益。本研究在对内蒙古绒山羊（2.5周岁、25-26 kg羯羊）羊肉理化和营养指标进行分析的基础上,综合利用转录组学以及蛋白组学的方法,鉴定绒山羊不同部位的肌肉中脂肪酸形成的基因、microRNA和蛋白差异,利用多组学联合分析构建脂肪酸代谢调控网络。具体结果如下:1、绒山羊肉质理化性质研究表明:背最长肌中肌内脂肪含量、亮度（L*）和红度（a*）均高于股二头肌,股二头肌中蛋白质含量、黄色度（b*）、剪切力和失水率均高于背最长肌。任选3只内蒙古绒山羊,其肌内脂肪含量在股二头肌中极显着高于背最长肌（P<0.01）;两个部位肌肉共发现34种脂肪酸,T检验结果显示:股二头肌中不饱和脂肪酸的含量显着高于背最长肌（P<0.05）,选择样本具有代表性。2、比较背最长肌与股二头肌的mRNA发现有18个差异基因（DEGs）与脂肪酸代谢有关,包括ACSL1、LDHB、ACADS等;有8个与脂肪酸代谢相关的信号通路,包括脂肪消化和吸收、脂肪酸生物合成、脂肪酸代谢和PPAR信号等;对这些基因及通路进行gene-pathway网络分析发现ACSL1、CD36和PPAR信号通路处于调控网络的中心位置,在脂肪酸的代谢调控中起着重要作用。荧光定量结果显示:CD36、TECRL、ACADVL和DGAT2在股二头肌中的表达量极显着高于背最长肌（P<0.01）,并且其表达趋势与RNA-Seq结果一致。3、在股二头肌和背最长肌中共鉴定出426个已知miRNAs和30个新的miRNAs;对其miRNA靶基因进行KEGG分析,其主要参与脂肪酸生物合成、PPAR以及脂肪酸降解和吸收等信号通路;荧光定量结果显示:chi-let-7c-5p、chi-mi R-191-5p和chimi R-365-3p在背最长肌组织中的表达量极显着高于股二头（P<0.01）,并且这3个miRNA的表达趋势与RNA-Seq结果一致。4、在股二头肌和背最长肌中共鉴定出1209个蛋白质,二者比较后共110个显着差异表达的蛋白,81个蛋白上调,29个蛋白下调;对差异蛋白进行KEGG分析结果显示:110个差异蛋白覆盖34个通路,在所有通路中共有3条通路与脂肪酸代谢有关,包括脂肪酸代谢、脂肪酸降解和脂肪酸延伸;蛋白-蛋白网络互作分析表明,HADHA、ACAA2和ACAT1在调节内蒙古绒山羊脂肪酸合成代谢和分解代谢中起重要作用;HADHA蛋白免疫沉淀结果显示:围绕HADHA存在一个互作网络,与其直接作用的蛋白包括IDH2、GOT2、ALDOA,推测内蒙古绒山羊肌肉中HADHA主要通过IDH2和ALDOA对长链脂肪酸代谢进行调控;Western blot结果显示:HADHA、FABP3和MYL2的表达量在股二头肌显着高于背最长肌中（P<0.05）。5、mRNA-miRNA-protein联合分析结果显示ACSL1基因调控AOA452FP41蛋白表达的过程中,有1-9个miRNA单独或共同作用于ACSL1基因使其被降解或被抑制,从而影响AOA452FP41表达,最终影响长链脂肪酸的代谢;通过脂肪酸降解信号通路,chi-mi R-361-3p＿R+1作用于ACADS使其被降解或被抑制,降低了ACADS和ACAT1蛋白的表达量,从而影响短链脂肪酸的代谢,最终导致背最长肌肌肉中不饱和脂肪酸含量较低。利用Western blot、荧光定量及蛋白垂钓技术对多组学分析获得的关键基因（ACSL1和ACADS）、关键miRNA（chi-mi R-16b-5p、chi-mi R-10b-5p和chi-mi R-16a-5p）和关键蛋白（ACSL1）的表达进行验证,其在背最长肌和股二头肌中的含量差异显着（P<0.05）本研究发现了ACSL1、HADHA、ACADS等对脂肪酸代谢有重要贡献的关键基因,构建了ACSL1在mRNA、miRNA及蛋白水平的脂肪酸调控网络,为阐明内蒙古绒山羊脂肪酸代谢调控机制奠定了基础。
邹敏[8]（2021）在《羊捻转血矛线虫ITS基因序列分析及其虫卵PCR检测方法的建立》文中提出捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）是寄生于反刍动物胃肠道的优势线虫之一,宿主范围广泛,可以寄生于绵羊、山羊、牛、骆驼等反刍动物,在一些感染严重的地区,捻转血矛线虫的感染率可高达100%,其主要以反刍动物皱胃的毛细血管中的血液为食,严重时会导致宿主死亡。捻转血矛线虫在全球广泛存在,由于其致病性和繁殖力强的特点,在多个地区都造成了大范围的流行,这给全球羊养殖业都带来了巨大的经济财产损失。因此,准确诊断羊捻转血矛线虫病对于该病有效防治以及保障羊的健康养殖具有重要意义。本研究拟采用PCR技术,对陕西地区捻转血矛线虫分离株的内部转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）基因序列进行扩增、测序和分析,以了解ITS基因的遗传变异情况;根据捻转血矛线虫ITS2基因特点,设计特异性引物并对退火温度进行优化建立粪便虫卵PCR检测方法,将所建立PCR应用于临床奶山羊粪便样品中捻转血矛线虫卵的检测,并与粪便镜检结果进行对比,获得以下结果:1.对采自陕西咸阳地区不同年份的44株捻转血矛线虫分离株,进行ITS基因位点的扩增、测序和分析。结果显示,捻转血矛线虫ITS1的长度为400或404 bp、种内变异率为0.0～3.6%,共27个类型,将其与参考序列比对发现存在16个碱基突变位点,ITS2的长度为231bp,种内变异率为0.0～6.9%,共20个基因类型,与参考序列比对发现共15个碱基突变位点。结果表明,陕西咸阳地区2015—2020年之间的羊捻转血矛线虫的ITS rDNA序列的种内变异率较小,且尚未出现种群的分化。种系发育进化树结果显示各国的分离株进化关系较近,且同一地区的不同分离株未汇聚在同一枝,初步分析表明,捻转血矛线虫的ITS基因的变异情况与不同的地理条件之间的相关性不明显,世界各地的捻转血矛线虫分离株之间存在较高的基因相似度。2.基于特异性引物对（Hc.F、Hc.R）建立的PCR检测方法的特异性良好,能将捻转血矛线虫卵同其他常见线虫卵（细颈线虫、似血矛线虫、兰式毛尾线虫、尖尾线虫、网尾线虫、夏伯特线虫、蛇形毛圆线虫、粗纹食道口线虫、绵羊毛尾线虫等）特异性区分。PCR反应的最佳退火温度为53℃。在DNA模板含量较低（0.298 pg）时,仍能检出,表明其具有较高的灵敏性。85份奶山羊粪便样品,经粪便镜检共检出23份捻转血矛线虫阳性粪样（27.06%,23/85）,利用特异性PCR镜检共检出38份捻转血矛线虫阳性粪样（44.71%,38/85）,且镜检和PCR方法诊断结果一致性一般（Kappa=0.530）。综上所述,陕西咸阳地区的羊捻转血矛线虫的ITS rDNA基因序列的遗传进化程度较低。所建立的分子生物学方法能准确地将捻转血矛线虫卵从粪便样品中检测出,为临床检测捻转血矛线虫病提供了一种诊断方法。
张云峰[9]（2021）在《促绵羊iPSC生成效率的miRNAs筛选与评价及向雌性PGC样细胞定向分化研究》文中研究指明绵羊是一种非常重要的家养动物,利用基因修饰手段来改良或育种是一个方向。目前利用转基因技术进行分子育种,存在较难控制外源基因与效率较低等问题。基于小鼠胚胎干细胞（ESC）的基因打靶技术能进行精确有效的敲入或敲出。由于绵羊ESC很难分离获得,利用同样具有多能性的诱导多能干细胞（iPSC）代替ESC进行精确遗传工程操作成为目前急需解决的问题。目前绵羊的iPSC存在诱导效率低,难以获得完全重编程的iPSC的问题。microRNA是基因表达转录后的调节器,研究证明ESC特异性的miRNAs能促进体细胞重编程。因此,筛选能促绵羊体细胞重编程的miRNAs,并探讨其重编程机制,有望建立一种高效获得绵羊iPSC的体系,对优质绵羊培育具有应用价值,也为获得绵羊ESC奠定基础。生殖细胞是唯一将基因组和表观遗传信息传递给下一代的细胞谱系,但在体外重建生殖细胞发育一直是生物学研究的挑战。随着小鼠多能干细胞在体外可以分化为原始生殖细胞样细胞（PGCLC）,进而发育为卵母细胞并能进行生殖系传代,为绵羊多能干细胞在体外生产PGC提供了理论依据和方法。研究绵羊iPSC定向分化为雌性PGCLC,为绵羊PGC的发育研究可以提供一种细胞模型,为后期分化为功能卵子奠定了基础,对提高绵羊优质配子利用,加快畜群的改良速度具有重要的应用价值。目的:（1）筛选出能促进绵羊体细胞重编程的microRNA;（2）初步探索microRNA在绵羊体细胞重编程过程中的机制;（3）建立一种利用绵羊iPSC诱导分化为原始生殖样细胞的方法。方法:（1）组织块法分离培养妊娠45d左右的绵羊胎儿肾细胞（SKC）,作为重编程的起始细胞;胰酶消化法分离CF-1小鼠胎儿成纤维细胞（MEF）,丝裂霉素C处理后,作为诱导绵羊iPSC的饲养层细胞。（2）结合文献报道和数据库综合分析在小鼠和人干细胞中高表达或可促进重编程的miRNAs,筛选出可能促绵羊体细胞重编程的miR302/367簇、miR200b-200a-429簇、miR200c-141簇,并包装慢病毒;同时将Oct4、Klf4、Sox2、c-Myc、Nanog、Lin28、SV40T、h TERT等八种人源转录因子包装慢病毒;利用不同慢病毒感染SKC进行诱导重编程,通过碱性磷酸酶（AP）染色统计诱导效率,筛选出可促进绵羊体细胞重编程的最优miRNA;并对获得的绵羊iPSC从AP染色、实时定量PCR、细胞免疫荧光、核型分析、甲基化测序分析、拟胚体分化这几个方面进行鉴定。（3）利用miRbase和Target Scan等生物信息平台预测miR-200c靶基因,并送公司合成oar-miR-200c模拟物、抑制物和阴性对照;设计引物,克隆靶基因结合位点的3’UTR区及突变3’UTR,构建ZEB1和TWISTNB靶基因的双荧光素酶报告分析载体。（4）通过oar-miR-200c mimics转染细胞,利用荧光素酶报告载体分析与靶基因的作用;利用qRT-PCR检测靶基因的转录水平;利用Western blot检测靶基因的蛋白水平;探讨oar-miR-200c在绵羊体细胞重编程过程的作用机制。（5）设计引物,扩增克隆绵羊生殖相关基因DAZL和BOULE,并构建慢病毒载体PLVX-Dazl和PLVX-Boule,并进行包装慢病毒。（6）组织块法分离培养原代绵羊卵巢细胞;DAZL和BOULE慢病毒感染绵羊iPSC,建立转基因绵羊iPSC;通过摸索培养体系和条件,利用绵羊iPSC定向分化原始生殖细胞;利用qRT-PCR检测绵羊生殖细胞特异因子的转录水平,利用Western blotting检测生殖细胞特异因子的蛋白水平。结果:（1）成功分离绵羊体细胞SKC,其表达角蛋白CK18;成功分离小鼠CF-1MEF细胞,并制备饲养层细胞,能很好的支持siPSC生长。（2）筛选的三个miRNA簇,成功包装miRNA慢病毒;成功包装8种转录因子的慢病毒;慢病毒感染绵羊SKC后,通过诱导效率比较分析,筛选出miR-200c-141簇可将重编程效率提高到0.95%;获得的绵羊iPSC经鉴定呈阳性;（3）成功构建miR-200c靶基因ZEB1和TWISTNB的双荧光素酶报告载体;（4）双荧光素酶报告分析,oar-miR-200c靶向ZEB1和TWISTNB的3’UTR;qRT-PCR和Western blotting检测oar-miR-200c可显着降低ZEB1和TWISTNB基因的表达,但可增加E-cadherin的表达;oar-miR-200c通过对TGF-β信号通路的影响,提高MET转化,从而提高绵羊体细胞重编程效率;（5）成功构建绵羊生殖相关基因慢病毒载体LVX-Dazl-F2A-mcherry-IRES-NEO和PLVX-Boule-F2A-mcherry-IRES-NEO,并成功包装慢病毒;（6）成功建立稳转Dazl和Boule基因的绵羊iPSC,在培养液中添加Activin A、bFGF、BMP4、LIF、EGF等因子及卵巢细胞培养上清,可使绵羊iPSC分化为PGC样细胞,分化第八天可表达生殖相关标记蛋白PRDM1、PRDM14和VASA,其基因Dazl、Boule、Prdm14和Vasa的mRNA转录呈高水平状态。结论:（1）成功筛选出miR-200c-141可以促进绵羊体细胞重编程为iPSC;（2）oar-miR-200c靶向Zeb1和Twist NB基因的3’UTR,显着降低Zeb1和Twist NB表达水平,增加E-cadherin的表达;oar-miR-200c通过对TGF-β信号通路的影响,提高MET转化,从而提高绵羊体细胞重编程效率。（3）利用生殖系相关基因DAZL和BOULE的慢病毒感染绵羊iPSC,在添加activin A、b FGF、BMP4、LIF、EGF等因子的条件下,可以将绵羊iPSC诱导分化为原始生殖样细胞。
潘香羽[10]（2020）在《反刍动物瘤胃功能进化的遗传基础及与微生物互作的研究》文中认为研究动物复杂器官功能形成的遗传进化基础是认识复杂生命的重要途径。反刍动物因其独特的前胃发酵系统和反刍行为而得名,其瘤胃是前胃发酵系统的主要器官,它与微生物的紧密协作,使得反刍动物具有了高效消化植物纤维的能力并因此获得了独特的进化优势,促进了反刍动物类群的繁盛和多样性。有关瘤胃功能的基因表达特征已经取得一定进展。然而,关于瘤胃的功能创新的遗传进化机制仍有待研究。因此,本研究利用反刍动物比较基因组、比较转录组和功能验证对反刍动物瘤胃的功能创新进行了探究,并利用瘤胃壁多个发育时间点的转录组和瘤胃内容物的宏基因组数据对早期瘤胃发育重编程的功能建立过程与微生物功能互作的关系进行了深入的研究,包括瘤胃结构和功能相关基因的筛选、进化关键候选基因的识别和功能验证及瘤胃基因表达动态、微生物演替及两者的功能相关性三个部分。1.本研究收集了反刍动物类群所在的鲸偶蹄目的50种组织的897个转录组数据,包括255个本研究首次获得的样本和642个下载自公共数据库的样本,覆盖鲸偶蹄目中的三个拥有多胃室结构的亚目,包括反刍亚目的绵羊和狍子、胼足亚目的双峰驼及鲸河马亚目的布氏鲸和江豚,用于识别瘤胃功能创新的候选基因。首先,利用本研究开发的一个组织特异表达基因筛选指标E50,鉴定到655个瘤胃相对其他组织高表达的基因。其中14.7%的基因来自食道组织,其余的大部分是从表皮、免疫和消化代谢等相关组织中募集的,这些基因参与的功能通路都与瘤胃已知的功能高度相关。其次,通过比较骆驼、鲸豚和反刍动物的第一胃室的表达谱,发现它们与各自食道组织的表达最相似,三个类群第一胃室共享的基因参与表皮发育分化等功能。瘤胃相比其它物种的第一胃室表达上调427个基因,主要参与酮体代谢和调控微生物等功能相关通路。最后,胚胎期瘤胃与食道相比表达上调了285个差异基因,这些基因显着富集在表皮分化等功能。成熟期瘤胃相对其他组织高表达基因与胚胎期瘤胃相比食道表达上调的基因构成了846个瘤胃核心基因,这些基因反映了瘤胃从胚胎到成熟的功能并与塑造瘤胃的发育和进化过程有关。以上结果表明,瘤胃与鲸偶蹄目其他物种的第一胃室可能共享来自食道的发育起源,瘤胃不仅上调了食道表达的基因,还从其他组织募集了更多基因的表达,从而进化出增强的酮体代谢、不同的表皮结构和调控微生物定植的能力。2.通过反刍动物比较基因组得到的特异非编码保守元件和正选择基因的结果对瘤胃进化关键核心基因进行识别并进行功能验证。在846个瘤胃核心基因中,鉴定到657个附近有反刍动物特异保守非编码元件的基因和28个正选择基因,这些基因主要参与酮体代谢、角蛋白纤维锚定、细菌识别和皮肤屏障等生物学功能分类。大多数的（77.65%）瘤胃核心基因附近都有反刍动物特异非编码保守元件的分布,并部分地被瘤胃和食道的开放染色质区域验证。其中WDR66基因不仅具有反刍动物特异的氨基酸位点改变,并且与其他物种第一胃室、与食道相比,该基因在瘤胃中表达上调。其位于内含子的RSCNE与胚胎时期的瘤胃和食道差异峰重叠。通过构建含有该元件的荧光素酶报告载体并体外转染至绵羊和山羊的成纤维细胞进行荧光素酶活性检测,结果表明该元件具有增强子活性。在28个正选择基因中,受到正选择的酮体代谢通路关键限速酶基因HMGCS2发生了5个反刍动物特异的氨基酸位点改变,蛋白三维结构预测结果显示这些突变可能导致蛋白三维结构的改变。通过表达绵羊和人的5个反刍动物特异氨基酸位点正反向替换的蛋白并进行酶活性检测,结果显示反刍动物特异的氨基酸突变使得该蛋白比其他哺乳动物拥有更高的利用乙酰乙酰辅酶A合成羟甲基戊二酰辅酶A的酶活性。以上结果表明通过氨基酸突变和非编码调控元件改变的方式,瘤胃在进化过程中获得了增强的酮体代谢和上皮吸收能力。结果进一步证实调控改变是器官进化遗传机制中最活跃的方式,而蛋白编码区域的突变也是瘤胃关键功能创新进化中的重要遗传模式。3.获得了山羊出生后七个时间节点的瘤胃转录组和瘤胃内容物的宏基因组数据,并结合比较基因组分析结果,对早期瘤胃发育重编程的功能建立和微生物定植过程以及他们之间的功能互作关系进行探究。山羊断奶前瘤胃发育过程中,瘤胃的功能建立分为两个阶段,从d1到d14的免疫反应阶段和从d21到d56天的营养代谢阶段,微生物群落的演替则是从d7到d28的细菌素生物合成阶段和从d42到d56的糖酵解活性阶段。瘤胃基因功能的转换（第21天）要早于饲粮的介入（第25天）和微生物的阶段转换节点（第42天）。瘤胃基因转录谱在d14和d21之间的转变早于颗粒饲料的引入（d25）和微生物的转变（d28-d42）。通过加权基因共表达调控网络分析,瘤胃发育转录组和微生物宏基因组的表达动态谱分别鉴定出15个宿主基因模块和20个微生物属模块。宿主和微生物之间相关的功能主要包括瘤胃的pH稳态、氮代谢和免疫反应的生物学功能。反刍动物进化的两个新基因（DEFB1和LYZ1）在瘤胃发育过程中均在微生物阶段转换节点d42表达量达到最高,与此同时微生物的Alpha多样性指数在该时间点降到最低。通过表达山羊DEFB1和LYZ1蛋白,利用抑菌圈试验对这两个新基因进行抑菌能力检测,发现这两个新基因具有选择性抑制革兰氏阳性菌的活性。以上结果表明瘤胃的第一阶段的发育可能经历了不依赖于饲料和微生物刺激的程序化过程且瘤胃进化的新基因可能具有特异调控微生物群落的功能。综上,我们的研究探究了瘤胃在进化过程中的关键功能创新及涉及的多种遗传机制。本研究鉴定到的瘤胃核心基因及其特异突变为今后研究瘤胃发育基因调控网络,为了解瘤胃与微生物群之间的相互作用提供了一个起点。而这些将是进一步优化提高反刍家畜生产性能的关键,进而为操纵瘤胃发酵过程提供新的思路。
二、绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究（论文提纲范文）
（1）绒山羊皮肤组织转录组分析及KRTAP基因对绒品质的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 主要缩略词 |
| 主要氨基酸缩写 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 山羊绒的发展与现状 |
| 2 羊绒结构及影响产绒性能的因素 |
| 2.1 毛囊的发育、生长及相关生物学途径 |
| 2.1.1 毛囊的结构 |
| 2.1.2 毛囊的发育与周期性生长 |
| 2.2 羊绒纤维的结构 |
| 2.3 影响产绒性能的因素 |
| 2.3.1 遗传因素 |
| 2.3.2 非遗传因素 |
| 3 绒山羊皮肤转录组研究进展 |
| 4 研究背景、目的及意义 |
| 4.1 研究背景 |
| 4.2 目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 试验材料 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 转录组特征分析 |
| 2.1.1 总RNA的提取及质检 |
| 2.1.2 文库构建及转录组测序 |
| 2.1.3 转录组测序数据处理 |
| 2.1.3.1 原始数据的质控、过滤及序列比对 |
| 2.1.3.2 差异表达基因注释分析 |
| 2.1.4 RT-qPCR法验证测序结果 |
| 2.1.4.1 总RNA的提取 |
| 2.1.4.2 cDNA的合成 |
| 2.1.4.3 RT-qPCR验证差异表达基因 |
| 2.2 KRTAP基因遗传特征分析 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 引物设计及PCR扩增 |
| 2.2.3 SSCP分析 |
| 2.2.3.1 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.2.3.2 银染显色 |
| 2.2.4 变异体核苷酸的序列测定 |
| 2.2.5 遗传特征分析 |
| 2.2.5.1 序列多态性分析 |
| 2.2.5.2 基因频率与基因型频率 |
| 2.2.5.3 有效等位基因数及遗传杂合度 |
| 2.2.5.4 群体多态信息含量 |
| 2.2.5.5 生物信息学的分析 |
| 2.2.6 基因变异与羊绒性状的关联分析 |
| 2.2.7 KRTAP基因的表达测定 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1 转录组特征分析结果 |
| 1.1 Total RNA提取结果 |
| 1.2 皮肤转录组测序数据结果 |
| 1.3 基因表达水平及差异分析 |
| 1.3.1 表达基因的分析 |
| 1.3.2 差异表达基因的分析 |
| 1.4 差异表达基因的功能富集分析 |
| 1.4.1 GO富集分析 |
| 1.4.2 KEGG富集分析 |
| 1.5 RT-qPCR法验证差异表达基因 |
| 2.KRTAP基因遗传特征分析 |
| 2.1 KRTAP15-1 基因遗传特征分析 |
| 2.1.1 KRTAP15-1 基因核苷酸序列变异分析 |
| 2.1.2 KRTAP15-1 基因的遗传特性分析 |
| 2.1.3 KRTAP15-1 基因核苷酸序列变异与羊绒性状的关联性分析 |
| 2.2 两个KRTAP基因的鉴定 |
| 2.2.1 山羊KRTAP27-1 基因的鉴定 |
| 2.2.2 山羊KRTAP1-2 基因的鉴定 |
| 2.3 两个新鉴定的KRTAP基因遗传特征分析 |
| 2.3.1 KRTAP27-1 基因遗传特征分析 |
| 2.3.2 KRTAP1-2 基因遗传特征分析 |
| 2.4 新鉴定的KRTAP基因在不同山羊品种中的表达特性 |
| 2.4.1 KRTAP27-1 基因在不同山羊品种中的表达特性 |
| 2.4.2 KRTAP1-2 基因在不同山羊品种中的表达特性 |
| 2.5 新鉴定的KRTAP基因核苷酸序列变异与羊绒性状的关联性分析 |
| 2.5.1 KRTAP27-1 基因核苷酸序列变异与羊绒性状的关联性分析 |
| 2.5.2 KRTAP1-2 基因核苷酸序列变异与羊绒性状的关联性分析 |
| 第四章 讨论 |
| 1 皮肤转录组特征 |
| 1.1 转录组测序结果 |
| 1.2 基因表达分析 |
| 1.3 差异表达基因分析 |
| 1.4 功能富集表达分析 |
| 2 KRTAP基因遗传特征 |
| 2.1 KRTAP15-1 基因 |
| 2.2 KRTAP27-1 基因 |
| 2.3 KRTAP1-2 基因 |
| 第五章 全文结论 |
| 创新性和展望 |
| 1 创新性 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介(一) |
| 导师简介(二) |
（2）绒山羊硫代谢基因和高硫蛋白基因家族及其成员参与绒毛生长调控的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊皮肤功能基因组学研究进展 |
| 1.1.1 绒山羊皮肤组织EST的产生 |
| 1.1.2 绒山羊皮肤功能基因表达 |
| 1.1.3 角蛋白关联蛋白功能基因研究进展 |
| 1.1.4 绒山羊功能基因组研究现状和展望 |
| 1.2 硫在产毛动物生产中的应用研究进展 |
| 1.2.1 硫促进动物毛发生长的机理 |
| 1.2.2 硫在提高产毛动物产毛性能中的应用 |
| 1.2.3 硫氨基酸代谢功能研究进展 |
| 1.3 褪黑激素对绒毛生长的影响及其作用机理研究进展 |
| 1.3.1 褪黑激素对绒毛生长的影响 |
| 1.3.2 褪黑激素促进绒毛生长的作用机制 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 1.5 研究内容 |
| 2 研究一 绒山羊绒毛生长周期皮肤和血液转录组研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 RNA提取 |
| 2.2.3 文库构建及库检 |
| 2.2.4 上机测序 |
| 2.2.5 测序数据质量评估和过滤 |
| 2.2.6 测序数据比对 |
| 2.2.7 转录本检测及定量 |
| 2.2.8 差异表达基因检测 |
| 2.2.9 差异表达基因富集分析和可视化 |
| 2.2.10 LEfSe分析 |
| 2.3 研究结果 |
| 2.3.1 绒山羊皮肤和血液组织转录组测序数据质控 |
| 2.3.2 皮肤和血液转录组基因表达 |
| 2.3.3 褪黑激素对绒山羊12 个月份皮肤基因表达差异影响分析 |
| 2.3.4 褪黑激素对绒山羊12 个月份血液基因表达差异影响分析 |
| 2.3.5 褪黑激素对绒山羊血液和皮肤组织差异表达基因参与通路影响 |
| 2.3.6 绒毛生长通路基因表达丰度变化 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 研究二 绒山羊高硫蛋白基因家族和硫代谢基因生物信息学分析及基因表达研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 高硫蛋白基因的鉴定与分类 |
| 3.2.2 绒山羊高硫蛋白基因家族成员系统进化分析 |
| 3.2.3 保守结构域分析 |
| 3.2.4 血液和皮肤转录本检测及定量 |
| 3.2.5 高硫蛋白基因序列完善 |
| 3.2.6 绒山羊毛囊融合基因分析 |
| 3.2.7 高硫蛋白基因差异表达 |
| 3.2.8 硫代谢基因差异表达 |
| 3.2.9 加权基因共表达网络的构建 |
| 3.3 研究结果 |
| 3.3.1 高硫蛋白基因家族成员的鉴定 |
| 3.3.2 高硫蛋白基因序列优化 |
| 3.3.3 高硫蛋白基因家族成员的系统进化和基序分析 |
| 3.3.4 绒山羊毛囊高硫蛋白基因融合事件分析 |
| 3.3.5 绒山羊高硫蛋白基因在血液、皮肤全年表达分析 |
| 3.3.6 绒山羊高硫蛋白基因氨基酸表达模式分析 |
| 3.3.7 绒山羊硫代谢基因在血液、皮肤全年表达分析 |
| 3.3.8 绒山羊硫代谢基因在皮肤和血液组织表达差异的分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 4 研究三 绒山羊高硫蛋白基因参与绒毛生长周期的研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 RNA提取 |
| 4.2.3 文库构建及库检 |
| 4.2.4 上机测序 |
| 4.2.5 测序数据质量评估和过滤 |
| 4.2.6 测序数据比对 |
| 4.2.7 转录本检测及定量 |
| 4.2.8 加权基因共表达网络的构建 |
| 4.2.9 JTK-cycle分析 |
| 4.3 研究结果 |
| 4.3.1 WGCNA网络构建 |
| 4.3.2 褪黑激素对皮肤基因调控模式的影响 |
| 4.3.3 网络模块与高硫蛋白基因的相关分析 |
| 4.3.4 模块功能富集分析 |
| 4.3.5 绒毛生长时期周期节律相关基因的鉴定 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 5 研究四 绒山羊高硫蛋白基因等位基因特异性表达分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验材料 |
| 5.2.2 皮肤转录组测序数据获得与比对 |
| 5.2.3 SNP和 ASE检测 |
| 5.2.4 加权共表达基因网络构建 |
| 5.2.5 转录因子和转录辅因子 |
| 5.3 研究结果 |
| 5.3.1 绒山羊染色体SNP位点表达模式分析 |
| 5.3.2 高硫蛋白基因等位基因特异性表达 |
| 5.3.3 高硫蛋白基因与ASE基因互作调控网络 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 6 研究五 绒山羊硫代谢基因与组织特异性基因参与绒毛生长的研究 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 试验材料 |
| 6.2.2 RNA提取 |
| 6.2.3 文库构建及库检 |
| 6.2.4 上机测序 |
| 6.2.5 测序数据质量评估和过滤 |
| 6.2.6 测序数据比对 |
| 6.2.7 转录本检测及定量 |
| 6.2.8 差异表达基因检测 |
| 6.2.9 加权基因共表达网络的构建 |
| 6.2.10 LEfSe分析 |
| 6.2.11 组学数据的通路富集分析和可视化 |
| 6.3 研究结果 |
| 6.3.1 绒山羊血液和皮肤基因空间和时间特异性表达模式分析 |
| 6.3.2 GSEA富集分析 |
| 6.3.3 组织特异性表达模式基因表达丰度变化 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 7 总体结论 |
| 8 主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（3）整合eGWAS和eQTL分析绵羊全血转录组与繁殖激素的关联（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 血液转录组的应用研究 |
| 1.1.1 预测疾病生物标记物 |
| 1.1.2 鉴定免疫调控因子 |
| 1.1.3 家畜生产管理中的应用 |
| 1.2 绵羊繁殖转录组研究进展 |
| 1.2.1 巴美肉羊概况 |
| 1.2.2 基于性腺轴的研究进展 |
| 1.2.3 可变剪接与单核苷酸多态性的调控研究 |
| 1.3 绵羊产羔与排卵的调节机制 |
| 1.3.1 BMP15、GDF9 对排卵和产羔数的调节 |
| 1.3.2 FSH、LH对排卵和产羔数的调节 |
| 1.4 研究的主要内容 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 2 研究一不同产羔类型绵羊血液转录组时序动态表达初探 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验主要仪器与试剂 |
| 2.1.3 RNA提取 |
| 2.1.4 转录组文库构建与测序 |
| 2.1.5 测序数据质量评估和过滤去噪 |
| 2.1.6 参考序列比对与转录本检测定量分析 |
| 2.1.7 差异表达基因分析 |
| 2.1.8 差异可变剪接分析 |
| 2.1.9 差异表达基因与差异可变剪接的聚类分析 |
| 2.1.10 短时序表达分析 |
| 2.1.11 功能富集分析 |
| 2.1.12 统计显着性分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 绵羊产羔类型的差异表达基因分析 |
| 2.2.2 绵羊产羔类型差异可变剪接分析 |
| 2.2.3 绵羊产羔类型差异表达基因与差异可变剪接的聚类分析 |
| 2.2.4 绵羊转录组时序表达变化 |
| 2.2.5 绵羊转录组时序动态表达模块分析 |
| 2.2.6 绵羊转录组时序可变剪接变化 |
| 2.2.7 绵羊产羔类型与时序性表达的整合分析 |
| 2.2.8 试验重复性验证 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 结论 |
| 3 研究二大样本动态血液基因整合e GWAS解析绵羊繁殖激素共表达网络 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验主要仪器与试剂 |
| 3.1.3 RNA 提取与建库测序 |
| 3.1.4 测度数据质量评估与过滤去噪 |
| 3.1.5 参考序列比对与转录本检测定量分析 |
| 3.1.6 血清LH、FSH、GDF9与BMP15 的浓度测定 |
| 3.1.7 加权基因共表达网络分析 |
| 3.1.8 eGWAS分析 |
| 3.1.9 基因功能注释与候选位点的确定 |
| 3.1.10 构建主题文献摘要与全文的绵羊GWAS数据库 |
| 3.1.11 机器学习验证分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 全局样本构建繁殖激素调控的共表达网络 |
| 3.2.2 基于表达的全基因组关联研究 |
| 3.2.3 产羔类型相关的模块 |
| 3.2.4 激素调控相关模块 |
| 3.2.5 产羔类型与月份之间的关联模块 |
| 3.2.6 绵羊GWAS数据库验证全局网络的功能属性 |
| 3.2.7 机器学习验证小样本产羔类型差异表达基因对于大样本的支持度 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 结论 |
| 4 研究三 LH/FSH 血清浓度比值的绵羊等位基因特异性表达与遗传关联研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验样品 |
| 4.1.2 试验主要仪器与设备 |
| 4.1.3 RNA提取 |
| 4.1.4 转录组文库构建与测序 |
| 4.1.5 测序数据质量评估与过滤去噪 |
| 4.1.6 参考序列比对与转录本检测定量分析 |
| 4.1.7 LH、FSH激素浓度的测定 |
| 4.1.8 差异表达基因分析 |
| 4.1.9 差异ASE分析 |
| 4.1.10 eQTL分析 |
| 4.1.11 功能富集分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 LH与FSH血清浓度相关性分析 |
| 4.2.2 LH/FSH比值在不同月份的方差分析 |
| 4.2.3 LH/FSH比值在不同月份的转录组差异分析 |
| 4.2.4 LH/FHS比值差异表达基因通路富集分析 |
| 4.2.5 ASE证实血液存在广泛的顺式调控影响 |
| 4.2.6 eQTL-SNP和 ASE-SNP联合分析 |
| 4.2.7 eQTL-SNP与 ASE-SNP富集分析 |
| 4.2.8 LH/FSH比值生物标志物的表达基因型 |
| 4.2.9 LH/FSH比值生物标志物的遗传调控网络 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 结论 |
| 5 研究四 GDF9、BMP15 血清浓度的绵羊等位基因特异性表达与遗传关联研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验样品 |
| 5.1.2 试验主要仪器与设备 |
| 5.1.3 RNA提取 |
| 5.1.4 转录组文库构建与测序 |
| 5.1.5 测序数据质量评估与过滤去噪 |
| 5.1.6 参考序列比对与转录本检测定量分析 |
| 5.1.7 血清GDF9、BMP15 激素浓度的测定 |
| 5.1.8 差异表达基因分析 |
| 5.1.9 差异ASE分析 |
| 5.1.10 eQTL分析 |
| 5.1.11 功能富集分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 不同GDF9 血清浓度的差异表达基因分析 |
| 5.2.2 不同GDF9 血清浓度的ASE分析 |
| 5.2.3 不同BMP15 血清浓度的差异表达基因分析 |
| 5.2.4 不同BMP15 血清浓度的ASE分析 |
| 5.2.5 GDF9与BMP15 的联合分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 结论 |
| 6 全文主要结论、创新点及展望 |
| 6.1 论文主要结论 |
| 6.2 论文创新点 |
| 6.3 论文未来研究展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（4）绵羊泌乳性状非编码RNA筛选、鉴定及功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 绵羊乳房结构及影响泌乳性能的因素 |
| 1.1 绵羊乳腺结构特征 |
| 1.2 影响乳腺发育和泌乳的因素 |
| 1.2.1 遗传因素 |
| 1.2.2 非遗传因素 |
| 2 非编码RNA |
| 2.1 miRNA |
| 2.1.1 miRNAs基本特征和功能 |
| 2.1.2 miRNAs在乳腺发育与泌乳中的研究进展 |
| 2.2 LncRNA |
| 2.2.1 LncRNAs基本特征和功能 |
| 2.2.2 LncRNAs在乳腺发育与泌乳中的研究进展 |
| 2.3 CircRNA |
| 2.3.1 CircRNAs基本特征和功能 |
| 2.3.2 CircRNAs在乳腺发育与泌乳中的研究进展 |
| 2.4 CeRNA |
| 2.4.1 CeRNA调节机制 |
| 2.4.2 CeRNA调控机制在乳腺发育和泌乳中的研究进展 |
| 3.本研究的选题背景、研究内容和目的及意义 |
| 3.1 选题背景 |
| 3.2 研究内容 |
| 3.3 目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 1 试验材料 |
| 2 绵羊MECs培养及鉴定 |
| 2.1 绵羊MECs培养 |
| 2.2 MECs鉴定 |
| 3 绵羊乳腺实质组织结构测定 |
| 3.1 乳腺实质显微结构测定 |
| 3.2 MECs超微结构测定 |
| 3.3 统计学分析 |
| 4 绵羊乳腺组织miRNAs鉴定、筛选及功能验证 |
| 4.1 绵羊乳腺组织miRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 4.1.1 RNA提取及small RNA文库构建 |
| 4.1.2 数据质控及参考基因组比对 |
| 4.1.3 miRNA的鉴定及特征分析 |
| 4.1.4 差异表达miRNAs鉴定及靶基因功能注释 |
| 4.1.5 RT-qPCR验证miRNAs |
| 4.1.6 miRNA-mRNA网络分析 |
| 4.2 miR-432和miR-200c在MECs中的功能验证 |
| 4.2.1 miR-432和miR-200c对 MECs的活力及增殖影响 |
| 4.2.2 miR-432和miR-200c靶基因预测及双荧光素酶载体构建 |
| 4.2.3 miR-432-miR-200c靶基因表达量影响 |
| 4.2.4 miR-432/miR-200c对甘油三酯合成及乳脂合成相关基因影响 |
| 5 绵羊乳腺组织lncRNAs和circRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 5.1 RNA提取及文库构建 |
| 5.2 数据质控及参考基因组比对 |
| 5.3 LncRNAs和circRNA鉴定 |
| 5.3.1 LncRNAs鉴定及特征分析 |
| 5.3.2 CircRNA鉴定及特征分析 |
| 5.4 差异表达lncRNAs和circRNAs筛选及靶基因功能富集分析 |
| 5.4.1 差异表达lncRNAs筛选及靶基因功能富集分析 |
| 5.4.2 差异表达circRNAs筛选及亲本基因功能富集分析 |
| 5.5 RT-qPCR验证测序结果 |
| 5.5.1 RT-qPCR验证lncRNA-Seq |
| 5.5.2 RT-qPCR验证circRNA-Seq |
| 5.6 Ce RNA调控分析 |
| 5.6.1 LncRNA-miRNA-mRNA网络分析 |
| 5.6.2 CircRNA-miRNA-mRNA网络分析 |
| 6 MSTRG.7526.1-miRNA-mRNA靶基因鉴定及功能分析 |
| 6.1 MSTRG.7526.1细胞定位及沉默效率检测 |
| 6.2 MSTRG.7526.1对MECs的活力及增殖检测 |
| 6.3 MSTRG.7526.1靶miR-200c预测及双荧光素酶验证 |
| 6.4 沉默miR-200c对PANK3和乳脂相关基因的影响 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1 绵羊MECs培养及鉴定 |
| 2 乳腺实质显微结构和MECs超微结构观测 |
| 3 绵羊乳腺组织miRNAs鉴定、筛选及功能验证 |
| 3.1 乳腺miRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 3.1.1 测序数据概况 |
| 3.1.2 miRNAs鉴定及特征分析 |
| 3.1.3 差异表达miRNAs及靶基因功能注释 |
| 3.1.4 RT-qPCR验证miRNA-Seq |
| 3.1.5 miRNA-mRNA网络构建 |
| 3.2 miR-432和miR-200c功能验证 |
| 3.2.1 miR-432和miR-200c对 MECs的活力及增殖影响 |
| 3.2.2 miR-432和miR-200c靶基因预测及双荧光素酶验证 |
| 3.2.3 miR-432和miR-200c靶基因表达量影响 |
| 3.2.4 miR-432和miR-200c对 MECs甘油三酯合成及乳脂合成相关基因影响 |
| 4 绵羊乳腺组织lncRNAs和circRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 4.1 测序数据概况 |
| 4.2 绵羊乳腺组织lncRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 4.2.1 LncRNAs鉴定及特征分析 |
| 4.2.2 差异表达lncRNAs及靶基因功能注释 |
| 4.2.3 RT-qPCR验证lncRNA-Seq |
| 4.2.4 LncRNA-miRNA-mRNA网络构建 |
| 4.3 绵羊乳腺组织circRNAs鉴定、筛选及功能预测 |
| 4.3.1 CircRNAs鉴定及特征分析 |
| 4.3.2 差异表达circRNAs及靶基因功能注释 |
| 4.3.3 RT-qPCR验证circRNA-Seq |
| 4.3.4 CircRNA-miRNA-mRNA网络构建 |
| 5 MSTRG.7526.1-miR-200c-PANK3鉴定及功能分析 |
| 5.1 MSTRG.7526.1细胞定位及抑制效果检测 |
| 5.2 MSTRG.7526.1对MECs的活力及增殖影响 |
| 5.3 MSTRG.7526.1靶miR-200c预测及双荧光素酶验证 |
| 5.4 沉默MSTRG.7526.1对miR-200c表达量和PANK3 的影响 |
| 5.5 沉默MSTRG.7526.1对甘油三酯合成及乳脂相关基因的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 1 乳腺组织显微结构和MECs超微结构 |
| 2 绵羊乳腺组织中miRNAs鉴定及功能验证 |
| 3 mi R-432和miR-200c在细胞中的功能验证 |
| 4 绵羊乳腺组织中lncRNA的鉴定及功能分析 |
| 5 绵羊乳腺组织中circRNAs的鉴定及功能分析 |
| 6 MSTRG.7526.1通过miR-200c参与乳脂合成 |
| 第五章 全文结论 |
| 第六章 创新点及展望 |
| 1 创新点 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介(一) |
| 导师简介(二) |
（5）山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊育种研究进展 |
| 1.1.1 绒山羊概述 |
| 1.1.2 绒山羊育种现状 |
| 1.2 SNP芯片的研究进展 |
| 1.2.1 SNP分型芯片的特点 |
| 1.2.2 SNP分型芯片的分类及原理 |
| 1.2.3 SNP分型芯片在畜牧领域的概况及应用 |
| 1.3 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.4.1 基因组选择理论 |
| 1.4.2 基因组选择方法 |
| 1.4.3 基因组选择影响因素 |
| 1.4.4 羊基因组选择研究进展 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 1.6 技术路线图 |
| 2 研究一 内蒙古绒山羊重要经济性状遗传参数的评估 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据来源 |
| 2.1.2 非遗传因素分析-广义最小二乘法 |
| 2.1.3 多性状重复力混合模型估计遗传参数 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 基本统计分析 |
| 2.2.2 固定效应的确定 |
| 2.2.3 遗传参数估计 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 遗传力 |
| 2.3.2 遗传相关 |
| 2.4 小结 |
| 3 研究二 山羊70KSNP芯片的研发设计与测试 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 芯片设计数据来源 |
| 3.1.2 芯片测试数据来源 |
| 3.1.3 主要分析软件及工具 |
| 3.1.4 主要试剂及仪器 |
| 3.1.5 位点筛选 |
| 3.1.6 位点优化 |
| 3.1.7 DNA提取 |
| 3.1.8 基因分型 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 70K SNP芯片的设计 |
| 3.2.2 70K SNP芯片与Illumina 52K SNP芯片的比较 |
| 3.2.3 位点检出率 |
| 3.2.4 位点MAF统计 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 4 研究三内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样品采集 |
| 4.1.2 表型数据处理 |
| 4.1.3 数据质控 |
| 4.1.4 全基因组关联分析 |
| 4.1.5 GO、KEGG富集分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 表型数据的基本统计 |
| 4.2.2 数据质控及群体遗传结构分析 |
| 4.2.3 绒长性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.4 绒细性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.5 产绒量性状的全基因组关联分析 |
| 4.2.6 功能富集分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 5 研究四内蒙古绒山羊重要经济性状基因组选择研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 构建参考群 |
| 5.1.2 基因型数据 |
| 5.1.3 GBLUP |
| 5.1.4 SSGBLUP |
| 5.1.5 基因组准确性评估 |
| 5.1.6 世代间隔 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 群体结构和遗传参数 |
| 5.2.2 基因组预测准确性比较 |
| 5.2.3 世代间隔 |
| 5.2.4 选择效果分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 7 创新点 |
| 8 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（6）乌骨绵羊诱导多能干细胞的建立（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 乌骨羊 |
| 1.2 多能干细胞的概述 |
| 1.2.1 多能干细胞的起源 |
| 1.2.2 在体外获取不同多能状态的干细胞 |
| 1.3 家畜胚胎干细胞的研究进展 |
| 1.3.1 牛、猪、绵羊胚胎干细胞的研究进展 |
| 1.3.2 Wnt信号通路是维持家畜多能干细胞的关键信号 |
| 1.4 家畜诱导多能干细胞的研究进展 |
| 1.4.1 家畜PSCs重编程的方法 |
| 1.4.2 牛诱导性多能干细胞的研究进展 |
| 1.4.3 山羊及绵羊诱导性多能干细胞的研究进展 |
| 1.5 多能干细胞在家畜物种中的应用 |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 2 乌骨绵羊成纤维细胞的分离及饲养层细胞的制备 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 实验仪器及耗材 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 细胞培养液的配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 乌骨绵羊成纤维细胞系的建立 |
| 2.2.2 STO feeder的制备 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 乌骨绵羊耳成纤维细胞的原代培养 |
| 2.3.2 乌骨绵羊耳成纤维细胞的传代 |
| 2.3.3 乌骨绵羊耳成纤维细胞的生长曲线 |
| 2.3.4 乌骨绵羊成纤维细胞支原体检测结果 |
| 2.3.5 乌骨绵羊成纤维细胞染色体分析结果 |
| 2.3.6 乌骨绵羊耳成纤维细胞的复苏效果 |
| 2.3.7 STO细胞解冻后的状态 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 PB-TRE-sLargeT、PB-TRE-hTERT和 PB-TRE-sLhT表达载体的构建 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 实验仪器及耗材 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 主要试剂的配制 |
| 3.1.4 质粒 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 质粒PB-TRE-hRL、pBABE-hygro-hTERT、pSG5 LargeT simian virus的转化与提取 |
| 3.2.2 线性载体的制备 |
| 3.2.3 目的基因的获得 |
| 3.2.4 PB-TRE-sLargeT、PB-TRE-hTERT和 PB-TRE-sLhT表达载体的构建与鉴定 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 PB-TRE-sLargeT、PB-TRE-hTERT和 PB-TRE-sLhT表达载体质粒图谱 |
| 3.3.2 质粒PB-TRE-hRL酶切结果 |
| 3.3.3 sLargeT和 hTERT基因RT-PCR扩增产物电泳结果 |
| 3.3.4 PB-TRE-sLhT载体构建中间基因RT-PCR扩增产物电泳结果 |
| 3.3.5 PB-TRE-sLargeT、PB-TRE-hTERT和 PB-TRE-sLhT测序结果 |
| 3.3.6 PB-TRE-sLargeT、PB-TRE-hTERT和 PB-TRE-sLhT电转染成纤维细胞结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 4 乌骨绵羊诱导多能干细胞的建立 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 实验仪器及耗材 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 主要试剂的配制 |
| 4.1.4 质粒 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 电转染 |
| 4.2.2 乌骨绵羊iPSCs的传代及冻存 |
| 4.2.3 乌骨绵羊iPSCs内源基因表达情况的检测 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 不同诱导体系的iPSCs细胞系建系率 |
| 4.3.2 不同诱导体系获得的iPSCs克隆形态的比较 |
| 4.3.3 不同诱导体系诱导初期iPSCs细胞克隆的形态变化 |
| 4.3.4 不同诱导体系获得的iPSCs细胞系内源基因激活情况 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 5 乌骨绵羊iPSCs发育潜能的研究 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 实验仪器及耗材 |
| 5.1.2 实验试剂 |
| 5.1.3 实验动物 |
| 5.1.4 主要试剂的配制 |
| 5.1.5 质粒 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 siPSC-4和siPSC-6 外源转基因检测 |
| 5.2.2 碱性磷酸酶染色 |
| 5.2.3 免疫组织化学检测 |
| 5.2.4 拟胚体体外分化 |
| 5.2.5 畸胎瘤体内分化 |
| 5.2.6 siPSC-4减DOX培养测试 |
| 5.2.7 siPSC-4 异种嵌合能力检测 |
| 5.2.8 siPSC-4 同种嵌合能力检测 |
| 5.2.9 转录组文库构建、测序及分析 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 siPSC-4和siPSC-6 细胞干细胞特性分析 |
| 5.3.2 经典培养液中siPSC-4 细胞形态及内源基因的表达 |
| 5.3.3 无饲养层细胞条件下培养siPSC-4 内源基因表达检测 |
| 5.3.4 siPSC-4 细胞嵌合体发育潜能分析 |
| 5.3.5 RNA测序结果分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 6 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（7）内蒙古绒山羊脂肪酸代谢调控的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 内蒙古绒山羊羊肉研究现状 |
| 1.2 影响肉品质的理化指标 |
| 1.2.1 嫩度 |
| 1.2.2 系水力 |
| 1.2.3 肉色 |
| 1.2.4 电导率 |
| 1.3 肌内脂肪及脂肪酸研究概况 |
| 1.3.1 肌内脂肪 |
| 1.3.2 脂肪酸 |
| 1.3.3 脂肪酸在反刍动物肉中的研究概况 |
| 1.4 影响脂肪酸代谢候选基因的研究 |
| 1.4.1 游离脂肪酸受体家族 |
| 1.4.2 脂肪酸结合蛋白家族 |
| 1.4.3 过氧化物酶体增殖剂激活受体 |
| 1.4.4 长链酰基辅酶a合成酶家族 |
| 1.4.5 清道夫受体蛋白(B类)超家族 |
| 1.5 转录组学和蛋白质组学研究 |
| 1.5.1 转录组学概述 |
| 1.5.2 转录组学在肉中的应用 |
| 1.5.3 蛋白质组学概述 |
| 1.5.4 蛋白质组学在肉中的应用 |
| 1.6 本研究的目的及意义 |
| 1.7 技术路线图 |
| 2 研究一 内蒙古绒山羊肌肉理化性质和营养品质研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 样品 |
| 2.1.2 仪器 |
| 2.1.3 试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 蛋白含量的测定 |
| 2.2.2 肌内脂肪含量的测定 |
| 2.2.3 脂肪酸含量的测定 |
| 2.2.4 肉色的测定 |
| 2.2.5 剪切力的测定 |
| 2.2.6 电导率的测定 |
| 2.2.7 系水力的测定 |
| 2.2.8 统计与分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 背最长肌和股二头肌理化指标测定结果 |
| 2.3.2 蛋白质及肌内脂肪含量的测定结果 |
| 2.3.3 背最长肌和股二头肌肉品质指标相关性分析 |
| 2.3.4 脂肪酸含量的测定结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 3 研究二 基于转录组学对内蒙古绒山羊肌肉脂肪酸代谢的研究 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 样品 |
| 3.1.2 仪器 |
| 3.1.3 试剂 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 总RNA提取与质量检测 |
| 3.2.2 文库构建及测序 |
| 3.2.3 数据质控 |
| 3.2.4 参考序列比对分析 |
| 3.2.5 miRNA靶基因的预测 |
| 3.2.6 差异表达分析 |
| 3.2.7 GO及 KEGG富集性分析 |
| 3.2.8 聚类分析 |
| 3.2.9 miRNA实时荧光定量 |
| 3.2.10 mRNA实时荧光定量 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 总RNA质量检测结果 |
| 3.3.2 数据质量控制及测序结果 |
| 3.3.3 异表达的基因筛选 |
| 3.3.4 差异表达的基因GO分析 |
| 3.3.5 差异表达的基因KEGG分析 |
| 3.3.6 KEGG-DEGs调控网络分析 |
| 3.3.7 差异表达的miRNA筛选 |
| 3.3.8 miRNA靶基因的GO分析 |
| 3.3.9 miRNA靶基因的KEGG分析 |
| 3.3.10 miRNA荧光定量 |
| 3.3.11 mRNA荧光定量 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 4 研究三 基于蛋白质组学对内蒙古绒山羊肌肉脂肪酸代谢的研究 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 样品 |
| 4.1.2 仪器 |
| 4.1.3 试剂 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 总蛋白提取及测定 |
| 4.2.2 SDS-PAGE凝胶电泳检测 |
| 4.2.3 总蛋白的酶解 |
| 4.2.4 HPLC-MS/MS分析 |
| 4.2.5 数据处理 |
| 4.2.6 GO及 KEGG分析 |
| 4.2.7 HADHA蛋白免疫沉淀 |
| 4.2.8 Western blot |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 总蛋白提取分析 |
| 4.3.2 液相色谱串联质谱数据构建 |
| 4.3.3 总蛋白建库 |
| 4.3.4 差异蛋白筛选 |
| 4.3.5 差异蛋白的GO分析 |
| 4.3.6 差异蛋白的KEGG分析 |
| 4.3.7 蛋白-蛋白互作用网络(PPI)分析 |
| 4.3.8 HADHA蛋白免疫沉淀结果 |
| 4.3.9 HADHA结构预测 |
| 4.3.10 Western blot |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 5 研究四 mRNA-miRNA-Protein联合分析构建脂肪酸代谢调控网络的研究 |
| 5.1 试验材料 |
| 5.1.1 样品 |
| 5.1.2 仪器 |
| 5.1.3 试剂 |
| 5.2 试验方法 |
| 5.2.1 mRNA-miRNA-protein联合分析 |
| 5.2.2 ACSL1和ACADS KEGG分析 |
| 5.2.3 ACSL1 及靶向miRNA荧光定量 |
| 5.2.4 ACSL1 蛋白Western blot |
| 5.2.5 ACADS蛋白原核表达纯化 |
| 5.2.6 ACADS蛋白互作分析 |
| 5.2.7 ACADS蛋白结构预测 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 mRNA-miRNA-protein联合分析 |
| 5.3.2 mRNA-miRNA聚类分析 |
| 5.3.3 ACSL1和ACADS通路分析 |
| 5.3.4 互作网络中miRNA荧光定量结果 |
| 5.3.5 互作网络中ACSL1及ACADS基因荧光定量结果 |
| 5.3.6 ACSL1 蛋白Western blot定量结果 |
| 5.3.7 ACADS蛋白的表达与纯化 |
| 5.3.8 ACADS蛋白的互作分析 |
| 5.3.9 ACADS蛋白的结构预测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 6 全文主要结论、创新点及下一步研究展望 |
| 6.1 全文主要结论 |
| 6.2 创新点 |
| 6.3 下一步研究展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（8）羊捻转血矛线虫ITS基因序列分析及其虫卵PCR检测方法的建立（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 文献综述 |
| 第一章 羊捻转血矛线虫病的研究进展 |
| 1.1 捻转血矛线虫的研究概况 |
| 1.1.1 捻转血矛线虫的形态学 |
| 1.1.2 捻转血矛线虫的生活史 |
| 1.2 羊捻转血矛线虫病的研究概况 |
| 1.2.1 危害与临床表现 |
| 1.2.2 流行病学 |
| 1.2.3 羊捻转血矛线虫病的诊断 |
| 1.2.4 羊捻转血矛线虫病的防治 |
| 1.3 PCR方法在捻转血矛线虫研究中的应用 |
| 1.3.1 特异性PCR方法 |
| 1.3.2 实时荧光定量PCR(Real-Time PCR,RT-PCR) |
| 1.4 ITS基因在捻转血矛线虫研究中的应用 |
| 1.4.1 核糖体基因的特点 |
| 1.4.2 ITS rDNA在捻转血矛线虫研究中的应用 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 试验研究 |
| 第二章 陕西咸阳地区羊捻转血矛线虫ITS基因序列分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 虫体来源 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 虫体总基因组DNA提取 |
| 2.2.2 虫体ITS基因PCR扩增 |
| 2.2.3 序列校正与比对 |
| 2.2.4 序列分析和系统进化树的构建 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 捻转血矛线虫ITS rDNA基因位点PCR扩增结果 |
| 2.3.2 捻转血矛线虫ITS rDNA序列分析 |
| 2.3.3 基于ITS rDNA基因的捻转血矛线虫系统发育分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 一种捻转血矛线虫卵PCR检测方法的建立及其在粪便样品检测中的应用 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 样品来源 |
| 3.1.2 .主要试剂 |
| 3.1.3 主要仪器设备 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 线虫卵DNA的提取 |
| 3.2.2 捻转血矛线虫卵PCR检测方法的建立 |
| 3.2.4 临床样品检测 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 PCR反应退火温度优化 |
| 3.3.2 PCR特异性验证结果 |
| 3.3.3 PCR敏感性试验结果 |
| 3.3.4 临床样品检测的结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）促绵羊iPSC生成效率的miRNAs筛选与评价及向雌性PGC样细胞定向分化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 绪论 |
| 1 研究的目的和意义 |
| 2 国内外研究进展 |
| 2.1 诱导多能干细胞的研究进展 |
| 2.1.1 体细胞重编程的机制 |
| 2.1.2 多能干细胞由不同信号通路调节 |
| 2.1.3 提高体细胞重编程效率的研究 |
| 2.2 家畜诱导多能干细胞的研究现状 |
| 2.2.1 猪诱导多能干细胞 |
| 2.2.2 绵羊和山羊诱导多能干细胞 |
| 2.2.3 牛诱导多能干细胞 |
| 2.3 miRNAs与多能干细胞 |
| 2.3.1 miRNA简介及生物学功能 |
| 2.3.2 miRNA在多能干细胞中的作用 |
| 2.3.3 miRNAs促进体细胞重编程 |
| 2.4 多能干细胞定向分化原始生殖细胞的研究进展 |
| 2.4.1 形成原始生殖细胞的关键因子和基因 |
| 2.4.2 ESC/iPSC定向分化原始生殖细胞的途径 |
| 2.4.3 ESC/iPSC体外诱导分化为生殖细胞的培养体系 |
| 3 研究内容 |
| 4 技术路线 |
| 第二章 试验研究 |
| 试验一 促进绵羊体细胞重编程miRNAs的筛选研究 |
| 1.材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 动物和细胞 |
| 1.1.2 主要仪器和设备 |
| 1.1.3 主要试剂耗材 |
| 1.1.4 质粒 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 绵羊肾细胞(SKC)分离培养及鉴定 |
| 1.2.2 小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)分离培养与饲养层细胞制作 |
| 1.2.3 促绵羊体细胞重编程miRNAs的初步筛选 |
| 1.2.4 慢病毒质粒提取与酶切鉴定 |
| 1.2.5 慢病毒包装 |
| 1.2.6 慢病毒收集及病毒滴度测定 |
| 1.2.7 miRNAs促绵羊肾上皮细胞重编程效率比较 |
| 1.2.8 siPSC的鉴定 |
| 1.2.9 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 绵羊体细胞的分离纯化 |
| 2.2 MEF细胞分离培养及饲养层细胞的制备 |
| 2.3 慢病毒质粒提取与酶切鉴定 |
| 2.4 成功包装各类慢病毒 |
| 2.5 促绵羊SKC重编程的miRNAs筛选 |
| 2.5.1 慢病毒成功感染SKC |
| 2.5.2 比较不同miRNA诱导绵羊SKC的效率 |
| 2.5.3 miR-200c-141+8因子诱导绵羊iPSC |
| 2.6 由miR-200c-141促进重编程获得的siPSC的多能性鉴定 |
| 2.6.1 AP染色鉴定 |
| 2.6.2 细胞免疫荧光技术鉴定siPSC中多能性蛋白因子表达 |
| 2.6.3 qPCR鉴定siPSC中多能性因子基因转录 |
| 2.6.4 siPSC中多能基因Nanog启动子甲基化分析 |
| 2.6.5 siPSC核型分析 |
| 2.6.6 siPSC向拟胚体(EB)三胚层分化鉴定 |
| 3 讨论 |
| 3.1 绵羊iPSC的特征及诱导效率 |
| 3.2 miRNA提高干细胞诱导效率 |
| 4 小结 |
| 试验二 miR-200c提高羊体细胞重编程机制研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 细胞和载体 |
| 1.1.2 重要仪器和设备 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 miR-200c靶蛋白的预测 |
| 1.2.2 合成绵羊miR-200c模拟物、抑制物和阴性对照 |
| 1.2.3 双荧光素酶报告基因载体的构建 |
| 1.2.4 双荧光素酶报告基因分析miR-200c靶基因 |
| 1.2.5 实时荧光定量PCR检测miR-200c靶基因的m RNA水平 |
| 1.2.6 Western blot检测miR-200c靶基因的蛋白水平 |
| 1.2.7 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 miR-200c靶基因的预测 |
| 2.2 双荧光素酶报告基因载体的构建 |
| 2.2.1 靶基因ZEB1和TWISTNB3’UTR区扩增测序 |
| 2.2.2 靶基因双荧光素酶报告载体的构建 |
| 2.3 靶基因双荧光素酶报告系统分析 |
| 2.4 实时荧光定量PCR检测ZEB1、TWISTNB及 E-cadherin转录水平 |
| 2.5 Western blot检测ZEB1、TWISTNB及 E-cadherin蛋白表达水平 |
| 3 讨论 |
| 3.1 TGF-β信号通路与细胞重编程 |
| 3.2 miRNA提高重编程的机制 |
| 4 小结 |
| 试验三 绵羊iPSC定向分化雌性PGC样细胞研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 细胞和载体 |
| 1.1.2 重要仪器和设备 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.2.1 绵羊生殖相关基因DAZL和 BOULE慢病毒载体的构建 |
| 1.2.2 PLVX-Dazl和 PLVX-Boule的慢病毒包装 |
| 1.2.3 慢病毒滴度测定 |
| 1.2.4 绵羊卵巢细胞的分离培养 |
| 1.2.5 绵羊iPSC定向分化原始生殖细胞样细胞(PGCLC) |
| 1.2.6 绵羊iPSC定向分化雌性PGC样细胞鉴定 |
| 1.2.7 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 绵羊生殖相关基因DAZL和 BOULE慢病毒载体的构建 |
| 2.1.1 绵羊生殖相关基因DAZL和 BOULE的扩增 |
| 2.1.2 成功构建绵羊生殖相关基因DAZL和 BOULE慢病毒载体 |
| 2.1.3 成功包装慢病毒LV-DAZL和 LV-BOULE |
| 2.2 绵羊卵巢细胞分离培养 |
| 2.3 稳转DAZL和 BOULE基因siPSC的建立 |
| 2.4 原始生殖细胞样细胞(PGCCL)的鉴定 |
| 2.4.1 绵羊PGC样细胞的分化条件和过程 |
| 2.4.2 细胞免疫荧光技术检测绵羊PGC样细胞 |
| 2.4.3 实时定量RT-PCR验证绵羊PGC样细胞 |
| 3 讨论 |
| 3.1 原始生殖细胞与多能干细胞 |
| 3.2 体外重构原始生殖细胞的方法 |
| 4 小结 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简历 |
| 石河子大学博士研究生学位论文导师评阅表 |
（10）反刍动物瘤胃功能进化的遗传基础及与微生物互作的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 新器官起源研究进展 |
| 1.2.1 新器官起源的功能创新 |
| 1.2.2 新器官起源的结构创新 |
| 1.3 反刍动物瘤胃的概述 |
| 1.3.1 反刍动物瘤胃的解剖生理特征 |
| 1.3.2 反刍动物瘤胃的起源进化假设 |
| 1.3.3 反刍动物瘤胃的研究进展 |
| 1.4 进化系统生物学的研究方法及研究进展 |
| 1.4.1 进化系统生物学的研究方法 |
| 1.4.2 进化系统生物学的研究进展 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 反刍动物瘤胃结构和功能相关基因的筛选 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 系统发育树构建 |
| 2.1.2 样本采集、RNA提取和转录组测序 |
| 2.1.3 转录组分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 多室胃物种系统发育进化关系 |
| 2.2.2 用于比较转录组分析的数据生成 |
| 2.2.3 比较瘤胃与双峰驼和鲸豚物种第一胃室的基因表达谱 |
| 2.2.4 瘤胃募集基因分析 |
| 2.2.5 早期发育过程中瘤胃和食道比较转录组分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 瘤胃进化关键候选基因的识别和功能验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 进化分析 |
| 3.1.2 蛋白质跨膜螺旋、结构域和信号肽的预测 |
| 3.1.3 蛋白三维结构模拟 |
| 3.1.4 瘤胃和食道染色质开放性测序(ATAC-seq)与分析 |
| 3.1.5 瘤胃核心基因的功能实验验证 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 瘤胃进化增强的酮体合成能力 |
| 3.2.2 瘤胃进化出增强的免疫系统和调控微生物能力 |
| 3.2.3 新进化的调控元件参与瘤胃上皮吸收功能 |
| 3.2.4 正选择基因参与瘤胃上皮吸收功能 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 瘤胃基因表达动态、微生物演替及两者的功能相关性 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 动物和样本收集 |
| 4.1.2 瘤胃转录组测序与分析 |
| 4.1.3 瘤胃微生物宏基因组测序与分析 |
| 4.1.4 瘤胃基因表达模块与微生物属水平模块和KEGG通路丰度的互作分析 |
| 4.1.5 GO和KEGG富集分析 |
| 4.1.6 DEFB1和LYZ1基因在毕赤酵母表达系统中的表达 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 瘤胃早期发育的基因表达动态模式 |
| 4.2.2 瘤胃早期发育过程中微生物区系和功能的演替 |
| 4.2.3 瘤胃与微生物功能的相关性 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 第六章 创新点 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、绵羊和山羊基于两种标记的遗传分化初步研究（论文参考文献）
- [1]绒山羊皮肤组织转录组分析及KRTAP基因对绒品质的影响[D]. 赵孟丽. 甘肃农业大学, 2021
- [2]绒山羊硫代谢基因和高硫蛋白基因家族及其成员参与绒毛生长调控的研究[D]. 柴圆. 内蒙古农业大学, 2021(01)
- [3]整合eGWAS和eQTL分析绵羊全血转录组与繁殖激素的关联[D]. 孙燕勇. 内蒙古农业大学, 2021
- [4]绵羊泌乳性状非编码RNA筛选、鉴定及功能研究[D]. 郝志云. 甘肃农业大学, 2021
- [5]山羊SNP芯片设计与内蒙古绒山羊重要经济性状全基因组关联分析及基因组选择研究[D]. 王凤红. 内蒙古农业大学, 2021
- [6]乌骨绵羊诱导多能干细胞的建立[D]. 刘默凝. 内蒙古农业大学, 2021
- [7]内蒙古绒山羊脂肪酸代谢调控的研究[D]. 谢遇春. 内蒙古农业大学, 2021
- [8]羊捻转血矛线虫ITS基因序列分析及其虫卵PCR检测方法的建立[D]. 邹敏. 西北农林科技大学, 2021(01)
- [9]促绵羊iPSC生成效率的miRNAs筛选与评价及向雌性PGC样细胞定向分化研究[D]. 张云峰. 石河子大学, 2021(01)
- [10]反刍动物瘤胃功能进化的遗传基础及与微生物互作的研究[D]. 潘香羽. 西北农林科技大学, 2020